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zhang_jaj木虫 (正式写手)
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[求助]
vmd做pdb格式文件的动画求助
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| 我用towhee产生的是一系列pdb格式的文件，想把这些文件做成动画，不知道vmd有没有可以直接做pdb格式动画的插件？之前自己是把每个pdb格式的导入然后到处图片，最后把这许多图片合成动画，感觉这个工作量太大了，方法太笨了。想知道vmd里面那个可以把我这些从pdb调整参数到输出图片的批处理工具该怎么用，希望那个好心人能够指导一下，不甚感激！ |
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhang_jaj: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-09-17 12:28:32
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-09-17 16:23:18
zhang_jaj: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-09-17 12:28:32
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-09-17 16:23:18
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比如你的 一系列pdb文件的名字分别是： youfile_1.pdb youfile_2.pdb youfile_3.pdb youfile_4.pdb youfile_5.pdb . . . youfile_80.pdb 就可以使用上面的简单脚本自动载入。 设置参数和输出图片的设置，也在这个脚本内设置就行了。 我给你写的简单脚本是个思路提示，具体的你自己去写具体就行了。 这个方法可以实现，因为我做过gromacs 输出的一帧一帧的坐标文件，然后使用VMD输出高清图片，做成动画。 |
5楼2012-09-17 09:21:22
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-09-17 07:44:10
zhang_jaj: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-09-17 08:50:36
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-09-17 07:44:10
zhang_jaj: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-09-17 08:50:36
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"之前自己是把每个pdb格式的导入然后到处图片，最后把这许多图片合成动画，感觉这个工作量太大了，方法太笨了" 这个方法很好啊，只是你对VMD 的脚本程序不懂吧，你写个脚本程序，让VMD 自动去生成一系列的图片，然后使用把这一系列图片导入的photoshop中，自动就可以生成动画了啊。 附一个简单的VMD输出一系列图片的脚本： set num_frame 80 for {set i 1} {$i <=$num_frame } {incr i 1} { mol load pdb youfile_$i.pdb set filename frame[format "%03d" $i].bmp render snapshot $filename } 在这段脚本之前，你需要设置好你要输出的pdb文件的角度，颜色，大小等信息即可输出你满意的图片和做成动画。 [ Last edited by jiaoyixiong on 2012-9-17 at 07:34 ] |
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zhang_jaj3楼2012-09-17 07:33:08
zhang_jaj
木虫 (正式写手)
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4楼2012-09-17 08:50:28
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7楼2012-09-17 22:19:13
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