应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】PDB文件的数据怎么看？
101/1返回列表
查看: 3162  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

shenhua196

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】PDB文件的数据怎么看？ 已有7人参与

我用Linux vi 打开的，里面有很多数据，关键是看哪些？
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yaozhq

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-01-15 15:38:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-15 21:01
给你贴个PDB的说明书。
赞一下(15人) 回复此楼
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2010-01-15 16:22:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zaq123321

专家顾问 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-06 17:00:24
Read the manual carefully.
赞一下(2人) 回复此楼
小木虫给我温暖，给我希望，爱就要爱小木虫。
3楼2010-06-06 05:15:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-06 17:00:34
原子类型（代码），分组，坐标一般不看了，使用的时候自动会处理
还有处理的时候可以加一些电荷啊，或者额外的分组参数之类的进去
我自己打开最多看的都是原子类型和用的软件识别的有没有不兼容的，有就改一改
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-06-06 14:36:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ADA1943

新虫 (初入文坛)
说明挺有用的。。。
回复此楼
5楼2012-09-03 10:58:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
18132896楼: Originally posted by zhuhongaaa at 2010-01-15 16:22:25
给你贴个PDB的说明书。

学习一下！
回复此楼
努力的生活着
6楼2012-09-12 08:10:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

newscat1993

木虫 (小有名气)
谢谢分享，学习了
回复此楼
Rex.soul
7楼2012-11-12 21:20:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
vi看看原子类型 氨基酸 其他数据一般看不出什么来
赞一下 回复此楼
8楼2012-11-12 22:37:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
18539356楼: Originally posted by arthurii at 2010-06-06 14:36:56
原子类型（代码），分组，坐标一般不看了，使用的时候自动会处理
还有处理的时候可以加一些电荷啊，或者额外的分组参数之类的进去
我自己打开最多看的都是原子类型和用的软件识别的有没有不兼容的，有就改一改

请怎么加电荷？你是用的是什么软件识别的有没有不兼容的？谢谢
赞一下 回复此楼
为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
9楼2012-11-26 14:28:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
18627825楼: Originally posted by 游子8921 at 2012-11-26 14:28:48
请怎么加电荷？你是用的是什么软件识别的有没有不兼容的？谢谢...

好老的东西……这个问题很难回答你，看你是做哪方面的东西。pdb的主信息（原子，位置）很少有不识别的。但是关于RES的命名，大部分能识别，有些会有要求。在原子坐标的后面几行，有些软件是识别的，这时候可以加上一些原子对应的参数。如autodock的pdbqt会在最后加上原子电荷，但是这种就不是公共的，很多时候换个软件就不识别那一列的参数。
赞一下 回复此楼
10楼2012-11-26 15:50:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shenhua196 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 01:21 by mibUvS8DDCwf
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-14 23:57 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 23:45 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-14 23:24 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 3/150 2026-09-14 23:21 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 23:13 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 3/150 2026-09-14 23:09 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:45 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:25 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:13 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:00 by vZfe6xYu34yj
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:36 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:33 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:25 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:24 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 15:09 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 14:57 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭