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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】PDB文件的数据怎么看？
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shenhua196

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】PDB文件的数据怎么看？ 已有7人参与

我用Linux vi 打开的，里面有很多数据，关键是看哪些？
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yaozhq

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1楼 2010-01-15 15:38:35
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-15 21:01
给你贴个PDB的说明书。
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分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2010-01-15 16:22:25
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zaq123321

专家顾问 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-06 17:00:24
Read the manual carefully.
赞一下(2人) 回复此楼
小木虫给我温暖，给我希望，爱就要爱小木虫。
3楼2010-06-06 05:15:47
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-06 17:00:34
原子类型（代码），分组，坐标一般不看了，使用的时候自动会处理
还有处理的时候可以加一些电荷啊，或者额外的分组参数之类的进去
我自己打开最多看的都是原子类型和用的软件识别的有没有不兼容的，有就改一改
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-06-06 14:36:56
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ADA1943

新虫 (初入文坛)
说明挺有用的。。。
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5楼2012-09-03 10:58:55
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
18132896楼: Originally posted by zhuhongaaa at 2010-01-15 16:22:25
给你贴个PDB的说明书。

学习一下！
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努力的生活着
6楼2012-09-12 08:10:04
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newscat1993

木虫 (小有名气)
谢谢分享，学习了
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Rex.soul
7楼2012-11-12 21:20:46
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yaozhq

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
vi看看原子类型 氨基酸 其他数据一般看不出什么来
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8楼2012-11-12 22:37:49
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
18539356楼: Originally posted by arthurii at 2010-06-06 14:36:56
原子类型（代码），分组，坐标一般不看了，使用的时候自动会处理
还有处理的时候可以加一些电荷啊，或者额外的分组参数之类的进去
我自己打开最多看的都是原子类型和用的软件识别的有没有不兼容的，有就改一改

请怎么加电荷？你是用的是什么软件识别的有没有不兼容的？谢谢
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
9楼2012-11-26 14:28:48
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
18627825楼: Originally posted by 游子8921 at 2012-11-26 14:28:48
请怎么加电荷？你是用的是什么软件识别的有没有不兼容的？谢谢...

好老的东西……这个问题很难回答你，看你是做哪方面的东西。pdb的主信息（原子，位置）很少有不识别的。但是关于RES的命名，大部分能识别，有些会有要求。在原子坐标的后面几行，有些软件是识别的，这时候可以加上一些原子对应的参数。如autodock的pdbqt会在最后加上原子电荷，但是这种就不是公共的，很多时候换个软件就不识别那一列的参数。
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10楼2012-11-26 15:50:25
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