| 查看: 4750 | 回复: 13 | ||
[求助]
请问如何获取小分子的pdb文件 已有5人参与
|
||
|
本人刚用DS，学生物的，想做蛋白和小分子的对接，小分子也就是常见的氨基酸、糖类等，不是药物之类的。 看了zinc，主要是商业化合物，而且貌似由2D转换成3D的坐标文件需要收费。不知道用cambrige office之类的软件画出来，再转化成的PDB的文件能否在DS中用？ 基于我用的就是常见化合物，如氨基酸等，各位有没有数据库推荐，我可以直接在里面下到配体的pdb或其他格式的DS可用的文件呢？ 多谢多谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
2025年遐想
已经有4人回复
-
自荐读博
已经有9人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
-
自然科学基金委宣布启动申请书“瘦身提质”行动
已经有4人回复
-
求个博导看看
已经有18人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- namd能量最小化完成后给我的十几个文件怎么没有pdb格式的呀
已经有6人回复
- 如何将sybyl对接后的蛋白质和配体保存成一个PDB文件
已经有8人回复
- 请问各位高手NAMD最小化后得到的最后一帧怎么保存为pdb格式啊
已经有11人回复
- 如何将有小分子配体的pdb文件转成Tinker的xyz文件呢？
已经有5人回复
- 分子对接前，大分子的前处理
已经有10人回复
- vmd做pdb格式文件的动画求助
已经有12人回复
- 如何用MS的纳米管坐标转到gromacs可识别的文件
已经有7人回复
- 如何从下载的PDB文件中提取酶的活性中心
已经有6人回复
- 如何制作简单的化学分子的pdb文件
已经有11人回复
- gmx不认小分子PDB残基怎么办？？
已经有4人回复
- pdb文件的处理
已经有5人回复
- 大配体如何避免结构贯穿，能有效得到孔洞结构呢？
已经有15人回复
- 获得pdb文件的源文件
已经有3人回复
- PDB数据库怎么样？？急！！！！！
已经有7人回复
- AutoDock产生的结果dlg文件转化成pdb文件
已经有13人回复
- 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做
已经有14人回复
- 【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？
已经有6人回复
- 【求助】如何合并文件 pdb psf
已经有4人回复
- 【其他】autodock 保存文件
已经有14人回复
- 【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢
已经有12人回复
- 【求助】有没有用DS软件做细胞膜的模拟的？
已经有7人回复
- 【求助】用于ligplot的pdb文件究竟应如何准备?
已经有3人回复
笑盲虫
木虫 (著名写手)
- 应助: 216 (大学生)
- 金币: 1219.1
- 散金: 2866
- 红花: 36
- 帖子: 1468
- 在线: 456.1小时
- 虫号: 292993
- 注册: 2006-11-04
- 性别: GG
- 专业: 质谱分析
2楼2013-09-23 06:43:00
3楼2013-09-23 08:47:18
4楼2013-09-23 12:18:05
iovvoi
金虫 (小有名气)
- 应助: 28 (小学生)
- 金币: 1312.4
- 散金: 4
- 红花: 2
- 帖子: 158
- 在线: 88.9小时
- 虫号: 1454080
- 注册: 2011-10-21
- 专业: 生物大分子结构与功能
5楼2013-09-23 16:18:07
6楼2013-09-23 18:54:22
iovvoi
金虫 (小有名气)
- 应助: 28 (小学生)
- 金币: 1312.4
- 散金: 4
- 红花: 2
- 帖子: 158
- 在线: 88.9小时
- 虫号: 1454080
- 注册: 2011-10-21
- 专业: 生物大分子结构与功能
7楼2013-09-23 21:37:14
8楼2013-09-24 17:29:18
9楼2013-10-29 21:05:19
10楼2013-12-16 09:57:32