24小时热门版块排行榜    

查看: 4345  |  回复: 8

voov

铜虫 (小有名气)

[交流] 如何将sybyl对接后的蛋白质和配体保存成一个PDB文件 已有6人参与

大家好,我在用sybyl软件中的surflex-dock做完对接后,如何将蛋白质和配体保存成一个PDB文件,想用这个复合体进行pymol的修饰,希望有知道的朋友指点下,非常着急,先谢谢大家了!

1111111111111

[ Last edited by voov on 2014-11-25 at 11:45 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

win雨

银虫 (小有名气)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
将蛋白和配体merge在一起(Edit>Merge),再导入Pymol作图
2楼2013-05-30 16:43:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windf1ower

金虫 (正式写手)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
选择配体,然后merge到蛋白质的molecular area,然后export蛋白质的molecular area成pdb文件
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
3楼2013-05-30 18:46:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouling

金虫 (正式写手)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by win雨 at 2013-05-30 16:43:46
将蛋白和配体merge在一起(Edit>Merge),再导入Pymol作图

谢谢啊,前几天我也自己弄出来了,哈哈
4楼2013-05-31 10:46:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouling

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-30 18:46:54
选择配体,然后merge到蛋白质的molecular area,然后export蛋白质的molecular area成pdb文件

谢谢美女,自己也弄出来啦
5楼2013-05-31 10:46:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2261970777

金虫 (小有名气)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
大哥你是怎么弄进去的?为什么我merge完了,在pymol里只显示配体不显示蛋白?
人长太帅!
6楼2016-02-02 00:35:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2261970777

金虫 (小有名气)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by win雨 at 2013-05-30 16:43:46
将蛋白和配体merge在一起(Edit>Merge),再导入Pymol作图

是将sybyl对接好的结果直接merge,导出吗?选定配体的时候是将蛋白,和自己的化合物一起选定吗?merge的蛋白是处理好口袋的,还是没处理前的原蛋白?

发自小木虫Android客户端
人长太帅!
7楼2016-02-02 01:23:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

霞楠

银虫 (初入文坛)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 2261970777 at 2016-02-02 00:35:14
大哥你是怎么弄进去的?为什么我merge完了,在pymol里只显示配体不显示蛋白?

请问这个问题有解决吗   现在遇到了同样的问题
8楼2020-12-24 16:33:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shizixiaoe

新虫 (初入文坛)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by shouling at 2013-05-31 10:46:28
谢谢啊,前几天我也自己弄出来了,哈哈...

您好,我按照“
选择配体,然后merge到蛋白质的molecular area,然后export蛋白质的molecular area成pdb文件”但是没有成功,请问您方便给我指点迷津一下嘛,谢谢!
9楼2021-08-10 18:13:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 voov 的主题更新
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 13/650 2026-11-09 06:50 by l48hFd8Nwae2
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 06:43 by l48hFd8Nwae2
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 06:39 by l48hFd8Nwae2
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 2rKfVQg2jQww 2026-11-06 11/550 2026-11-09 00:26 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 7/350 2026-11-06 16:43 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 5/250 2026-11-06 16:43 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +6 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 8/400 2026-11-06 16:34 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 17/850 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 14/700 2026-11-06 13:36 by BkA9Bi5cMhkD
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 kvewwGtKktqB 2026-11-04 11/550 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 04:47 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 8/400 2026-11-06 02:24 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
信息提示
请填处理意见