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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 如何将sybyl对接后的蛋白质和配体保存成一个PDB文件
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voov

铜虫 (小有名气)

[交流] 如何将sybyl对接后的蛋白质和配体保存成一个PDB文件 已有6人参与

大家好，我在用sybyl软件中的surflex-dock做完对接后，如何将蛋白质和配体保存成一个PDB文件，想用这个复合体进行pymol的修饰，希望有知道的朋友指点下，非常着急，先谢谢大家了！

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[ Last edited by voov on 2014-11-25 at 11:45 ]
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1楼 2013-05-29 17:05:42
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win雨

银虫 (小有名气)
★
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将蛋白和配体merge在一起（Edit>Merge），再导入Pymol作图
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2楼2013-05-30 16:43:46
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windf1ower

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
选择配体，然后merge到蛋白质的molecular area，然后export蛋白质的molecular area成pdb文件
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问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
3楼2013-05-30 18:46:54
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shouling

金虫 (正式写手)
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引用回帖:
2楼: Originally posted by win雨 at 2013-05-30 16:43:46
将蛋白和配体merge在一起（Edit>Merge），再导入Pymol作图

谢谢啊，前几天我也自己弄出来了，哈哈
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4楼2013-05-31 10:46:28
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shouling

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-30 18:46:54
选择配体，然后merge到蛋白质的molecular area，然后export蛋白质的molecular area成pdb文件

谢谢美女，自己也弄出来啦
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5楼2013-05-31 10:46:54
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2261970777

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
大哥你是怎么弄进去的？为什么我merge完了，在pymol里只显示配体不显示蛋白？
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人长太帅！
6楼2016-02-02 00:35:14
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2261970777

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by win雨 at 2013-05-30 16:43:46
将蛋白和配体merge在一起（Edit>Merge），再导入Pymol作图

是将sybyl对接好的结果直接merge，导出吗？选定配体的时候是将蛋白，和自己的化合物一起选定吗？merge的蛋白是处理好口袋的，还是没处理前的原蛋白？

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人长太帅！
7楼2016-02-02 01:23:51
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霞楠

银虫 (初入文坛)
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引用回帖:
6楼: Originally posted by 2261970777 at 2016-02-02 00:35:14
大哥你是怎么弄进去的？为什么我merge完了，在pymol里只显示配体不显示蛋白？

请问这个问题有解决吗   现在遇到了同样的问题
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8楼2020-12-24 16:33:19
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shizixiaoe

新虫 (初入文坛)
★
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引用回帖:
4楼: Originally posted by shouling at 2013-05-31 10:46:28
谢谢啊，前几天我也自己弄出来了，哈哈...

您好，我按照“
选择配体，然后merge到蛋白质的molecular area，然后export蛋白质的molecular area成pdb文件”但是没有成功，请问您方便给我指点迷津一下嘛，谢谢！
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9楼2021-08-10 18:13:09
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