24小时热门版块排行榜    

查看: 3909  |  回复: 8

voov

铜虫 (小有名气)

[交流] 如何将sybyl对接后的蛋白质和配体保存成一个PDB文件 已有6人参与

大家好,我在用sybyl软件中的surflex-dock做完对接后,如何将蛋白质和配体保存成一个PDB文件,想用这个复合体进行pymol的修饰,希望有知道的朋友指点下,非常着急,先谢谢大家了!

1111111111111

[ Last edited by voov on 2014-11-25 at 11:45 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

win雨

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
将蛋白和配体merge在一起(Edit>Merge),再导入Pymol作图
2楼2013-05-30 16:43:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windf1ower

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
选择配体,然后merge到蛋白质的molecular area,然后export蛋白质的molecular area成pdb文件
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
3楼2013-05-30 18:46:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouling

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by win雨 at 2013-05-30 16:43:46
将蛋白和配体merge在一起(Edit>Merge),再导入Pymol作图

谢谢啊,前几天我也自己弄出来了,哈哈
4楼2013-05-31 10:46:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouling

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-30 18:46:54
选择配体,然后merge到蛋白质的molecular area,然后export蛋白质的molecular area成pdb文件

谢谢美女,自己也弄出来啦
5楼2013-05-31 10:46:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2261970777

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
大哥你是怎么弄进去的?为什么我merge完了,在pymol里只显示配体不显示蛋白?
人长太帅!
6楼2016-02-02 00:35:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2261970777

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by win雨 at 2013-05-30 16:43:46
将蛋白和配体merge在一起(Edit>Merge),再导入Pymol作图

是将sybyl对接好的结果直接merge,导出吗?选定配体的时候是将蛋白,和自己的化合物一起选定吗?merge的蛋白是处理好口袋的,还是没处理前的原蛋白?

发自小木虫Android客户端
人长太帅!
7楼2016-02-02 01:23:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

霞楠

银虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 2261970777 at 2016-02-02 00:35:14
大哥你是怎么弄进去的?为什么我merge完了,在pymol里只显示配体不显示蛋白?

请问这个问题有解决吗   现在遇到了同样的问题
8楼2020-12-24 16:33:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shizixiaoe

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by shouling at 2013-05-31 10:46:28
谢谢啊,前几天我也自己弄出来了,哈哈...

您好,我按照“
选择配体,然后merge到蛋白质的molecular area,然后export蛋白质的molecular area成pdb文件”但是没有成功,请问您方便给我指点迷津一下嘛,谢谢!
9楼2021-08-10 18:13:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 voov 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085601材料工程专硕求调剂 +6 慕寒mio 2026-03-16 6/300 2026-03-18 14:26 by 007_lilei
[考研] 299求调剂 +5 △小透明* 2026-03-17 5/250 2026-03-18 11:49 by 尽舜尧1
[考研] 0703化学336分求调剂 +6 zbzihdhd 2026-03-15 7/350 2026-03-18 09:53 by zhukairuo
[考研] 301求调剂 +9 yy要上岸呀 2026-03-17 9/450 2026-03-18 08:58 by 无际的草原
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[基金申请] 被我言中:新模板不强调格式了,假专家开始管格式了 +4 beefly 2026-03-14 4/200 2026-03-17 22:04 by 黄鸟于飞Chao
[考研] 332求调剂 +6 Zz版 2026-03-13 6/300 2026-03-17 17:03 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 267一志愿南京工业大学0817化工求调剂 +6 SUICHILD 2026-03-12 6/300 2026-03-17 09:24 by 雾散后相遇lc
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工301求调剂 +5 奕束光 2026-03-13 5/250 2026-03-13 22:00 by 星空星月
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:27 by JourneyLucky
[硕博家园] 085600 260分求调剂 +3 天空还下雨么 2026-03-13 5/250 2026-03-13 18:46 by 天空还下雨么
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生,2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
信息提示
请填处理意见