应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 如何将sybyl对接后的蛋白质和配体保存成一个PDB文件
91/1返回列表
查看: 3941  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

voov

铜虫 (小有名气)

[交流] 如何将sybyl对接后的蛋白质和配体保存成一个PDB文件 已有6人参与

大家好，我在用sybyl软件中的surflex-dock做完对接后，如何将蛋白质和配体保存成一个PDB文件，想用这个复合体进行pymol的修饰，希望有知道的朋友指点下，非常着急，先谢谢大家了！

1111111111111

[ Last edited by voov on 2014-11-25 at 11:45 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-29 17:05:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

win雨

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
将蛋白和配体merge在一起（Edit>Merge），再导入Pymol作图
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-30 16:43:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windf1ower

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
选择配体，然后merge到蛋白质的molecular area，然后export蛋白质的molecular area成pdb文件
赞一下 回复此楼
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
3楼2013-05-30 18:46:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouling

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by win雨 at 2013-05-30 16:43:46
将蛋白和配体merge在一起（Edit>Merge），再导入Pymol作图

谢谢啊，前几天我也自己弄出来了，哈哈
赞一下 回复此楼
4楼2013-05-31 10:46:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouling

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-30 18:46:54
选择配体，然后merge到蛋白质的molecular area，然后export蛋白质的molecular area成pdb文件

谢谢美女，自己也弄出来啦
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-05-31 10:46:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2261970777

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
大哥你是怎么弄进去的？为什么我merge完了，在pymol里只显示配体不显示蛋白？
赞一下 回复此楼
人长太帅！
6楼2016-02-02 00:35:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2261970777

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by win雨 at 2013-05-30 16:43:46
将蛋白和配体merge在一起（Edit>Merge），再导入Pymol作图

是将sybyl对接好的结果直接merge，导出吗？选定配体的时候是将蛋白，和自己的化合物一起选定吗？merge的蛋白是处理好口袋的，还是没处理前的原蛋白？

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
人长太帅！
7楼2016-02-02 01:23:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

霞楠

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 2261970777 at 2016-02-02 00:35:14
大哥你是怎么弄进去的？为什么我merge完了，在pymol里只显示配体不显示蛋白？

请问这个问题有解决吗   现在遇到了同样的问题
赞一下 回复此楼
8楼2020-12-24 16:33:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shizixiaoe

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by shouling at 2013-05-31 10:46:28
谢谢啊，前几天我也自己弄出来了，哈哈...

您好，我按照“
选择配体，然后merge到蛋白质的molecular area，然后export蛋白质的molecular area成pdb文件”但是没有成功，请问您方便给我指点迷津一下嘛，谢谢！
赞一下 回复此楼
9楼2021-08-10 18:13:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 voov 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085404，334分，求调剂 +5 sunjie8888 2026-04-08 5/250 2026-04-08 21:39 by 313165yang
[考研] 求调剂求调剂 +13 121. 2026-04-02 13/650 2026-04-08 21:36 by zhouxiaoyu
[考研] 085501机械英二77总分294求调剂，接受跨专业学习 +5 守法公民亓纪 2026-04-08 5/250 2026-04-08 21:19 by bljnqdcc
[考研] 0703化学调剂 348分 +14 唉我超真没招了 2026-04-06 15/750 2026-04-08 19:16 by 我减肥1
[考研] 347材料专硕求调剂 +18 zj8215216 2026-04-06 18/900 2026-04-08 16:27 by luoyongfeng
[考研] 085404，285分求调剂 +4 薇薇考研 2026-04-07 4/200 2026-04-08 14:32 by zhq0425
[考研] 285求调剂 +7 AZMK 2026-04-07 7/350 2026-04-08 11:10 by 逆水乘风
[考研] 305求调剂 +3 77Qi 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:18 by jp9609
[考研] 316求调剂 +7 yyx想调剂 2026-04-05 7/350 2026-04-07 14:31 by shdgaomin
[考研] 调剂 +4 mcbbc 2026-04-06 5/250 2026-04-07 12:33 by upczlm1989
[考研] 考研调剂 +3 Wwwwwww哇 2026-04-06 3/150 2026-04-06 20:55 by lbsjt
[考研] 求助 +3 卡卡东88 2026-04-06 4/200 2026-04-06 15:28 by going home
[考研] 332求调剂 +17 小小孟... 2026-04-05 18/900 2026-04-06 09:51 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358求调剂 +4 cs0106 2026-04-04 4/200 2026-04-05 18:46 by imissbao
[考研] 317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂 +6 YinTai 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:30 by 无际的草原
[考研] 求调剂 +4 压力??大 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:36 by 啵啵啵0119
[考研] 考研调剂 +8 不爱喝饮料 2026-04-03 8/400 2026-04-03 16:40 by Mistake-J
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358 +4 cs0106 2026-04-03 4/200 2026-04-03 13:41 by 百灵童888
[考研] 一志愿山东大学，085600，344 +7 魏子per 2026-04-02 8/400 2026-04-02 21:12 by 百灵童888
[考研] 275学硕081000服从调剂到其他专业，保不住本专业了 +7 一只小小水牛 2026-04-02 8/400 2026-04-02 14:23 by alice-2022
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭