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sijifengsd银虫 (小有名气)
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【求助】SYBYL-分子读入后COMFA不能给出数值时什么原因？已有3人参与
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大家好： 我在用sybyl做基于受体的3D-QSAR. 我做的过程是这样，首先对接好分子，然后把得到的活性构象（pdb格式）通过File-->read读入，这算是叠合了吧？（这点我不懂）然后产生一个MSS表格，输入对应的PIC50数值，发现在用AutoFill-->CoMFA时CoMFA那一列没有数据产生，所以没有办法做了。很急，想知道原因和解决办法。希望指点一下，谢谢啦！ [ Last edited by yjcmwgk on 2010-8-10 at 05:38 ] |
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 Sybyl 常见问题及使用教程 |
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piscesee
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2楼2010-08-10 09:41:29
sijifengsd
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您说的是，我的确把加电荷这步给忘记了，以前做基于ligand的加以为对接好的分子电荷是加好的呢。还有个问题请版主点拨一下： 1 做基于配体的时候需要选择活性最高的分子作为模板，并且要选择一个骨架，那么在做基于receptor的叠合还要选择模板么？ 2 如果不需要的话，就是从File--read读入就可以了，那么小分子的活性构象以什么格式读入？pdb还是mol2格式？读入的时候是先读小分子，再读大分子；还是大分子和小分子放在一起读入？我发现读完小分子，再读protein建立数据表格时大分子也别当做一个小分子显示在表格里面了。 3 在做COMFA的时候我不知道是不是也要带着蛋白一起做，还是和做基于ligand的时候那样光是那些小分子在那里处理，然后显示的时候在补充上蛋白质分子 本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2286760 这个问题我也发帖了，暂时还没有人回答我，恳请指点一下，发出去的文章审稿人的意见要做基于受体的，所以不会这两天光愁了。 |
3楼2010-08-11 09:24:48
piscesee
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5楼2010-08-12 09:17:34
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