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sijifengsd

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】SYBYL-分子读入后COMFA不能给出数值时什么原因？ 已有3人参与

大家好：
我在用sybyl做基于受体的3D-QSAR.
我做的过程是这样，首先对接好分子，然后把得到的活性构象（pdb格式）通过File-->read读入，这算是叠合了吧？（这点我不懂）然后产生一个MSS表格，输入对应的PIC50数值，发现在用AutoFill-->CoMFA时CoMFA那一列没有数据产生，所以没有办法做了。很急，想知道原因和解决办法。希望指点一下，谢谢啦！

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-8-10 at 05:38 ]
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似水年华
1楼 2010-08-09 20:36:18
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-10 10:20:36
sijifengsd(金币+5):谢谢您，还有个问题要请教 2010-08-11 09:18:04
分子没有加电荷吧
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2楼2010-08-10 09:41:29
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sijifengsd

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by piscesee at 2010-08-10 09:41:29:
分子没有加电荷吧

您说的是，我的确把加电荷这步给忘记了，以前做基于ligand的加以为对接好的分子电荷是加好的呢。还有个问题请版主点拨一下：
1 做基于配体的时候需要选择活性最高的分子作为模板，并且要选择一个骨架，那么在做基于receptor的叠合还要选择模板么？
2 如果不需要的话，就是从File--read读入就可以了，那么小分子的活性构象以什么格式读入？pdb还是mol2格式？读入的时候是先读小分子，再读大分子；还是大分子和小分子放在一起读入？我发现读完小分子，再读protein建立数据表格时大分子也别当做一个小分子显示在表格里面了。
3 在做COMFA的时候我不知道是不是也要带着蛋白一起做，还是和做基于ligand的时候那样光是那些小分子在那里处理，然后显示的时候在补充上蛋白质分子
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2286760
这个问题我也发帖了，暂时还没有人回答我，恳请指点一下，发出去的文章审稿人的意见要做基于受体的，所以不会这两天光愁了。
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似水年华
3楼2010-08-11 09:24:48
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-08-11 11:01:00
1、基于配体的时候因为要叠合所以要选个模板，基于receptor的时候，对接就是相当于叠合的过程，对接完的不需要再叠合，也就不需要模板了
2、mol2格式吧，pdb的没电荷，而且有时候pdb的原子类型还不对。
做CoMFA，只读小分子就可以了。得到了最终的结果然后再把大分子读进去，只是为了给自己的结果找个名正言顺的解释。
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4楼2010-08-11 10:25:54
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

呵呵

太感谢了，这就是我不懂的地方！
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似水年华
5楼2010-08-12 09:17:34
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《Sybyl 常见问题及使用教程》
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故地如重游月圆更寂寞
6楼2011-09-05 20:17:33
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军中绿草柏

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by piscesee at 2010-08-11 10:25:54:
1、基于配体的时候因为要叠合所以要选个模板，基于receptor的时候，对接就是相当于叠合的过程，对接完的不需要再叠合，也就不需要模板了
2、mol2格式吧，pdb的没电荷，而且有时候pdb的原子类型还不对。
做CoMFA ...

能否知道我一下，新手太多的问题不明白，qq号码是414405320，谢谢啊！
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学习、科研、加油、奋进！
7楼2011-10-03 09:36:58
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