24小时热门版块排行榜    

查看: 1346  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

sijifengsd

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】SYBYL-分子读入后COMFA不能给出数值时什么原因? 已有3人参与

大家好:
我在用sybyl做基于受体的3D-QSAR.
我做的过程是这样,首先对接好分子,然后把得到的活性构象(pdb格式)通过File-->read读入,这算是叠合了吧?(这点我不懂)然后产生一个MSS表格,输入对应的PIC50数值,发现在用AutoFill-->CoMFA时CoMFA那一列没有数据产生,所以没有办法做了。很急,想知道原因和解决办法。希望指点一下,谢谢啦!

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-8-10 at 05:38 ]
回复此楼
似水年华
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

piscesee

铁杆木虫 (正式写手)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-10 10:20:36
sijifengsd(金币+5):谢谢您,还有个问题要请教 2010-08-11 09:18:04
分子没有加电荷吧
2楼2010-08-10 09:41:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

piscesee

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-08-11 11:01:00
1、基于配体的时候因为要叠合所以要选个模板,基于receptor的时候,对接就是相当于叠合的过程,对接完的不需要再叠合,也就不需要模板了
2、mol2格式吧,pdb的没电荷,而且有时候pdb的原子类型还不对。
做CoMFA,只读小分子就可以了。得到了最终的结果然后再把大分子读进去,只是为了给自己的结果找个名正言顺的解释。
4楼2010-08-11 10:25:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sijifengsd 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见