| 查看: 463 | 回复: 0 | |||
sijifengsd银虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助】急-sybyl基于receptor的重叠怎么做？
|
|
大家好： 本人在用sybyl做分子设计，对于我做的体系开始是基于ligand的叠合。但是审稿人说既然有晶体的结构，怎么不基于受体的叠合也做一下？晕，还的按照人家的意思做。我现在配体小分子已经对接到结合口袋里面了，现在就差叠合的这一步了，但是有点问题不懂： 1 做基于配体的时候需要选择活性最高的分子作为模板，并且要选择一个骨架，那么在做基于receptor的叠合还要选择模板么？ 2 如果不需要的话，就是从File--read读入就可以了，那么小分子的活性构象以什么格式读入？pdb还是mol2格式？读入的时候是先读小分子，再读大分子；还是大分子和小分子放在一起读入？我发现读完小分子，再读protein建立数据表格时大分子也别当做一个小分子显示在表格里面了。 3 在做COMFA的时候我不知道是不是也要带着蛋白一起做，还是和做基于ligand的时候那样光是那些小分子在那里处理，然后显示的时候在补充上蛋白质分子 很困惑，不知道怎么解决，希望高手给予指点。 [ Last edited by sijifengsd on 2010-8-9 at 18:33 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
Chemical Bonding at Surfaces and Interfaces,最经典的一本表面上化学相互作用教材
已经有0人回复
-
求ENDNOTE破解软件安装包
已经有4人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有187人回复
-
诚邀有志之士加入江苏大学环境学院合成生物学课题组！(长期接收学硕专硕、硕博连读)
已经有16人回复
-
河海大学 （211.双一流高校）钙钛矿光电实验室丁勇团队欢迎有志青年！
已经有3人回复
-
一志愿南大理论与计算化学方向（070300）342分，求调剂
已经有1人回复
-
欢迎化学、化工、物理、材料、或计算机背景的考研咨询
已经有0人回复
-
黑龙江省原子能研究院化学课题组招收2026级化学专业或化学相关专业硕士生
已经有0人回复
-
26博士申请
已经有0人回复
-
河南理工大学化工学院招收调剂生啦！
已经有1人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
