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sijifengsd银虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】急-sybyl基于receptor的重叠怎么做？
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大家好： 本人在用sybyl做分子设计，对于我做的体系开始是基于ligand的叠合。但是审稿人说既然有晶体的结构，怎么不基于受体的叠合也做一下？晕，还的按照人家的意思做。我现在配体小分子已经对接到结合口袋里面了，现在就差叠合的这一步了，但是有点问题不懂： 1 做基于配体的时候需要选择活性最高的分子作为模板，并且要选择一个骨架，那么在做基于receptor的叠合还要选择模板么？ 2 如果不需要的话，就是从File--read读入就可以了，那么小分子的活性构象以什么格式读入？pdb还是mol2格式？读入的时候是先读小分子，再读大分子；还是大分子和小分子放在一起读入？我发现读完小分子，再读protein建立数据表格时大分子也别当做一个小分子显示在表格里面了。 3 在做COMFA的时候我不知道是不是也要带着蛋白一起做，还是和做基于ligand的时候那样光是那些小分子在那里处理，然后显示的时候在补充上蛋白质分子 很困惑，不知道怎么解决，希望高手给予指点。 [ Last edited by sijifengsd on 2010-8-9 at 18:33 ] |
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