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voov

铜虫 (小有名气)

[交流] 如何将sybyl对接后的蛋白质和配体保存成一个PDB文件已有6人参与

大家好,我在用sybyl软件中的surflex-dock做完对接后,如何将蛋白质和配体保存成一个PDB文件,想用这个复合体进行pymol的修饰,希望有知道的朋友指点下,非常着急,先谢谢大家了!

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[ Last edited by voov on 2014-11-25 at 11:45 ]
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win雨

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
将蛋白和配体merge在一起(Edit>Merge),再导入Pymol作图
2楼2013-05-30 16:43:46
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windf1ower

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
选择配体,然后merge到蛋白质的molecular area,然后export蛋白质的molecular area成pdb文件
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
3楼2013-05-30 18:46:54
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shouling

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by win雨 at 2013-05-30 16:43:46
将蛋白和配体merge在一起(Edit>Merge),再导入Pymol作图

谢谢啊,前几天我也自己弄出来了,哈哈
4楼2013-05-31 10:46:28
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shouling

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by windf1ower at 2013-05-30 18:46:54
选择配体,然后merge到蛋白质的molecular area,然后export蛋白质的molecular area成pdb文件

谢谢美女,自己也弄出来啦
5楼2013-05-31 10:46:54
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2261970777

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
大哥你是怎么弄进去的?为什么我merge完了,在pymol里只显示配体不显示蛋白?
人长太帅!
6楼2016-02-02 00:35:14
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2261970777

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by win雨 at 2013-05-30 16:43:46
将蛋白和配体merge在一起(Edit>Merge),再导入Pymol作图

是将sybyl对接好的结果直接merge,导出吗?选定配体的时候是将蛋白,和自己的化合物一起选定吗?merge的蛋白是处理好口袋的,还是没处理前的原蛋白?

发自小木虫Android客户端
人长太帅!
7楼2016-02-02 01:23:51
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霞楠

银虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 2261970777 at 2016-02-02 00:35:14
大哥你是怎么弄进去的?为什么我merge完了,在pymol里只显示配体不显示蛋白?

请问这个问题有解决吗   现在遇到了同样的问题
8楼2020-12-24 16:33:19
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shizixiaoe

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by shouling at 2013-05-31 10:46:28
谢谢啊,前几天我也自己弄出来了,哈哈...

您好,我按照“
选择配体,然后merge到蛋白质的molecular area,然后export蛋白质的molecular area成pdb文件”但是没有成功,请问您方便给我指点迷津一下嘛,谢谢!
9楼2021-08-10 18:13:09
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