| 查看: 4060 | 回复: 13 | ||
wohaihao荣誉版主 (著名写手)
保密局的……
|
[求助]
请教高人，我的pymol软件导入蛋白后进行cartoon时，出现的怎么是loop结构？
|
|
教程说应该是cartoon_automatic 那种，很漂亮的。 我用了cartoon automatic命令也不识别，一直是loop结构。  其他的都能掉出来，如arrow等。请教这个默认设置怎么弄？或者是软件本身的问题？ |
回复此楼» 猜你喜欢
0854控制工程 359求调剂 可跨专业
已经有9人回复
-
梁成伟老师课题组欢迎你的加入
已经有9人回复
-
化学调剂0703
已经有8人回复
-
环境工程调剂
已经有6人回复
-
326求调剂
已经有7人回复
-
一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂
已经有5人回复
-
今年的国基金是打分制吗？
已经有3人回复
-
304求调剂
已经有5人回复
-
一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项
已经有5人回复
-
304求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 蛋白质与蛋白质互作研究方法
已经有495人回复
- 请教稳定性同位素测定方法
已经有10人回复
- 请教毕业证是按一级学科填写还是二级学科填写
已经有4人回复
- 请教溶解度很差的化合物的重结晶
已经有12人回复
- 等静压成型问题请教
已经有24人回复
- 请教下如何做response更合适？（蛋白组学实验，iTRAQ相关）
已经有4人回复
- 蛋白活性问题
已经有7人回复
- SCI稿件proof reading阶段，有个疑问请教！
已经有5人回复
- 请教几个关于电沉积的最初级的问题，还请各位不吝赐教
已经有5人回复
- 请教大家关于双向电泳的问题~
已经有4人回复
- 请高手指导，我的pymol为何不显示氢键
已经有4人回复
- 【请教】两种混合晶型的产物，如何通过XRD数据计算两种不同晶体所占的比例
已经有10人回复
- 【求助】哪位高人用过偏振分光片，请教！
已经有6人回复
4楼2012-02-21 20:39:51
jawang
木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 3533.7
- 散金: 43
- 红花: 1
- 帖子: 376
- 在线: 214.7小时
- 虫号: 838608
- 注册: 2009-09-02
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
chaizhm(金币+2): 2012-02-23 11:30:25
|
你使用pymol将蛋白和小分子分别存出来为pdb格式，然后将这两个文件合并起来，就可以了。将connect的行去掉，将第一个end改成ter，就可以了 附件为我改过的文件，你可以看下 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : modify.pdb
2012-02-23 08:54:53, 188.43 K
9楼2012-02-23 08:56:40
fmtzhangli
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1311.3
- 红花: 1
- 帖子: 73
- 在线: 132.5小时
- 虫号: 908286
- 注册: 2009-11-20
- 专业: 生物信息学
2楼2012-02-21 19:09:01
wohaihao
荣誉版主 (著名写手)
保密局的……
- 应助: 11 (小学生)
- 贵宾: 3.19
- 金币: 8685.3
- 散金: 6643
- 红花: 9
- 沙发: 1
- 帖子: 2071
- 在线: 654.7小时
- 虫号: 117757
- 注册: 2005-11-26
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
- 管辖: 有机交流
3楼2012-02-21 19:30:13
wohaihao
荣誉版主 (著名写手)
保密局的……
- 应助: 11 (小学生)
- 贵宾: 3.19
- 金币: 8685.3
- 散金: 6643
- 红花: 9
- 沙发: 1
- 帖子: 2071
- 在线: 654.7小时
- 虫号: 117757
- 注册: 2005-11-26
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
- 管辖: 有机交流
5楼2012-02-21 21:13:44
caixin5120 
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 46 (小学生)
- 金币: 5.9
- 散金: 100
- 红花: 3
- 帖子: 483
- 在线: 158.3小时
- 虫号: 576460
- 注册: 2008-06-20
- 专业: 药物化学
6楼2012-02-22 09:50:18
wohaihao
荣誉版主 (著名写手)
保密局的……
- 应助: 11 (小学生)
- 贵宾: 3.19
- 金币: 8685.3
- 散金: 6643
- 红花: 9
- 沙发: 1
- 帖子: 2071
- 在线: 654.7小时
- 虫号: 117757
- 注册: 2005-11-26
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
- 管辖: 有机交流
7楼2012-02-22 16:24:20
wohaihao
荣誉版主 (著名写手)
保密局的……
- 应助: 11 (小学生)
- 贵宾: 3.19
- 金币: 8685.3
- 散金: 6643
- 红花: 9
- 沙发: 1
- 帖子: 2071
- 在线: 654.7小时
- 虫号: 117757
- 注册: 2005-11-26
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
- 管辖: 有机交流
| 附件中的文件是我用sybyl保存过的，在pymol里面可以做成各种形式的cartoon，如loop等，就是不能得到第一幅图的那种形式，请大家帮忙试试 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : wenjian.mol2
2012-02-22 18:39:36, 301.11 K
8楼2012-02-22 18:41:33
caixin5120
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 46 (小学生)
- 金币: 5.9
- 散金: 100
- 红花: 3
- 帖子: 483
- 在线: 158.3小时
- 虫号: 576460
- 注册: 2008-06-20
- 专业: 药物化学
10楼2012-02-23 10:37:32
