24小时热门版块排行榜    

查看: 4470  |  回复: 13

wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

[求助] 请教高人,我的pymol软件导入蛋白后进行cartoon时,出现的怎么是loop结构?

教程说应该是cartoon_automatic 那种,很漂亮的。

我用了cartoon automatic命令也不识别,一直是loop结构。

其他的都能掉出来,如arrow等。请教这个默认设置怎么弄?或者是软件本身的问题?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

从小到大就没清闲过,要不就是穷,穷的活着没意思,要不就是累,累得活着没意思,现在是又穷又累了
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ilovethis

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
wohaihao(金币+2): 有帮助 谢谢 2012-02-21 21:14:10
hide all
show cartoon ?
4楼2012-02-21 20:39:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jawang

木虫 (正式写手)

chaizhm(金币+2): 2012-02-23 11:30:25
引用回帖:
8楼: Originally posted by wohaihao at 2012-02-22 18:41:33:
附件中的文件是我用sybyl保存过的,在pymol里面可以做成各种形式的cartoon,如loop等,就是不能得到第一幅图的那种形式,请大家帮忙试试

你使用pymol将蛋白和小分子分别存出来为pdb格式,然后将这两个文件合并起来,就可以了。将connect的行去掉,将第一个end改成ter,就可以了
附件为我改过的文件,你可以看下

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : modify.pdb
  • 2012-02-23 08:54:53, 188.43 K
9楼2012-02-23 08:56:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

fmtzhangli

金虫 (小有名气)

chaizhm(金币+1): 2012-02-21 19:49:44
我看是结构文件有问题
2楼2012-02-21 19:09:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

我用sybyl导入的mol2文件,需要保存pdb文件吗?
从小到大就没清闲过,要不就是穷,穷的活着没意思,要不就是累,累得活着没意思,现在是又穷又累了
3楼2012-02-21 19:30:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

引用回帖:
4楼: Originally posted by ilovethis at 2012-02-21 20:39:51:
hide all
show cartoon ?

好像这个方法试过,不行。是否与版本有关?
从小到大就没清闲过,要不就是穷,穷的活着没意思,要不就是累,累得活着没意思,现在是又穷又累了
5楼2012-02-21 21:13:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
wohaihao(金币+2): 谢谢 2012-02-22 16:43:16
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2012-02-22 22:12:14
不能是mol2文件,改为pdb文件就对了:) pymol不支持mol2的动画
6楼2012-02-22 09:50:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

引用回帖:
6楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-02-22 09:50:18:
不能是mol2文件,改为pdb文件就对了:) pymol不支持mol2的动画

sybyl中不能同时将蛋白与配体一并保存成pdb文件。只能是mol.2文件。
从小到大就没清闲过,要不就是穷,穷的活着没意思,要不就是累,累得活着没意思,现在是又穷又累了
7楼2012-02-22 16:24:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

附件中的文件是我用sybyl保存过的,在pymol里面可以做成各种形式的cartoon,如loop等,就是不能得到第一幅图的那种形式,请大家帮忙试试

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : wenjian.mol2
  • 2012-02-22 18:39:36, 301.11 K
从小到大就没清闲过,要不就是穷,穷的活着没意思,要不就是累,累得活着没意思,现在是又穷又累了
8楼2012-02-22 18:41:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

chaizhm(金币+1): 2012-02-23 11:30:35
呵呵 楼上方法是可行的:) 同时sybyl也支持 merge,把蛋白和小分子 就放到一起了,然后保存为pdb文件。
10楼2012-02-23 10:37:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wohaihao 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 18:01 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:48 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:12 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:00 by Aj1rhIDL5ixY
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:57 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:48 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:45 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:21 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:13 by Aj1rhIDL5ixY
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 15:09 by Aj1rhIDL5ixY
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:01 by Aj1rhIDL5ixY
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:00 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神:2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀? +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 10:11 by 23jxep3nCNZb
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 10:01 by 23jxep3nCNZb
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 面上有专家说实验设备不是我们单位的 +6 zj_muchong 2026-09-08 8/400 2026-09-11 06:56 by suifengdao
[有机交流] 科研求助 10+4 我吃一只鱼 2026-09-07 4/200 2026-09-10 08:32 by 0940628
信息提示
请填处理意见