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wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

[求助] 请教高人,我的pymol软件导入蛋白后进行cartoon时,出现的怎么是loop结构?

教程说应该是cartoon_automatic 那种,很漂亮的。

我用了cartoon automatic命令也不识别,一直是loop结构。

其他的都能掉出来,如arrow等。请教这个默认设置怎么弄?或者是软件本身的问题?
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从小到大就没清闲过,要不就是穷,穷的活着没意思,要不就是累,累得活着没意思,现在是又穷又累了
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ilovethis

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
wohaihao(金币+2): ★有帮助 谢谢 2012-02-21 21:14:10
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show cartoon ?
4楼2012-02-21 20:39:51
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jawang

木虫 (正式写手)

chaizhm(金币+2): 2012-02-23 11:30:25
引用回帖:
8楼: Originally posted by wohaihao at 2012-02-22 18:41:33:
附件中的文件是我用sybyl保存过的,在pymol里面可以做成各种形式的cartoon,如loop等,就是不能得到第一幅图的那种形式,请大家帮忙试试

你使用pymol将蛋白和小分子分别存出来为pdb格式,然后将这两个文件合并起来,就可以了。将connect的行去掉,将第一个end改成ter,就可以了
附件为我改过的文件,你可以看下

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  • 附件 1 : modify.pdb
  • 2012-02-23 08:54:53, 188.43 K
9楼2012-02-23 08:56:40
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普通回帖

fmtzhangli

金虫 (小有名气)

chaizhm(金币+1): 2012-02-21 19:49:44
我看是结构文件有问题
2楼2012-02-21 19:09:01
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wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

我用sybyl导入的mol2文件,需要保存pdb文件吗?
从小到大就没清闲过,要不就是穷,穷的活着没意思,要不就是累,累得活着没意思,现在是又穷又累了
3楼2012-02-21 19:30:13
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wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

引用回帖:
4楼: Originally posted by ilovethis at 2012-02-21 20:39:51:
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show cartoon ?

好像这个方法试过,不行。是否与版本有关?
从小到大就没清闲过,要不就是穷,穷的活着没意思,要不就是累,累得活着没意思,现在是又穷又累了
5楼2012-02-21 21:13:44
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caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
wohaihao(金币+2): 谢谢 2012-02-22 16:43:16
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2012-02-22 22:12:14
不能是mol2文件,改为pdb文件就对了:) pymol不支持mol2的动画
6楼2012-02-22 09:50:18
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wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

引用回帖:
6楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-02-22 09:50:18:
不能是mol2文件,改为pdb文件就对了:) pymol不支持mol2的动画

sybyl中不能同时将蛋白与配体一并保存成pdb文件。只能是mol.2文件。
从小到大就没清闲过,要不就是穷,穷的活着没意思,要不就是累,累得活着没意思,现在是又穷又累了
7楼2012-02-22 16:24:20
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wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

附件中的文件是我用sybyl保存过的,在pymol里面可以做成各种形式的cartoon,如loop等,就是不能得到第一幅图的那种形式,请大家帮忙试试

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  • 附件 1 : wenjian.mol2
  • 2012-02-22 18:39:36, 301.11 K
从小到大就没清闲过,要不就是穷,穷的活着没意思,要不就是累,累得活着没意思,现在是又穷又累了
8楼2012-02-22 18:41:33
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caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

chaizhm(金币+1): 2012-02-23 11:30:35
呵呵 楼上方法是可行的:) 同时sybyl也支持 merge,把蛋白和小分子 就放到一起了,然后保存为pdb文件。
10楼2012-02-23 10:37:32
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