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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子对接前，大分子的前处理
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

[求助] 分子对接前，大分子的前处理

从数据库现在的大分子文件中，含有一个配体与氨基酸残基-S-S-结合，这个修饰后的残基怎么处理，是直接删掉这个配体吗，删掉后结构需要优化吗？大家是怎么处理这种活性位点被化学修饰的氨基酸残基，以用于分子对接？谢谢
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1楼2012-12-13 21:47:15
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-16 09:45:52
gouyi: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-16 22:21:11
关键是看你要做什么对接，配体和蛋白S-S 形成的是二硫键（共价键）。删除配体后，你想用什么分子来对接呢？
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5楼2012-12-16 00:08:02
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gouyi: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-12-17 15:19:18
http://www.bioms.org/thread-195-1-1.html   这里有Bioms小组翻译的官方autodock4.2 说明书下载。希望对你有帮助。
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9楼2012-12-17 14:52:00
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