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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 晶体结构中有水分子分子对接完了怎么加水进去
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donnafeng

金虫 (小有名气)

[求助] 晶体结构中有水分子分子对接完了怎么加水进去

已知一个酶的晶体结构中有底物 还有水分子，不同来源的另一个酶同源建模 用autodock对接以后 只有底物和酶的作用  怎么才能把水加进去呢
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1楼 2012-10-26 12:20:41
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
为什么把水分子加进去呢？有什么参考价值。。。。。
加进水分子很简单，用pymol等软件把大分子删除，只保留水分子！然后把对接结果dlg，大分子PDB和保留的水分子一块打开即可了。。。。
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2楼2012-10-26 18:40:09
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2012-10-26 18:40:09
为什么把水分子加进去呢？有什么参考价值。。。。。
加进水分子很简单，用pymol等软件把大分子删除，只保留水分子！然后把对接结果dlg，大分子PDB和保留的水分子一块打开即可了。。。。

哈哈~如果晶体水分子会和配体形成氢键就有增加对接可信性的可能了~但是没必要保留全部的水分子~哈哈
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3楼2012-10-26 18:49:17
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donnafeng

金虫 (小有名气)
啊 是我没说清楚吗 晶体是别的蛋白  我的蛋白是按别的蛋白的晶体结构同源建模的 所以我的没有水分子
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4楼2012-10-26 19:17:32
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donnafeng

金虫 (小有名气)
longdlut  你的回答不是应助 我加不了金币给你啊
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5楼2012-10-26 19:19:25
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
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6楼2013-04-01 14:34:37
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翾子

新虫 (初入文坛)
楼主我也遇到了这个问题

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7楼2021-03-25 13:00:15
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stray_16

新虫 (小有名气)
你是想加模板中的水加入到你构建的结构中，还是想额外添加水构建复合物跑动力学？

发自小木虫Android客户端
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8楼2021-04-02 12:16:38
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