24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2793  |  回复: 7

donnafeng

金虫 (小有名气)

[求助] 晶体结构中有水分子分子对接完了怎么加水进去

已知一个酶的晶体结构中有底物 还有水分子,不同来源的另一个酶同源建模 用autodock对接以后 只有底物和酶的作用  怎么才能把水加进去呢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


为什么把水分子加进去呢?有什么参考价值。。。。。
加进水分子很简单,用pymol等软件把大分子删除,只保留水分子!然后把对接结果dlg,大分子PDB和保留的水分子一块打开即可了。。。。
2楼2012-10-26 18:40:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2012-10-26 18:40:09
为什么把水分子加进去呢?有什么参考价值。。。。。
加进水分子很简单,用pymol等软件把大分子删除,只保留水分子!然后把对接结果dlg,大分子PDB和保留的水分子一块打开即可了。。。。

哈哈~如果晶体水分子会和配体形成氢键就有增加对接可信性的可能了~但是没必要保留全部的水分子~哈哈
3楼2012-10-26 18:49:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

donnafeng

金虫 (小有名气)

啊 是我没说清楚吗 晶体是别的蛋白  我的蛋白是按别的蛋白的晶体结构同源建模的 所以我的没有水分子
4楼2012-10-26 19:17:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

donnafeng

金虫 (小有名气)

longdlut  你的回答不是应助 我加不了金币给你啊
5楼2012-10-26 19:19:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


学习一下
6楼2013-04-01 14:34:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

翾子

新虫 (初入文坛)

楼主我也遇到了这个问题

发自小木虫Android客户端
7楼2021-03-25 13:00:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stray_16

新虫 (小有名气)

你是想加模板中的水加入到你构建的结构中,还是想额外添加水构建复合物跑动力学?

发自小木虫Android客户端
8楼2021-04-02 12:16:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 donnafeng 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0854调剂 +10 长弓傲 2026-04-11 11/550 2026-04-13 10:38 by wp06
[考研] 材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组 +11 hualkop 2026-04-12 11/550 2026-04-13 08:47 by Sammy2
[考研] 290调剂生物0860 +28 哇哈哈,。 2026-04-11 31/1550 2026-04-13 01:16 by 幸免 ..
[考研] 一志愿双非085400电子信息344 求调剂,对材料和化学方向也感兴趣 +11 无情的小羊 2026-04-09 12/600 2026-04-12 17:41 by 686666
[考研] 085600材料与化工,求调剂 +12 won_qii 2026-04-07 12/600 2026-04-12 17:02 by lhj2009
[硕博家园] 新一代电子信息294求调剂 不挑学校 +7 Ytyt11 2026-04-09 8/400 2026-04-12 16:57 by ajpv风雷
[考研] 材料与化工300求调剂 +39 肖开文 2026-04-09 43/2150 2026-04-12 01:30 by 秋豆菜芽
[考研] 调剂 +6 青灯不负 2026-04-09 6/300 2026-04-11 20:35 by dongdian1
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 求调剂 +6 archer.. 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:55 by zhq0425
[考研] 282,求调剂 +12 jggshjkkm 2026-04-09 14/700 2026-04-11 09:39 by 猪会飞
[考研] 289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校) +6 白云123456789 2026-04-09 8/400 2026-04-10 21:13 by zhouxiaoyu
[考研] 263能源动力专硕求调剂 +4 加大号饭盒袋 2026-04-10 4/200 2026-04-10 20:52 by gong120082
[考研] 0858求调剂 5+5 Gky09300550, 2026-04-10 8/400 2026-04-10 19:13 by chemisry
[考研] 材料专硕调剂 +16 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 17/850 2026-04-09 21:16 by wutongshun
[考研] 070300化学 求调剂 +13 73372112 2026-04-08 13/650 2026-04-09 20:22 by maddjdld
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +9 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-09 10/500 2026-04-09 20:01 by Orcid
[考研] 0703化学求调剂 +21 不知名的小卅 2026-04-08 21/1050 2026-04-09 18:55 by l_paradox
[考研] 一志愿中科院105500专业总分315求调剂 +6 lallalh 2026-04-09 7/350 2026-04-09 17:51 by lallalh
[考研] 085400电子信息类(川大控制工程)求调剂可跨专业 求老师联系 +3 626776879 2026-04-08 3/150 2026-04-09 16:05 by 猪会飞
信息提示
请填处理意见