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donnafeng

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[求助] 晶体结构中有水分子分子对接完了怎么加水进去

已知一个酶的晶体结构中有底物还有水分子，不同来源的另一个酶同源建模用autodock对接以后只有底物和酶的作用怎么才能把水加进去呢

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1楼 2012-10-26 12:20:41

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longdlut

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为什么把水分子加进去呢？有什么参考价值。。。。。
加进水分子很简单，用pymol等软件把大分子删除，只保留水分子！然后把对接结果dlg，大分子PDB和保留的水分子一块打开即可了。。。。

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2楼2012-10-26 18:40:09

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zh1987hs

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2楼: Originally posted by longdlut at 2012-10-26 18:40:09
为什么把水分子加进去呢？有什么参考价值。。。。。
加进水分子很简单，用pymol等软件把大分子删除，只保留水分子！然后把对接结果dlg，大分子PDB和保留的水分子一块打开即可了。。。。

哈哈~如果晶体水分子会和配体形成氢键就有增加对接可信性的可能了~但是没必要保留全部的水分子~哈哈

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3楼2012-10-26 18:49:17

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