24小时热门版块排行榜    

查看: 2720  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

donnafeng

金虫 (小有名气)

[求助] 晶体结构中有水分子分子对接完了怎么加水进去

已知一个酶的晶体结构中有底物 还有水分子,不同来源的另一个酶同源建模 用autodock对接以后 只有底物和酶的作用  怎么才能把水加进去呢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

翾子

新虫 (初入文坛)

7楼2021-03-25 13:00:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


为什么把水分子加进去呢?有什么参考价值。。。。。
加进水分子很简单,用pymol等软件把大分子删除,只保留水分子!然后把对接结果dlg,大分子PDB和保留的水分子一块打开即可了。。。。
2楼2012-10-26 18:40:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2012-10-26 18:40:09
为什么把水分子加进去呢?有什么参考价值。。。。。
加进水分子很简单,用pymol等软件把大分子删除,只保留水分子!然后把对接结果dlg,大分子PDB和保留的水分子一块打开即可了。。。。

哈哈~如果晶体水分子会和配体形成氢键就有增加对接可信性的可能了~但是没必要保留全部的水分子~哈哈
3楼2012-10-26 18:49:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

donnafeng

金虫 (小有名气)

啊 是我没说清楚吗 晶体是别的蛋白  我的蛋白是按别的蛋白的晶体结构同源建模的 所以我的没有水分子
4楼2012-10-26 19:17:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +7 吃宵夜1 2026-02-28 9/450 2026-02-28 19:15 by 公瑾逍遥
[考研] 298求调剂 +6 人间唯你是清欢 2026-02-28 8/400 2026-02-28 18:52 by 人间唯你是清欢
[考研] 0856材料求调剂 +10 hyf hyf hyf 2026-02-28 11/550 2026-02-28 18:50 by 无际的草原
[考研] 311求调剂 +7 南迦720 2026-02-28 7/350 2026-02-28 18:28 by leonnulll
[考研] 高分子化学与物理调剂 +4 好好好1233 2026-02-28 5/250 2026-02-28 18:20 by liqiongjy
[教师之家] 版面费该交吗 +15 苹果在哪里 2026-02-22 18/900 2026-02-28 18:20 by mibaomingg
[考研] 285求调剂 +5 满头大汗的学生 2026-02-28 5/250 2026-02-28 18:10 by 材料专硕调剂;
[考研] 材料调剂 +3 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 3/150 2026-02-28 18:06 by houyaoxu
[考研] 求调剂 +3 repeatt?t 2026-02-28 3/150 2026-02-28 18:00 by houyaoxu
[考研] 化工专硕348,一志愿985求调剂 +3 弗格个 2026-02-28 5/250 2026-02-28 17:04 by sandychj
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +4 礼堂丁真258 2026-02-28 6/300 2026-02-28 16:18 by 求调剂zz
[考博] 26申博 +3 想申博! 2026-02-26 3/150 2026-02-28 16:07 by nxgogo
[考研] 290求调剂 +4 材料专硕调剂; 2026-02-28 5/250 2026-02-28 13:32 by houyaoxu
[考研] 寻找调剂 +3 LYidhsjabdj 2026-02-28 3/150 2026-02-28 12:59 by miniwendy
[考研] 304求调剂 +5 曼殊2266 2026-02-28 6/300 2026-02-28 12:44 by 迷糊CCPs
[考研] 298求调剂 +4 axyz3 2026-02-28 4/200 2026-02-28 11:21 by wang_dand
[基金申请] 什么是人一生最重要的? +10 瞬息宇宙 2026-02-21 10/500 2026-02-27 08:46 by tfang
[基金申请] 面上可以超过30页吧? +12 阿拉贡aragon 2026-02-22 13/650 2026-02-26 22:09 by Hahaxia
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
请填处理意见