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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Surflex-Dock问题
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haiyanqian

木虫 (小有名气)

[求助] Surflex-Dock问题 已有2人参与

我现在有40个小分子，因为我们没有购买GOLD，所以我想通过Surflex-Dock实现这40个小分子与已知蛋白的对接。之前没有学习过这个，最近学习过程中有些问题，想跟您请教一下。
（1）在准备蛋白的时候，首先提取出配体，并且删除水分子等；之后做 Analyze Selected Structure，见附件1：
         这里字体凸显的是不是都需要做？ 在Add Charges 的时候Biopolymer 一般用什么力场，Ligands一般用什么力场比较好？
         这边跟后面Staged Minimization中的Set Minimization Details部分Minimize部分Modify中的力场是否需要一致？
（2）准备配体，见附件2：
         Constraints 一般在什么情况下需要设置这个参数？
         Ligand Source 需要SLN File，这边我将在sybyl中画完的40个分子的.mol2文件直接在sybyl中另存为SLN格式是否可以？
（3）Perform CScore Calculations 是不是勾选上做Docking结果更加准确些呢？
Surflex-Dock问题
附件1.png


Surflex-Dock问题-1
附件2.png
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1楼 2013-12-13 10:10:43
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126406380

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-15 09:14:28
haiyanqian: 金币+5, ★有帮助 2013-12-17 08:47:54
是的，你都要过一遍，因为这样可以得到合理的对接口袋，对接出来的结果也相对正确。SLN不要选，直接下拉菜单有MOL2
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成功是一种标志
2楼2013-12-14 13:55:25
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wbingxin2012

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-19 12:33:04
haiyanqian(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:30:55
附件一中左边那一排除了第一个都要走一下，具体代表什么意思你自己查一下，优化蛋白质核酸一般用AMBER力场，小分子的话tripos就可以了，Constraints是限制性对接选项，只有你确定了某一种作用很必须的时候会用到。SLN是分子表单可以放置大量的小分子来批处理，也可以选择mol2单个小分子进行对接，如果你有40个小分子最好存成分子表单对接完成后也有个对比。SCORE是一致性打分函数，五种打分函数共同评价对接结果
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

haiyanqian
3楼2013-12-18 15:04:47
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haiyanqian

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by wbingxin2012 at 2013-12-18 15:04:47
附件一中左边那一排除了第一个都要走一下，具体代表什么意思你自己查一下，优化蛋白质核酸一般用AMBER力场，小分子的话tripos就可以了，Constraints是限制性对接选项，只有你确定了某一种作用很必须的时候会用到。S ...

我还有地方不明白的就是，为什么对接完了配体分子在活性位点的变化好大，有的分子整个构象都颠倒过来了，是因为我起初的分子叠合有问题吗？谢谢~
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4楼2013-12-24 10:37:30
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yangming98
ok

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2014-01-23 22:46:14
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yilanding

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-19 11:03:06
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-26 21:57:08
haiyanqian(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:31:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by wbingxin2012 at 2013-12-18 15:04:47
附件一中左边那一排除了第一个都要走一下，具体代表什么意思你自己查一下，优化蛋白质核酸一般用AMBER力场，小分子的话tripos就可以了，Constraints是限制性对接选项，只有你确定了某一种作用很必须的时候会用到。S ...

我做了肽酰转移酶的与截短侧耳素一个衍生物对接，对肽酰转移酶预处理时其配体是RNA用不用移除？下载时蛋白质有一个配体是泰妙菌素（截短侧耳素的一种），用不用去除？其需要Repair backbone用时间长，是否要处理？谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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很傻
6楼2014-02-19 08:38:02
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haiyanqian

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yilanding at 2014-02-19 08:38:02
我做了肽酰转移酶的与截短侧耳素一个衍生物对接，对肽酰转移酶预处理时其配体是RNA用不用移除？下载时蛋白质有一个配体是泰妙菌素（截短侧耳素的一种），用不用去除？其需要Repair backbone用时间长，是否要处理？ ...

我对这个也不是很了解，刚开始学完全是根据网上教程上面来做的，然后每一步都做了一遍。看看有没有其他人能回答你这个问题。
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7楼2014-02-26 18:17:06
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花开不败丶

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wbingxin2012 at 2013-12-18 15:04:47
附件一中左边那一排除了第一个都要走一下，具体代表什么意思你自己查一下，优化蛋白质核酸一般用AMBER力场，小分子的话tripos就可以了，Constraints是限制性对接选项，只有你确定了某一种作用很必须的时候会用到。S ...

您好，我有34个小分子，存成表单之后，对接的时候，好像只有第一个对接上了，其他的没有。这是怎么回事啊。
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8楼2018-08-12 15:18:25
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花开不败丶

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wbingxin2012 at 2013-12-18 15:04:47
附件一中左边那一排除了第一个都要走一下，具体代表什么意思你自己查一下，优化蛋白质核酸一般用AMBER力场，小分子的话tripos就可以了，Constraints是限制性对接选项，只有你确定了某一种作用很必须的时候会用到。S ...

还有我想问下，分子表单里面的打分结果，最后生产的table顺序是根据分子表单里面的排序来的吗
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9楼2018-08-12 17:59:16
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