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haiyanqian

木虫 (小有名气)

[求助] Surflex-Dock问题 已有2人参与

我现在有40个小分子,因为我们没有购买GOLD,所以我想通过Surflex-Dock实现这40个小分子与已知蛋白的对接。之前没有学习过这个,最近学习过程中有些问题,想跟您请教一下。
(1)在准备蛋白的时候,首先提取出配体,并且删除水分子等;之后做 Analyze Selected Structure,见附件1:
         这里字体凸显的是不是都需要做? 在Add Charges 的时候Biopolymer 一般用什么力场,Ligands一般用什么力场比较好?
         这边跟后面Staged Minimization中的Set Minimization Details部分Minimize部分Modify中的力场是否需要一致?
(2)准备配体,见附件2:
         Constraints 一般在什么情况下需要设置这个参数?
         Ligand Source 需要SLN File,这边我将在sybyl中画完的40个分子的.mol2文件直接在sybyl中另存为SLN格式是否可以?
(3)Perform CScore Calculations 是不是勾选上做Docking结果更加准确些呢?
Surflex-Dock问题
附件1.png


Surflex-Dock问题-1
附件2.png
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[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2014-01-23 22:46:14
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