| 查看: 2029 | 回复: 5 | |||
[交流]
ds中的分子优化
|
| 我的ds中做分子优化的时候,优化到最后能量还是很高,想请教一下大家是怎么做小分子优化的在DS里面,而且每次都只能赋予CHARMm力场,steepest descent and powell 方法都做了对每个分子,优化出来能量偏高啊。 |
» 猜你喜欢
268求调剂
已经有7人回复
一志愿重庆大学085700资源与环境总分308求调剂
已经有4人回复
302求调剂
已经有11人回复
306求调剂
已经有4人回复
材料学学硕080502 337求调剂-一志愿华中科技大学
已经有4人回复
求调剂
已经有6人回复
313求调剂
已经有3人回复
南昌大学材料专硕311分求调剂
已经有6人回复
316求调剂
已经有6人回复
346求调剂[0856]
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:
从原子到大分子体系的计算机模拟
已经有3人回复
求助!新手高斯几何优化的问题
已经有4人回复
分子优化总是出错,请大家帮忙
已经有9人回复
关于QSAR建模过程中分子结构优化方面的疑问
已经有4人回复
DS分子对接怎么评价?
已经有3人回复
使用amber力场,一些参数无法获得
已经有5人回复
DS 2.5 不能用 Pipeline Pilot
已经有3人回复
溶剂化构型优化问题
已经有5人回复
分子的HOMO、LOMO 能量
已经有7人回复
ds做动力学优化
已经有6人回复
求助:蛋白质对接 分子动力学
已经有10人回复
关于TD-DFT优化构型并计算频率的问题
已经有12人回复
DS 做分子对接
已经有3人回复
DS Server none
已经有6人回复
DS 3.0分子优化
已经有7人回复
请问一下DS做分子对接的步骤?
已经有10人回复
【求助】用DS优化后的分子和pipeline pilot优化后的分子的RS构型问题
已经有6人回复
【求助】请问用什么软件模拟一个化合物并能优化构型计算出分子大小
已经有6人回复
【讨论】分子对接的基本问题
已经有8人回复
【求助】哪位能帮忙写一下DS中小分子和蛋白对接的方法啊?计算一下能量什么的?非常感
已经有12人回复
【讨论】H-BEA分子筛优化后结果和文献不一样,是怎么回i事?高手指点一下
已经有4人回复
【求助】请教用DS做3D-QSAR问题
已经有11人回复
» 抢金币啦!回帖就可以得到:
温柔善良,01年重庆人女孩,找个男友。。。。。。
+2/460
中国电气装备集团研究院招收AI+材料等相关岗位实习生
+1/88
华南理工-广中医联合招收生物医学与材料交叉学科博士生
+1/83
温州大学吕晶晶课题组2026年招生
+1/76
湘潭大学化工学院国家级人才团队2026年博士研究生招生
+1/60
中国药科大学211-课题组招收2026博士/硕士-有机化学
+1/49
河南工学院诚聘优秀凝聚态物理和电子科学与技术相关专业硕博研究生
+2/36
刚刚工作不久的孤独感
+1/34
上海交通大学沈道智副教授招收2026年联培博士/硕士研究生(微纳器件与制造方向)
+1/33
湖南大学微生物结构与功能实验室2026年计划招收博士研究生
+1/18
宁波东方理工大学余鹏课题组2026年上海交大联培博士生、博士后、科研助理招聘
+1/14
西南某211招27届博士
+1/13
【2026博士招生/博后招聘】北京航空航天大学潘彪课题组——AI芯片设计方向
+1/11
南开大学陈树琪教授研究团队招收2026级超构材料方向博士研究生
+1/10
调剂 22408 340分
+1/9
北京航空航天大学招生微流控与智能打印技术方向博士研究生
+2/8
三峡大学 计算力学课题组招收调剂(力学/水利/土木/计算机/机械/电子信息)
+1/7
青岛科技大学可持续高分子团队 考研招生
+1/6
中国科学院过程工程研究所助理研究员(正式职工)和博士后招聘启事
+1/3
求日语机械调剂,一志愿长安大学专硕332
+1/1
2楼2012-02-23 12:56:53
3楼2012-02-23 14:25:29
4楼2012-02-23 15:39:21
★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
家强(金币+2): 2012-02-24 09:22:35
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
家强(金币+2): 2012-02-24 09:22:35
|
建议你先找本分子动力学的书看一下,我一般用ds做大分子,小分子没怎么做过。以下是我从维基百科上搜到的,每种力场都不是万能的,找到适用的就行。 常用力场函数和分类 不同的分子力场会选取不同的函数形式来描述上述能量与体系构型之间的关系。到目前,不同的科研团队设计了很多适用于不同体系的力场函数,根据他们选择的函数和力场参数,可以分为以下几类 传统力场 AMBER力场:由Kollman课题组开发的力场,是目前使用比较广泛的一种力场,适合处理生物大分子。 CHARMM力场:由Karplus课题组开发,对小分子体系到溶剂化的大分子体系都有很好的拟合。 CVFF力场:CVFF力场是一个可以用于无机体系计算的力场 MMX力场:MMX力场包括MM2和MM3,是目前应用最为广泛的一种力场,主要针对有机小分子 第二代力场 第二代的势能函数形式比传统力场要更加复杂,涉及的力场参数更多,计算量也更大,当然也相应地更加准确。 CFF力场CFF力场是一个力场家族,包括了CFF91、PCFF、CFF95等很多力场,可以进行从有机小分子、生物大分子到分子筛等诸多体系的计算 COMPASS力场由MSI公司开发的力场,擅长进行高分子体系的计算 MMF94力场Hagler开发的力场,是目前最准确的力场之一 通用力场 通用力场也叫基于规则的力场,它所应用的力场参数是基于原子性质计算所得,用户可以通过自主设定一系列分子作为训练集来生成合用的力场参数 ESFF力场MSI公司开发的力场,可以进行有机、无机分子的计算 UFF力场可以计算周期表上所有元素的参数 Dreiding力场适用于有机小分子、大分子、主族元素的计算 |
5楼2012-02-24 07:30:33
6楼2012-02-24 09:23:30













回复此楼