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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 关于QSAR建模过程中分子结构优化方面的疑问
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zhglxjt

银虫 (初入文坛)

[求助] 关于QSAR建模过程中分子结构优化方面的疑问 已有1人参与

我正在进行定量构效关系（QSAR）建模方法的研究，主要是进行算法方面的改进与应用，需要一些标准数据集进行验证，但是目前只能获取一些数据集的分子结构式或结构图，需要自己利用相关软件（ISIS Draw 等）画出分子结构图，然后利用HyperChem软件对分子结构优化，最后产生分子结构描述符。由于我才接触定量构效关系不久，许多地方不是太了解，前期主要是通过查阅文献，从文献中查找相关方法，目前很多文献里提到了用HyperChem软件对分子结构进行优化，但是其中有几段对分子结构优化的描述不是很理解，如下：
    1. All calculations were carried out at restricted Hartree Fock level with no configuration interaction （所有的计算都是在限制性的Hartree-Fock方程的基础上完成的，没有考虑组态相互作用）
     请熟悉QSAR的大牛能够帮忙解答，不甚感激~
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自强不息
1楼 2013-11-21 14:36:58
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qdykswang

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhglxjt: 金币+5, ★有帮助 2013-11-22 11:13:34
这个似乎与QSAR关系不大，是结构优化采用的量子化学计算方法中的一种。
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化学工程+高分子
2楼2013-11-21 17:15:09
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zhglxjt

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qdykswang at 2013-11-21 17:15:09
这个似乎与QSAR关系不大，是结构优化采用的量子化学计算方法中的一种。

计算分子结构描述符时，为什么要进行分子结构优化？我看了相关文献，像组成描述符和拓扑描述符等描述符的计算不需要进行分子结构优化，是不是要计算3维描述符时才需要进行分子结构优化？还有一点是，不同文献里提到的分子结构优化方法是不相同的，如何选取合适的分子结构优化方法呢？求指导，谢谢~
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自强不息
3楼2013-11-22 11:17:28
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qdykswang

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dbb627: 金币+2, 应助指数+1, 感谢参与讨论 2013-11-23 13:47:37
zhglxjt: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-11-24 16:22:35
1.是。计算三维描述符时要进行分子结构优化。
2. 不同的物质分子所包含的原子数量与种类不同，所选择的结构优化方法就不一样。精确的方法得到的结果准确，但需要的计算机配置高、计算时间长，有时候要根据自己的分子特点选择简化的方法，只要方法得当，也能得到较好的结果。
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化学工程+高分子
4楼2013-11-22 13:34:49
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wendifu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

可以一起讨论一下~分子结构优化是为了得到最低能量构象，从而所计算的各种描述符的值是唯一而确定的。通常小分子的结构优化更快更准确，大分子耗时长，最低能量构象可能不止一个。
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5楼2015-07-13 10:09:35
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