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家强

木虫 (著名写手)

[交流] ds中的分子优化

我的ds中做分子优化的时候，优化到最后能量还是很高，想请教一下大家是怎么做小分子优化的在DS里面，而且每次都只能赋予CHARMm力场，steepest descent and powell 方法都做了对每个分子，优化出来能量偏高啊。
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1楼 2012-02-23 10:22:53
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yaohua009

木虫 (著名写手)
★
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家强(金币+1): 2012-02-23 15:37:29
小分子优化的力场，当然选FFMM了
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2楼2012-02-23 12:56:53
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870609

金虫 (小有名气)
★
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家强(金币+1): 2012-02-23 15:37:25
小分子做能量优化时力场要选合适的，此外在作大分子时需要先进行束缚优化，然后再逐步放开束缚优化，直接一步优化结果通常比较糟，而且以我个人经验优化后能量变化比较大，但是结构打分可能会下降
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3楼2012-02-23 14:25:29
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家强

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870609 at 2012-02-23 14:25:29:
小分子做能量优化时力场要选合适的，此外在作大分子时需要先进行束缚优化，然后再逐步放开束缚优化，直接一步优化结果通常比较糟，而且以我个人经验优化后能量变化比较大，但是结构打分可能会下降

那一般选择什么力场，在有MMFF94和CHARMm力场的前提下，怎么做是束缚优化，不懂呢。
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4楼2012-02-23 15:39:21
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870609

金虫 (小有名气)
★
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家强(金币+2): 2012-02-24 09:22:35
建议你先找本分子动力学的书看一下，我一般用ds做大分子，小分子没怎么做过。以下是我从维基百科上搜到的，每种力场都不是万能的，找到适用的就行。
常用力场函数和分类

不同的分子力场会选取不同的函数形式来描述上述能量与体系构型之间的关系。到目前，不同的科研团队设计了很多适用于不同体系的力场函数，根据他们选择的函数和力场参数，可以分为以下几类
传统力场
AMBER力场：由Kollman课题组开发的力场，是目前使用比较广泛的一种力场，适合处理生物大分子。
CHARMM力场：由Karplus课题组开发，对小分子体系到溶剂化的大分子体系都有很好的拟合。
CVFF力场：CVFF力场是一个可以用于无机体系计算的力场
MMX力场：MMX力场包括MM2和MM3，是目前应用最为广泛的一种力场，主要针对有机小分子
第二代力场
第二代的势能函数形式比传统力场要更加复杂，涉及的力场参数更多，计算量也更大，当然也相应地更加准确。
CFF力场CFF力场是一个力场家族，包括了CFF91、PCFF、CFF95等很多力场，可以进行从有机小分子、生物大分子到分子筛等诸多体系的计算
COMPASS力场由MSI公司开发的力场，擅长进行高分子体系的计算
MMF94力场Hagler开发的力场，是目前最准确的力场之一
通用力场
通用力场也叫基于规则的力场，它所应用的力场参数是基于原子性质计算所得，用户可以通过自主设定一系列分子作为训练集来生成合用的力场参数
ESFF力场MSI公司开发的力场，可以进行有机、无机分子的计算
UFF力场可以计算周期表上所有元素的参数
Dreiding力场适用于有机小分子、大分子、主族元素的计算
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5楼2012-02-24 07:30:33
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家强

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 870609 at 2012-02-24 07:30:33:
建议你先找本分子动力学的书看一下，我一般用ds做大分子，小分子没怎么做过。以下是我从维基百科上搜到的，每种力场都不是万能的，找到适用的就行。
常用力场函数和分类

不同的分子力场会选取不同的函数形式来 ...

我还想问个问题，就是那两种优化的方法，一般做什么参数修改呢。
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6楼2012-02-24 09:23:30
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