| 查看: 2031 | 回复: 5 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
ds中的分子优化
|
|||
| 我的ds中做分子优化的时候，优化到最后能量还是很高，想请教一下大家是怎么做小分子优化的在DS里面，而且每次都只能赋予CHARMm力场，steepest descent and powell 方法都做了对每个分子，优化出来能量偏高啊。 |
回复此楼» 猜你喜欢
初试 317
已经有3人回复
-
279分求调剂 一志愿211
已经有15人回复
-
286求调剂
已经有4人回复
-
279求调剂
已经有4人回复
-
求调剂
已经有3人回复
-
求调剂
已经有3人回复
-
299求调剂
已经有3人回复
-
330求调剂0854
已经有3人回复
-
299求调剂
已经有6人回复
-
286分人工智能专业请求调剂愿意跨考！
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 从原子到大分子体系的计算机模拟
已经有3人回复
- 求助！新手高斯几何优化的问题
已经有4人回复
- 分子优化总是出错，请大家帮忙
已经有9人回复
- 关于QSAR建模过程中分子结构优化方面的疑问
已经有4人回复
- DS分子对接怎么评价？
已经有3人回复
- 使用amber力场，一些参数无法获得
已经有5人回复
- DS 2.5 不能用 Pipeline Pilot
已经有3人回复
- 溶剂化构型优化问题
已经有5人回复
- 分子的HOMO、LOMO 能量
已经有7人回复
- ds做动力学优化
已经有6人回复
- 求助：蛋白质对接 分子动力学
已经有10人回复
- 关于TD-DFT优化构型并计算频率的问题
已经有12人回复
- DS 做分子对接
已经有3人回复
- DS Server none
已经有6人回复
- DS 3.0分子优化
已经有7人回复
- 请问一下DS做分子对接的步骤？
已经有10人回复
- 【求助】用DS优化后的分子和pipeline pilot优化后的分子的RS构型问题
已经有6人回复
- 【求助】请问用什么软件模拟一个化合物并能优化构型计算出分子大小
已经有6人回复
- 【讨论】分子对接的基本问题
已经有8人回复
- 【求助】哪位能帮忙写一下DS中小分子和蛋白对接的方法啊？计算一下能量什么的？非常感
已经有12人回复
- 【讨论】H-BEA分子筛优化后结果和文献不一样，是怎么回i事？高手指点一下
已经有4人回复
- 【求助】请教用DS做3D-QSAR问题
已经有11人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
人生已过半程，不惑之年渐近，回望来时路，满心皆是感恩。
+5/1785
-
香港中文大学（深圳）靳羽华教授交叉实验室高薪诚聘博士后（光致变色方向）
+2/180
-
南京医科大学生殖医学与子代健康国重实验室-董飞宏课题组-学术硕士招生
+1/93
-
中国药科大学211-课题组招收2026博士/硕士-有机化学
+1/49
-
光学工程学硕调剂信息
+2/42
-
西安某大学能源化工新材料研发项目组接收2026级调剂研究生-计算机类
+1/32
-
南京理工大学优青团队招聘副教授、博士后、博士、硕士生（化学、催化方向）
+1/30
-
下周见一个合作者，应该问些什么
+1/23
-
南京林业大学-国家级青年人才团队 招2026级博士、硕士（合成化学、植物化学方向）
+1/20
-
湖南大学微生物结构与功能实验室2026年计划招收博士研究生
+1/15
-
重庆文理学院化学与环境工程学院 2026 届硕士研究生调剂通知
+1/13
-
宁波东方理工大学余鹏课题组2026年上海交大联培博士生、博士后、科研助理招聘
+1/12
-
北京某研究院生物化学与分子生物学相关专业申请考核制博士招生（春季）
+1/11
-
新加坡国立大学药学系化学生物学课题组招PhD
+1/11
-
调剂 22408 340分
+1/6
-
211/双一流石河子大学化学化工学院-电池/电催化研究方向
+1/6
-
南京林业大学化学工程学院柏惺峰课题组招收2026年申请考核制博士2名
+1/4
-
欢迎生物与医药、药学、化学等相关专业的同学
+1/4
-
中国科学院过程工程研究所助理研究员（正式职工）和博士后招聘启事
+1/3
-
深圳大学蔡兴科课题组博士后及研究助理招聘
+1/2
4楼2012-02-23 15:39:21
2楼2012-02-23 12:56:53
3楼2012-02-23 14:25:29
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
家强(金币+2): 2012-02-24 09:22:35
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
家强(金币+2): 2012-02-24 09:22:35
|
建议你先找本分子动力学的书看一下，我一般用ds做大分子，小分子没怎么做过。以下是我从维基百科上搜到的，每种力场都不是万能的，找到适用的就行。 常用力场函数和分类 不同的分子力场会选取不同的函数形式来描述上述能量与体系构型之间的关系。到目前，不同的科研团队设计了很多适用于不同体系的力场函数，根据他们选择的函数和力场参数，可以分为以下几类 传统力场 AMBER力场：由Kollman课题组开发的力场，是目前使用比较广泛的一种力场，适合处理生物大分子。 CHARMM力场：由Karplus课题组开发，对小分子体系到溶剂化的大分子体系都有很好的拟合。 CVFF力场：CVFF力场是一个可以用于无机体系计算的力场 MMX力场：MMX力场包括MM2和MM3，是目前应用最为广泛的一种力场，主要针对有机小分子 第二代力场 第二代的势能函数形式比传统力场要更加复杂，涉及的力场参数更多，计算量也更大，当然也相应地更加准确。 CFF力场CFF力场是一个力场家族，包括了CFF91、PCFF、CFF95等很多力场，可以进行从有机小分子、生物大分子到分子筛等诸多体系的计算 COMPASS力场由MSI公司开发的力场，擅长进行高分子体系的计算 MMF94力场Hagler开发的力场，是目前最准确的力场之一 通用力场 通用力场也叫基于规则的力场，它所应用的力场参数是基于原子性质计算所得，用户可以通过自主设定一系列分子作为训练集来生成合用的力场参数 ESFF力场MSI公司开发的力场，可以进行有机、无机分子的计算 UFF力场可以计算周期表上所有元素的参数 Dreiding力场适用于有机小分子、大分子、主族元素的计算 |
5楼2012-02-24 07:30:33
