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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » ds中的分子优化
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家强

木虫 (著名写手)

[交流] ds中的分子优化

我的ds中做分子优化的时候，优化到最后能量还是很高，想请教一下大家是怎么做小分子优化的在DS里面，而且每次都只能赋予CHARMm力场，steepest descent and powell 方法都做了对每个分子，优化出来能量偏高啊。
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1楼 2012-02-23 10:22:53
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家强

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 870609 at 2012-02-24 07:30:33:
建议你先找本分子动力学的书看一下，我一般用ds做大分子，小分子没怎么做过。以下是我从维基百科上搜到的，每种力场都不是万能的，找到适用的就行。
常用力场函数和分类

不同的分子力场会选取不同的函数形式来 ...

我还想问个问题，就是那两种优化的方法，一般做什么参数修改呢。
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6楼2012-02-24 09:23:30
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yaohua009

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
家强(金币+1): 2012-02-23 15:37:29
小分子优化的力场，当然选FFMM了
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2楼2012-02-23 12:56:53
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870609

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
家强(金币+1): 2012-02-23 15:37:25
小分子做能量优化时力场要选合适的，此外在作大分子时需要先进行束缚优化，然后再逐步放开束缚优化，直接一步优化结果通常比较糟，而且以我个人经验优化后能量变化比较大，但是结构打分可能会下降
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3楼2012-02-23 14:25:29
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家强

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870609 at 2012-02-23 14:25:29:
小分子做能量优化时力场要选合适的，此外在作大分子时需要先进行束缚优化，然后再逐步放开束缚优化，直接一步优化结果通常比较糟，而且以我个人经验优化后能量变化比较大，但是结构打分可能会下降

那一般选择什么力场，在有MMFF94和CHARMm力场的前提下，怎么做是束缚优化，不懂呢。
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4楼2012-02-23 15:39:21
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