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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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tongliping

木虫 (小有名气)


[交流] 求助sybyl关于添加形式电荷的问题

刚开始学些sybyl,一些简单问题不太懂,请各位高手指点迷津啊!
第一个:如何给配体添加形式电荷,添加了形式电荷后进行能量优化,形式电荷会不会又发生变化了?
第二个:我用sybyl对我的配体和酶进行分子对接,我的配体要画成中间状态,我想问有没有人做过,该怎么做?

就是给这个结构式添加形式电荷
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caixin5120

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 感谢菜兄的交流~呵呵 2012-04-17 10:56:52
tongliping: 金币+1, 谢谢@@ 2012-04-17 11:35:53
引用回帖:
7楼: Originally posted by tongliping at 2012-04-16 19:02:50:
您好,
非常感谢您的回复,因为我做的是酶催化反应的分子模拟,所以中间要形成酶与底物的一个过渡态形式,应该是共价连接,所以我想请问如果是共价连接的话,是不是不能使用surflex-docking,而应该使用flex-doc ...

Re:如果是共价键对接,surflex-docking和Flex-docking都无法办到,建议使用GOLD对接软件,里面有针对共价键的对接参数设置,且GOLD-Score和Chemscore打分函数支持共价键评分。

ChemScore=△Gbinding + Pclash + cinternalPinternal + (ccovalentPcovalent + Pconstraint)
GOLD-Score=Shb_ext + Svdw_ext + Svmd_int+ Stor+ (Scovalent )

参考文献:
1、Eldridge MD, Murray CW, Auton TR, Paolini GV, Mee RP. (1997). Empirical scoring functions: I. The development of a fast empirical scoring function to estimate the binding affinity of ligands in receptor complexes.  Comput Aided Mol Des. , 11(5):425-45.
Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9385547
2、Verdonk ML, Cole JC, Hartshorn MJ, Murray CW, Taylor RD. (2003). Improved protein-ligand docking using GOLD. Proteins., 52(4):609-23.
Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12910460
8楼2012-04-17 10:32:33
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普通回帖

jinjingnan

木虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金币+2, 谢谢,像上面那个化学式中氧离子连接的那个C,文献中说是删掉多余的氢,是不是就不用给这个C加氢了? 2012-04-15 20:42:18
1. 我一般使用都在sybyl图形界面,compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的电荷,然后在进行优化,电荷形式不会发生变化。不过你在画配体结构时要记得加氢啊。
2.不太理解你说的中间状态时什么意思,我做的时候都是对配体加电荷,优化后就可以直接用来对接了。
希望对你有所帮助!
2楼2012-04-15 11:35:30
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tongliping(金币+1): 谢谢参与
俺用着没发生过变化哦~~~~~~~~~~~~~`
3楼2012-04-15 11:55:37
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565034654

银虫 (小有名气)



tongliping(金币+1): 谢谢参与
支持一楼
4楼2012-04-15 12:16:48
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tongliping

木虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by jinjingnan at 2012-04-15 11:35:30:
1. 我一般使用都在sybyl图形界面,compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的电荷,然后在进行优化,电荷形式不会发生变化。不过你在画配体结构时要记得加氢啊。
2.不太理解你说的中间状态时什么意思,我做的时 ...

我在sybyl中画出结构式,加了Gasteige-Huck电荷为-1,然后检查了原子类型和键的类型,然后对分子进行优化,优化之后将分子保存为mol2文件,然后进行配体的准备工作,导入分子之后选择surflex docking,最后弹出一个窗口说分子的文件不能读取(file can not be written),请问这是怎么回事?
5楼2012-04-15 20:53:22
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caixin5120

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+5, 感谢菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金币+2, 谢谢@@ 2012-04-16 18:43:49
如果是Surflex-Dock无需考虑电荷的问题,从它的打分函数来看,只考虑了分子的极性而非静电相互作用(Surflex-Dock的打分函数是经验打分函数,把静电相互作用包含在了分子的极性中),因此最重要的是使用正确的原子类型以确定分子的极性。
“The full scoring function is the sum of
the hydrophobic, polar, repulsive, and entropic terms over
the appropriate atom pairs.” 其中的polar则是分子的极性。

参考文献:
Jain AN. (1996). Scoring noncovalent protein-ligand interactions: a continuous differentiable function tuned to compute binding affinities. J. Comput. Aided Mol. Des.,10(5):427-40.

Link:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8951652
6楼2012-04-16 09:39:51
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tongliping

木虫 (小有名气)


引用回帖:
6楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-04-16 09:39:51:
如果是Surflex-Dock无需考虑电荷的问题,从它的打分函数来看,只考虑了分子的极性而非静电相互作用(Surflex-Dock的打分函数是经验打分函数,把静电相互作用包含在了分子的极性中),因此最重要的是使用正确的原子 ...

您好,
非常感谢您的回复,因为我做的是酶催化反应的分子模拟,所以中间要形成酶与底物的一个过渡态形式,应该是共价连接,所以我想请问如果是共价连接的话,是不是不能使用surflex-docking,而应该使用flex-docking啊?
7楼2012-04-16 19:02:50
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Echo1022

新虫 (初入文坛)



tongliping(金币+1): 谢谢参与
送红花一朵
同学 你好!看到你的帖子,很激动啊 我也是做催化的,需要用中间态对接,希望能有个联系方式,多交流
9楼2015-03-30 09:48:37
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