应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助sybyl关于添加形式电荷的问题
91/1返回列表
查看: 4092  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看

tongliping

木虫 (小有名气)

[交流] 求助sybyl关于添加形式电荷的问题

刚开始学些sybyl，一些简单问题不太懂，请各位高手指点迷津啊！
第一个：如何给配体添加形式电荷，添加了形式电荷后进行能量优化，形式电荷会不会又发生变化了？
第二个：我用sybyl对我的配体和酶进行分子对接，我的配体要画成中间状态，我想问有没有人做过，该怎么做？

就是给这个结构式添加形式电荷
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

Echo1022

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-04-14 22:26:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有1个 )

caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 感谢菜兄的交流~呵呵 2012-04-17 10:56:52
tongliping: 金币+1, 谢谢@@ 2012-04-17 11:35:53
引用回帖:
7楼: Originally posted by tongliping at 2012-04-16 19:02:50:
您好，
非常感谢您的回复，因为我做的是酶催化反应的分子模拟，所以中间要形成酶与底物的一个过渡态形式，应该是共价连接，所以我想请问如果是共价连接的话，是不是不能使用surflex-docking,而应该使用flex-doc ...

Re:如果是共价键对接，surflex-docking和Flex-docking都无法办到，建议使用GOLD对接软件，里面有针对共价键的对接参数设置，且GOLD-Score和Chemscore打分函数支持共价键评分。

ChemScore=△Gbinding + Pclash + cinternalPinternal + （ccovalentPcovalent + Pconstraint）
GOLD-Score=Shb_ext + Svdw_ext + Svmd_int+ Stor+ （Scovalent ）

参考文献：
1、Eldridge MD, Murray CW, Auton TR, Paolini GV, Mee RP. (1997). Empirical scoring functions: I. The development of a fast empirical scoring function to estimate the binding affinity of ligands in receptor complexes.  Comput Aided Mol Des. , 11(5):425-45.
Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9385547
2、Verdonk ML, Cole JC, Hartshorn MJ, Murray CW, Taylor RD. (2003). Improved protein-ligand docking using GOLD. Proteins., 52(4):609-23.
Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12910460
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2012-04-17 10:32:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jinjingnan

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金币+2, 谢谢，像上面那个化学式中氧离子连接的那个C，文献中说是删掉多余的氢，是不是就不用给这个C加氢了？ 2012-04-15 20:42:18
1. 我一般使用都在sybyl图形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的电荷，然后在进行优化，电荷形式不会发生变化。不过你在画配体结构时要记得加氢啊。
2.不太理解你说的中间状态时什么意思，我做的时候都是对配体加电荷，优化后就可以直接用来对接了。
希望对你有所帮助！
赞一下 回复此楼
2楼2012-04-15 11:35:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

userhung

禁虫 (文学泰斗)
★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
俺用着没发生过变化哦~~~~~~~~~~~~~`
赞一下 回复此楼
3楼2012-04-15 11:55:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

565034654

银虫 (小有名气)
★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
支持一楼
回复此楼
4楼2012-04-15 12:16:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tongliping

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jinjingnan at 2012-04-15 11:35:30:
1. 我一般使用都在sybyl图形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的电荷，然后在进行优化，电荷形式不会发生变化。不过你在画配体结构时要记得加氢啊。
2.不太理解你说的中间状态时什么意思，我做的时 ...

我在sybyl中画出结构式，加了Gasteige-Huck电荷为-1，然后检查了原子类型和键的类型，然后对分子进行优化，优化之后将分子保存为mol2文件，然后进行配体的准备工作，导入分子之后选择surflex docking,最后弹出一个窗口说分子的文件不能读取（file can not be written),请问这是怎么回事？
赞一下 回复此楼
5楼2012-04-15 20:53:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+5, 感谢菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金币+2, 谢谢@@ 2012-04-16 18:43:49
如果是Surflex-Dock无需考虑电荷的问题，从它的打分函数来看，只考虑了分子的极性而非静电相互作用（Surflex-Dock的打分函数是经验打分函数，把静电相互作用包含在了分子的极性中），因此最重要的是使用正确的原子类型以确定分子的极性。
“The full scoring function is the sum of
the hydrophobic, polar, repulsive, and entropic terms over
the appropriate atom pairs.” 其中的polar则是分子的极性。

参考文献：
Jain AN. (1996). Scoring noncovalent protein-ligand interactions: a continuous differentiable function tuned to compute binding affinities. J. Comput. Aided Mol. Des.,10(5):427-40.

Link：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8951652
赞一下 回复此楼
6楼2012-04-16 09:39:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tongliping

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-04-16 09:39:51:
如果是Surflex-Dock无需考虑电荷的问题，从它的打分函数来看，只考虑了分子的极性而非静电相互作用（Surflex-Dock的打分函数是经验打分函数，把静电相互作用包含在了分子的极性中），因此最重要的是使用正确的原子 ...

您好，
非常感谢您的回复，因为我做的是酶催化反应的分子模拟，所以中间要形成酶与底物的一个过渡态形式，应该是共价连接，所以我想请问如果是共价连接的话，是不是不能使用surflex-docking,而应该使用flex-docking啊？
赞一下 回复此楼
7楼2012-04-16 19:02:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Echo1022

新虫 (初入文坛)
★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
送红花一朵
同学 你好！看到你的帖子，很激动啊 我也是做催化的，需要用中间态对接，希望能有个联系方式，多交流
赞一下 回复此楼
9楼2015-03-30 09:48:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tongliping 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭