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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何让DS里画的格式，转化到SYBYL
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何让DS里画的格式，转化到SYBYL 已有10人参与

在DS里进行了分子对接，准备转到SYBYL里做COMFA

        直接用DS里的SYBYL MOL格式，转到SYBYL里无法显示

        然后，通过OPENBABEL进行转化，也无济于事

   

                 哪位高人能指点下呢？
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1楼 2010-04-15 09:54:00
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blue_cat

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-15 12:10
绿茶QJM(金币+1): 2010-04-19 11:52
DS画分子式挺麻烦的，你可以用isisdraw画或者chemdraw画好然后再导入到sybyl中不是更方便。
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DS
2楼2010-04-15 12:01:54
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by blue_cat at 2010-04-15 12:01:54:
DS画分子式挺麻烦的，你可以用isisdraw画或者chemdraw画好然后再导入到sybyl中不是更方便。

我在DS里不是为了画分子，而是为了用它的对接结果，得到的叠合构象，然后在SYBYL里做COMFA
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3楼2010-04-15 14:48:25
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-15 15:33
绿茶QJM(金币+1): 2010-04-15 16:12
一个个结构存为mol2或者pdb文件，兼容的，在sybyl里面直接打开可以的

存sd和sdf好像也可以，这个试过打开，没有提示错误，但没去看那个结果，只是好玩试了一试

以上，供参考

[ Last edited by arthurii on 2010-4-15 at 15:22 ]
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4楼2010-04-15 15:20:02
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)
[quote]Originally posted by arthurii at 2010-04-15 15:20:02:
一个个结构存为mol2或者pdb文件，兼容的，在sybyl里面直接打开可以的

存sd和sdf好像也可以，这个试过打开，没有提示错误，但没去看那个结果，只是好玩试了一试

以上，供参考

[ Last edited by arthurii ... [/quote

可以直接打开么，我打开了，屏幕里没有分子结构类

  发现有好些分子结构形式，ent,pdb,类型,都没有结构显示
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5楼2010-04-15 16:28:22
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-16 09:00
绿茶QJM(金币+1): 2010-04-16 10:30
小分子可以存为mol2文件，大分子还是用pdb比较好，但是重新赋力场和电荷。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
6楼2010-04-15 23:32:53
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-04-15 23:32:53:
小分子可以存为mol2文件，大分子还是用pdb比较好，但是重新赋力场和电荷。

可是，我把PDB在sybyl里打开后，除了第一个分子，有结构外，其它分子都没有结构，只有探针原子，独立的呈星状分布


    不知是哪里有误呀？
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7楼2010-04-16 10:36:51
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-16 14:20
好像是有个选项，是不是带不带杂原子，要选上。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2010-04-16 12:47:20
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2010-04-16 10:36:51:



    可是，我把PDB在sybyl里打开后，除了第一个分子，有结构外，其它分子都没有结构，只有探针原子，独立的呈星状分布


    不知是哪里有误呀？

在DS 里选上么，还是SYBYL里呀，打开后选么？
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9楼2010-04-19 11:51:47
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)
用MOL2打开，没有问题，只要CENTER VIEW就能看见
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10楼2010-04-19 11:52:22
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