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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何让DS里画的格式,转化到SYBYL 已有10人参与

在DS里进行了分子对接,准备转到SYBYL里做COMFA

        直接用DS里的SYBYL MOL格式,转到SYBYL里无法显示

        然后,通过OPENBABEL进行转化,也无济于事

   

                 哪位高人能指点下呢?
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blue_cat

木虫 (正式写手)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-15 12:10
绿茶QJM(金币+1): 2010-04-19 11:52
DS画分子式挺麻烦的,你可以用isisdraw画或者chemdraw画好然后再导入到sybyl中不是更方便。
DS
2楼2010-04-15 12:01:54
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by blue_cat at 2010-04-15 12:01:54:
DS画分子式挺麻烦的,你可以用isisdraw画或者chemdraw画好然后再导入到sybyl中不是更方便。

我在DS里不是为了画分子,而是为了用它的对接结果,得到的叠合构象,然后在SYBYL里做COMFA
3楼2010-04-15 14:48:25
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arthurii

木虫 (正式写手)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-15 15:33
绿茶QJM(金币+1): 2010-04-15 16:12
一个个结构存为mol2或者pdb文件,兼容的,在sybyl里面直接打开可以的

存sd和sdf好像也可以,这个试过打开,没有提示错误,但没去看那个结果,只是好玩试了一试

以上,供参考

[ Last edited by arthurii on 2010-4-15 at 15:22 ]
4楼2010-04-15 15:20:02
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[quote]Originally posted by arthurii at 2010-04-15 15:20:02:
一个个结构存为mol2或者pdb文件,兼容的,在sybyl里面直接打开可以的

存sd和sdf好像也可以,这个试过打开,没有提示错误,但没去看那个结果,只是好玩试了一试

以上,供参考

[ Last edited by arthurii ... [/quote

可以直接打开么,我打开了,屏幕里没有分子结构类

  发现有好些分子结构形式,ent,pdb,类型,都没有结构显示
5楼2010-04-15 16:28:22
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-16 09:00
绿茶QJM(金币+1): 2010-04-16 10:30
小分子可以存为mol2文件,大分子还是用pdb比较好,但是重新赋力场和电荷。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
6楼2010-04-15 23:32:53
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-04-15 23:32:53:
小分子可以存为mol2文件,大分子还是用pdb比较好,但是重新赋力场和电荷。

可是,我把PDB在sybyl里打开后,除了第一个分子,有结构外,其它分子都没有结构,只有探针原子,独立的呈星状分布


    不知是哪里有误呀?
7楼2010-04-16 10:36:51
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-16 14:20
好像是有个选项,是不是带不带杂原子,要选上。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
8楼2010-04-16 12:47:20
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2010-04-16 10:36:51:



    可是,我把PDB在sybyl里打开后,除了第一个分子,有结构外,其它分子都没有结构,只有探针原子,独立的呈星状分布


    不知是哪里有误呀?

在DS 里选上么,还是SYBYL里呀,打开后选么?
9楼2010-04-19 11:51:47
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

用MOL2打开,没有问题,只要CENTER VIEW就能看见
10楼2010-04-19 11:52:22
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