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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】如何批量更改sybyl mol2分子格式的内部外部名称？
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bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】如何批量更改sybyl mol2分子格式的内部外部名称？ 已有6人参与

如何批量更改sybyl mol2分子格式的内部外部名称？

开始使用chemdraw画分子的时候，都命名以数字开头的了，比如1.cdx 2.cdx  .... 200.cdx,现在做药效团叠合的时候不识别了，可能是分子名称不对，似乎分子命名时候以字母开头比较好，比如m1.cdx m2.cdx...m200.cdx,转化到mol2后，分子内部名称是1.cdx.mol2, 2.cdx.mol2, ...  200.cdx.mol2，我想把这200个分子批量改名内部外部都命名为m1.mol2, m2.mol2...m200.mol2，请问有什么办法可以批量更改这个数据库中的200各分子吗，或者更改包括多分子的sdf，multimol2文件都行，谢谢！一个一个命名太费时了。

谢谢！
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1楼 2010-07-05 14:48:21
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-12 13:39:20
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-07-11 15:39:14:

呵呵，还是支持我的vi编辑器修改。谢谢，不过你的大葱做法，还是让我佩服。

既然用vi，那就再修练一下awk和sed吧。那才算一重新的境界聂
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10楼2010-07-11 17:24:34
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普通回帖

绿茶QJM

银虫 (小有名气)
★
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顶，我也想知道
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2楼2010-07-07 16:47:32
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-07-09 20:21:53
你的是Linux版本吗？可以用vi编辑器来替换。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2010-07-09 06:51:32
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
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ghcacj(金币+4):谢谢 2010-07-09 09:17:47
在Windows系统下，打开文件目录，按照名称为文件排序；
然后，选中多个文件，但（在选中多个文件的情况下）只修改第一个文件，那么其他被选中的文件会自动按照次序命名。

例如，选中了A.mol, W.mol, X.mol, Y.mol
修改第一个A.mol为A (1).mol
那么，W.mol, X.mol, Y.mol会自动变为A (2).mol, A (3).mol和A (4).mol
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4楼2010-07-09 07:24:10
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
楼上的真是大葱，我怎么没想到？看到差距了。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2010-07-09 18:35:07
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-07-09 20:22:09
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-07-09 18:35:07:
楼上的真是大葱，我怎么没想到？看到差距了。

俺自己做中餐，所以，葱是少不了的。
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6楼2010-07-09 20:13:35
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-07-09 07:24:10:
在Windows系统下，打开文件目录，按照名称为文件排序；
然后，选中多个文件，但（在选中多个文件的情况下）只修改第一个文件，那么其他被选中的文件会自动按照次序命名。

例如，选中了A.mol, W.mol, X.mol, Y ...

多谢回答，但是更改的是文件的外部显示名称，内部的还是没有改变啊。比如，我的 101.mol2，要改为m101.mol2. 我重新命名之后，内部显示的还是101.mol2,内部没有改变，到sybyl中识别的是内部名称的。

#        Name:                        101
#        Creating user name:        hm
#        Creation time:                Thu Jul  8 02:37:16 2010

#        Modifying user name:        hm
#        Modification time:        Thu Jul  8 02:37:16 2010

@MOLECULE
101
   58    61     1     1     1
SMALL
GAST_HUCK
****
From 3DB ct
@ATOM
      1 C          -0.052516    0.333430   -0.461461 C.ar      1 <1>         0.131981
      2 C          -0.202692   -0.038602    0.878834 C.ar      1 <1>         0.107916
      3 C           0.936281   -0.092950    1.694546 C.ar      1 <1>         0.022827
      4 C           2.199129    0.136481    1.133930 C.ar      1 <1>         0.022908
      5 N           2.309747    0.414917   -0.181321 N.ar      1 <1>        -0.307302
      6 C           1.227881    0.556571   -0.972923 C.ar      1 <1>         0.021080
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7楼2010-07-11 12:19:13
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
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lei0736(金币+4):谢谢 2010-07-12 13:38:43
引用回帖:
多谢回答，但是更改的是文件的外部显示名称，内部的还是没有改变啊。比如，我的 101.mol2，要改为m101.mol2. 我重新命名之后，内部显示的还是101.mol2,内部没有改变，到sybyl中识别的是内部名称的。

用EditPlus（共享）或者CrimsonEditor（开源/免费）这样的文本编辑软件。
Edit菜单下，有类似Find in files之类的功能，
也就是对某目录下的多个文件的内容进行“查找、修改”。

一般是用于编程时，改变某个变量的名称，这个名称往往分布在多个源代码文件中。

如果是简单的“替换”，那还比较容易。
如果类似您这种情况，那还要用到“正则表达式”
------------
有个取巧的办法：
即把
#        Name:                        1
替换为
#        Name:                        m1

-----------
话说回来，用文本编辑器，修改200个文件的内容，手工操作，10分钟而已。
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8楼2010-07-11 14:24:28
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-07-11 14:24:28:


用EditPlus（共享）或者CrimsonEditor（开源/免费）这样的文本编辑软件。
Edit菜单下，有类似Find in files之类的功能，
也就是对某目录下的多个文件的内容进行“查找、修改”。

一般是用于编程时，改变 ...

呵呵，还是支持我的vi编辑器修改。谢谢，不过你的大葱做法，还是让我佩服。
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9楼2010-07-11 15:39:14
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