| 查看: 1833 | 回复: 5 | |||
bbslover金虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】ChemBio3D保存的sybyl mol2格式与sybyl兼容吗？已有5人参与
|
|
首先，我用ChemBioDraw画了一个分子，保存了cdx格式，然后读入ChemBio3D,没有进行任何优化，另存为sybyl的mol2格式，然后导入了sybyl，sybyl倒是能识别出这个分子，可是进行minimize优化后，总觉的有点怪，下面有图片。 而且键的类型好像也不对，sybyl自身画出的苯环是虚线，可是导入的分子不是这种情况，后来又再sybyl中画了同一个分子，进行minimize后，得到的构想与导入的分子minimize后得到的构象不一样。 是不是说，导入的分子是不正确的？ 做comfa时候，大家的分子都是怎么画的呢？ 是直接在sybyl中画，还是用其他软件画完在导入sybyl，这样会不会有问题呢？ 谢谢。  这是使用ChemBio3D保存的mol2格式，导入sybyl后，再minimize得到的低能构象，感觉有点问题。那个OMe怎么插入苯环里面去了？ 还有就是 苯环的键的显示是不一样的？  这是同一个分子，使用sybyl画的，再minimize的构象，两者不一样啊？ 是不是导入的不行， 谢谢! [ Last edited by bbslover on 2010-5-27 at 10:57 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
-
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？
已经有3人回复
-
孩子确诊有中度注意力缺陷
已经有6人回复
-
2026博士申请-功能高分子，水凝胶方向
已经有6人回复
-
论文投稿，期刊推荐
已经有4人回复
-
硕士和导师闹得不愉快
已经有13人回复
-
请问2026国家基金面上项目会启动申2停1吗
已经有5人回复
-
同一篇文章，用不同账号投稿对编辑决定是否送审有没有影响？
已经有3人回复
-
RSC ADV状态问题
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
求助sybyl关于添加形式电荷的问题
已经有8人回复- 求助SYBYL里面聚合体得PDB怎么保存，DS中保存的PDB为什么不能被SYBYL识别
已经有4人回复
- Sybyl 3D-QSAR Q^2为负
已经有16人回复
- 【讨论】如何批量更改sybyl mol2分子格式的内部外部名称？
已经有13人回复
- 【求助】如何让DS里画的格式，转化到SYBYL
已经有16人回复
- 【求助】Sybyl中的图像怎样保存出来？
已经有22人回复
2楼2010-05-27 11:01:57
tjegg
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 6869.3
- 红花: 16
- 帖子: 2615
- 在线: 448小时
- 虫号: 338983
- 注册: 2007-04-05
- 性别: GG
- 专业: 抗肿瘤药物药理
3楼2010-05-27 14:22:30
bbslover
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 4745.8
- 散金: 191
- 红花: 3
- 帖子: 540
- 在线: 140.8小时
- 虫号: 508292
- 注册: 2008-02-20
- 性别: GG
- 专业: 化学信息学
4楼2010-05-27 15:47:47
kekexiliwolf
金虫 (正式写手)
小屁虫
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 1152.3
- 散金: 16
- 红花: 1
- 沙发: 1
- 帖子: 533
- 在线: 160.6小时
- 虫号: 928533
- 注册: 2009-12-15
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
5楼2010-06-17 17:17:06
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-22 10:55:16
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-22 10:55:16
|
本帖内容被屏蔽 |
6楼2010-06-21 18:43:39