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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】ChemBio3D保存的sybyl mol2格式与sybyl兼容吗？
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bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ChemBio3D保存的sybyl mol2格式与sybyl兼容吗？ 已有5人参与

首先，我用ChemBioDraw画了一个分子，保存了cdx格式，然后读入ChemBio3D,没有进行任何优化，另存为sybyl的mol2格式，然后导入了sybyl，sybyl倒是能识别出这个分子，可是进行minimize优化后，总觉的有点怪，下面有图片。 而且键的类型好像也不对，sybyl自身画出的苯环是虚线，可是导入的分子不是这种情况，后来又再sybyl中画了同一个分子，进行minimize后，得到的构想与导入的分子minimize后得到的构象不一样。 是不是说，导入的分子是不正确的？

做comfa时候，大家的分子都是怎么画的呢？ 是直接在sybyl中画，还是用其他软件画完在导入sybyl，这样会不会有问题呢？
谢谢。


这是使用ChemBio3D保存的mol2格式，导入sybyl后，再minimize得到的低能构象，感觉有点问题。那个OMe怎么插入苯环里面去了？ 还有就是 苯环的键的显示是不一样的？


这是同一个分子，使用sybyl画的，再minimize的构象，两者不一样啊？ 是不是导入的不行， 谢谢!

[ Last edited by bbslover on 2010-5-27 at 10:57 ]
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1楼 2010-05-27 10:55:21
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-22 10:55:16
本帖内容被屏蔽
6楼2010-06-21 18:43:39
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mike0601

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-27 11:58:08
我也遇到过这种情况，估计是两个软件间有不兼容的地方（个人理解,仅供参考），还是用sybyl自带的工具画吧，可以避免不少麻烦
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-05-27 11:01:57
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-27 16:25:55
引用回帖:
Originally posted by bbslover at 2010-05-27 10:55:21:
首先，我用ChemBioDraw画了一个分子，保存了cdx格式，然后读入ChemBio3D,没有进行任何优化，另存为sybyl的mol2格式，然后导入了sybyl，sybyl倒是能识别出这个分子，可是进行minimize优化后，总觉的有点怪，下面有 ...

画完的分子，保存成sdf格式，再用sybyl/concord转成三维，没有问题。我转过上百万的分子，只有极个别的键有问题。
赞一下(2人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2010-05-27 14:22:30
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kekexiliwolf

金虫 (正式写手)

小屁虫
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-17 17:53:50
sdf是兼容性最好的格式
赞一下(2人) 回复此楼
我们在为了文章而搞科研
5楼2010-06-17 17:17:06
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