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bbslover金虫 (正式写手)
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【求助】ChemBio3D保存的sybyl mol2格式与sybyl兼容吗？已有5人参与
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首先，我用ChemBioDraw画了一个分子，保存了cdx格式，然后读入ChemBio3D,没有进行任何优化，另存为sybyl的mol2格式，然后导入了sybyl，sybyl倒是能识别出这个分子，可是进行minimize优化后，总觉的有点怪，下面有图片。 而且键的类型好像也不对，sybyl自身画出的苯环是虚线，可是导入的分子不是这种情况，后来又再sybyl中画了同一个分子，进行minimize后，得到的构想与导入的分子minimize后得到的构象不一样。 是不是说，导入的分子是不正确的？ 做comfa时候，大家的分子都是怎么画的呢？ 是直接在sybyl中画，还是用其他软件画完在导入sybyl，这样会不会有问题呢？ 谢谢。  这是使用ChemBio3D保存的mol2格式，导入sybyl后，再minimize得到的低能构象，感觉有点问题。那个OMe怎么插入苯环里面去了？ 还有就是 苯环的键的显示是不一样的？  这是同一个分子，使用sybyl画的，再minimize的构象，两者不一样啊？ 是不是导入的不行， 谢谢! [ Last edited by bbslover on 2010-5-27 at 10:57 ] |
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bbslover
金虫 (正式写手)
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4楼2010-05-27 15:47:47