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绿茶QJM

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[交流] 【求助】如何让DS里画的格式，转化到SYBYL 已有10人参与

在DS里进行了分子对接，准备转到SYBYL里做COMFA

      直接用DS里的SYBYL MOL格式，转到SYBYL里无法显示

      然后，通过OPENBABEL进行转化，也无济于事

               哪位高人能指点下呢？

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1楼 2010-04-15 09:54:00

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绿茶QJM

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Originally posted by 绿茶QJM at 2010-04-16 10:36:51:

可是，我把PDB在sybyl里打开后，除了第一个分子，有结构外，其它分子都没有结构，只有探针原子，独立的呈星状分布

不知是哪里有误呀？

在DS 里选上么，还是SYBYL里呀，打开后选么？

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9楼2010-04-19 11:51:47

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blue_cat

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★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-15 12:10
绿茶QJM(金币+1): 2010-04-19 11:52

DS画分子式挺麻烦的，你可以用isisdraw画或者chemdraw画好然后再导入到sybyl中不是更方便。

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2楼2010-04-15 12:01:54

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绿茶QJM

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Originally posted by blue_cat at 2010-04-15 12:01:54:
DS画分子式挺麻烦的，你可以用isisdraw画或者chemdraw画好然后再导入到sybyl中不是更方便。

我在DS里不是为了画分子，而是为了用它的对接结果，得到的叠合构象，然后在SYBYL里做COMFA

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3楼2010-04-15 14:48:25

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arthurii

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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-15 15:33
绿茶QJM(金币+1): 2010-04-15 16:12

一个个结构存为mol2或者pdb文件，兼容的，在sybyl里面直接打开可以的

存sd和sdf好像也可以，这个试过打开，没有提示错误，但没去看那个结果，只是好玩试了一试

以上，供参考

[ Last edited by arthurii on 2010-4-15 at 15:22 ]

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4楼2010-04-15 15:20:02

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