应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何让DS里画的格式，转化到SYBYL
51/1返回列表
查看: 2039  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何让DS里画的格式，转化到SYBYL 已有10人参与

在DS里进行了分子对接，准备转到SYBYL里做COMFA

        直接用DS里的SYBYL MOL格式，转到SYBYL里无法显示

        然后，通过OPENBABEL进行转化，也无济于事

   

                 哪位高人能指点下呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-04-15 09:54:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

绿茶QJM

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-04-15 23:32:53:
小分子可以存为mol2文件，大分子还是用pdb比较好，但是重新赋力场和电荷。

可是，我把PDB在sybyl里打开后，除了第一个分子，有结构外，其它分子都没有结构，只有探针原子，独立的呈星状分布


    不知是哪里有误呀？
赞一下 回复此楼
7楼2010-04-16 10:36:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

blue_cat

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-15 12:10
绿茶QJM(金币+1): 2010-04-19 11:52
DS画分子式挺麻烦的，你可以用isisdraw画或者chemdraw画好然后再导入到sybyl中不是更方便。
赞一下(2人) 回复此楼
DS
2楼2010-04-15 12:01:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

绿茶QJM

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by blue_cat at 2010-04-15 12:01:54:
DS画分子式挺麻烦的，你可以用isisdraw画或者chemdraw画好然后再导入到sybyl中不是更方便。

我在DS里不是为了画分子，而是为了用它的对接结果，得到的叠合构象，然后在SYBYL里做COMFA
赞一下 回复此楼
3楼2010-04-15 14:48:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-15 15:33
绿茶QJM(金币+1): 2010-04-15 16:12
一个个结构存为mol2或者pdb文件，兼容的，在sybyl里面直接打开可以的

存sd和sdf好像也可以，这个试过打开，没有提示错误，但没去看那个结果，只是好玩试了一试

以上，供参考

[ Last edited by arthurii on 2010-4-15 at 15:22 ]
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-04-15 15:20:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭