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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助sybyl关于添加形式电荷的问题
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caixin5120

木虫 (正式写手)
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zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 感谢菜兄的交流~呵呵 2012-04-17 10:56:52
tongliping: 金币+1, 谢谢@@ 2012-04-17 11:35:53
引用回帖:
7楼: Originally posted by tongliping at 2012-04-16 19:02:50:
您好，
非常感谢您的回复，因为我做的是酶催化反应的分子模拟，所以中间要形成酶与底物的一个过渡态形式，应该是共价连接，所以我想请问如果是共价连接的话，是不是不能使用surflex-docking,而应该使用flex-doc ...

Re:如果是共价键对接，surflex-docking和Flex-docking都无法办到，建议使用GOLD对接软件，里面有针对共价键的对接参数设置，且GOLD-Score和Chemscore打分函数支持共价键评分。

ChemScore=△Gbinding + Pclash + cinternalPinternal + （ccovalentPcovalent + Pconstraint）
GOLD-Score=Shb_ext + Svdw_ext + Svmd_int+ Stor+ （Scovalent ）

参考文献：
1、Eldridge MD, Murray CW, Auton TR, Paolini GV, Mee RP. (1997). Empirical scoring functions: I. The development of a fast empirical scoring function to estimate the binding affinity of ligands in receptor complexes.  Comput Aided Mol Des. , 11(5):425-45.
Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9385547
2、Verdonk ML, Cole JC, Hartshorn MJ, Murray CW, Taylor RD. (2003). Improved protein-ligand docking using GOLD. Proteins., 52(4):609-23.
Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12910460
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8楼2012-04-17 10:32:33
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