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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助sybyl关于添加形式电荷的问题
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tongliping

木虫 (小有名气)

[交流] 求助sybyl关于添加形式电荷的问题

刚开始学些sybyl，一些简单问题不太懂，请各位高手指点迷津啊！
第一个：如何给配体添加形式电荷，添加了形式电荷后进行能量优化，形式电荷会不会又发生变化了？
第二个：我用sybyl对我的配体和酶进行分子对接，我的配体要画成中间状态，我想问有没有人做过，该怎么做？

就是给这个结构式添加形式电荷
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1楼 2012-04-14 22:26:40
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 感谢菜兄的交流~呵呵 2012-04-17 10:56:52
tongliping: 金币+1, 谢谢@@ 2012-04-17 11:35:53
引用回帖:
7楼: Originally posted by tongliping at 2012-04-16 19:02:50:
您好，
非常感谢您的回复，因为我做的是酶催化反应的分子模拟，所以中间要形成酶与底物的一个过渡态形式，应该是共价连接，所以我想请问如果是共价连接的话，是不是不能使用surflex-docking,而应该使用flex-doc ...

Re:如果是共价键对接，surflex-docking和Flex-docking都无法办到，建议使用GOLD对接软件，里面有针对共价键的对接参数设置，且GOLD-Score和Chemscore打分函数支持共价键评分。

ChemScore=△Gbinding + Pclash + cinternalPinternal + （ccovalentPcovalent + Pconstraint）
GOLD-Score=Shb_ext + Svdw_ext + Svmd_int+ Stor+ （Scovalent ）

参考文献：
1、Eldridge MD, Murray CW, Auton TR, Paolini GV, Mee RP. (1997). Empirical scoring functions: I. The development of a fast empirical scoring function to estimate the binding affinity of ligands in receptor complexes.  Comput Aided Mol Des. , 11(5):425-45.
Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9385547
2、Verdonk ML, Cole JC, Hartshorn MJ, Murray CW, Taylor RD. (2003). Improved protein-ligand docking using GOLD. Proteins., 52(4):609-23.
Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12910460
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8楼2012-04-17 10:32:33
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jinjingnan

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金币+2, 谢谢，像上面那个化学式中氧离子连接的那个C，文献中说是删掉多余的氢，是不是就不用给这个C加氢了？ 2012-04-15 20:42:18
1. 我一般使用都在sybyl图形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的电荷，然后在进行优化，电荷形式不会发生变化。不过你在画配体结构时要记得加氢啊。
2.不太理解你说的中间状态时什么意思，我做的时候都是对配体加电荷，优化后就可以直接用来对接了。
希望对你有所帮助！
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2楼2012-04-15 11:35:30
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
俺用着没发生过变化哦~~~~~~~~~~~~~`
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3楼2012-04-15 11:55:37
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tongliping

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jinjingnan at 2012-04-15 11:35:30:
1. 我一般使用都在sybyl图形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的电荷，然后在进行优化，电荷形式不会发生变化。不过你在画配体结构时要记得加氢啊。
2.不太理解你说的中间状态时什么意思，我做的时 ...

我在sybyl中画出结构式，加了Gasteige-Huck电荷为-1，然后检查了原子类型和键的类型，然后对分子进行优化，优化之后将分子保存为mol2文件，然后进行配体的准备工作，导入分子之后选择surflex docking,最后弹出一个窗口说分子的文件不能读取（file can not be written),请问这是怎么回事？
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5楼2012-04-15 20:53:22
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