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[交流]
求助sybyl关于添加形式电荷的问题
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刚开始学些sybyl，一些简单问题不太懂，请各位高手指点迷津啊！ 第一个：如何给配体添加形式电荷，添加了形式电荷后进行能量优化，形式电荷会不会又发生变化了？ 第二个：我用sybyl对我的配体和酶进行分子对接，我的配体要画成中间状态，我想问有没有人做过，该怎么做？  就是给这个结构式添加形式电荷 |
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tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金币+2, 谢谢，像上面那个化学式中氧离子连接的那个C，文献中说是删掉多余的氢，是不是就不用给这个C加氢了？ 2012-04-15 20:42:18
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金币+2, 谢谢，像上面那个化学式中氧离子连接的那个C，文献中说是删掉多余的氢，是不是就不用给这个C加氢了？ 2012-04-15 20:42:18
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1. 我一般使用都在sybyl图形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的电荷，然后在进行优化，电荷形式不会发生变化。不过你在画配体结构时要记得加氢啊。 2.不太理解你说的中间状态时什么意思，我做的时候都是对配体加电荷，优化后就可以直接用来对接了。 希望对你有所帮助！ |
2楼2012-04-15 11:35:30
3楼2012-04-15 11:55:37
4楼2012-04-15 12:16:48
5楼2012-04-15 20:53:22
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tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+5, 感谢菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金币+2, 谢谢@@ 2012-04-16 18:43:49
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+5, 感谢菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金币+2, 谢谢@@ 2012-04-16 18:43:49
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如果是Surflex-Dock无需考虑电荷的问题，从它的打分函数来看，只考虑了分子的极性而非静电相互作用（Surflex-Dock的打分函数是经验打分函数，把静电相互作用包含在了分子的极性中），因此最重要的是使用正确的原子类型以确定分子的极性。 “The full scoring function is the sum of the hydrophobic, polar, repulsive, and entropic terms over the appropriate atom pairs.” 其中的polar则是分子的极性。 参考文献： Jain AN. (1996). Scoring noncovalent protein-ligand interactions: a continuous differentiable function tuned to compute binding affinities. J. Comput. Aided Mol. Des.,10(5):427-40. Link：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8951652 |
6楼2012-04-16 09:39:51
7楼2012-04-16 19:02:50
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zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 感谢菜兄的交流~呵呵 2012-04-17 10:56:52
tongliping: 金币+1, 谢谢@@ 2012-04-17 11:35:53
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 感谢菜兄的交流~呵呵 2012-04-17 10:56:52
tongliping: 金币+1, 谢谢@@ 2012-04-17 11:35:53
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Re:如果是共价键对接，surflex-docking和Flex-docking都无法办到，建议使用GOLD对接软件，里面有针对共价键的对接参数设置，且GOLD-Score和Chemscore打分函数支持共价键评分。 ChemScore=△Gbinding + Pclash + cinternalPinternal + （ccovalentPcovalent + Pconstraint） GOLD-Score=Shb_ext + Svdw_ext + Svmd_int+ Stor+ （Scovalent ） 参考文献： 1、Eldridge MD, Murray CW, Auton TR, Paolini GV, Mee RP. (1997). Empirical scoring functions: I. The development of a fast empirical scoring function to estimate the binding affinity of ligands in receptor complexes. Comput Aided Mol Des. , 11(5):425-45. Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9385547 2、Verdonk ML, Cole JC, Hartshorn MJ, Murray CW, Taylor RD. (2003). Improved protein-ligand docking using GOLD. Proteins., 52(4):609-23. Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12910460 |
8楼2012-04-17 10:32:33
我也是做催化的，需要用中间态对接，希望能有个联系方式，多交流 9楼2015-03-30 09:48:37
