| 查看: 4249 | 回复: 8 | |||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
求助sybyl关于添加形式电荷的问题
|
|||
|
刚开始学些sybyl，一些简单问题不太懂，请各位高手指点迷津啊！ 第一个：如何给配体添加形式电荷，添加了形式电荷后进行能量优化，形式电荷会不会又发生变化了？ 第二个：我用sybyl对我的配体和酶进行分子对接，我的配体要画成中间状态，我想问有没有人做过，该怎么做？  就是给这个结构式添加形式电荷 |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
Echo1022» 猜你喜欢
304求调剂
已经有6人回复
-
材料工程专硕调剂
已经有6人回复
-
一志愿天大材料与化工（085600）总分338
已经有4人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有3人回复
-
求材料调剂
已经有8人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有5人回复
-
一志愿华中科技大学，080502，354分求调剂
已经有4人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有6人回复
-
085410人工智能专硕317求调剂（0854都可以）
已经有3人回复
-
330求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】sybyl使用问题，本人刚开始接触
已经有12人回复
- 【求助】求助sybyl对接
已经有6人回复
- 【求助】sybyl 1.1.126版安装使用的问题
已经有5人回复
- 【求助】求助：Sybyl-x v1.1.083安装出现问题
已经有11人回复
- 【求助】ChemBio3D保存的sybyl mol2格式与sybyl兼容吗？
已经有5人回复
- 【求助】sybyl-X与Gaussian连接问题
已经有4人回复
- 【求助】如何让DS里画的格式，转化到SYBYL
已经有16人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
【技术服务】研究所横向技术开发及服务
+1/99
-
天津理工大学国家杰青王铁课题组招收2026年博士研究生
+1/85
-
温州大学吕晶晶课题组2026年招生
+1/80
-
【代人发帖勿站内信】【成都征男友】89年未婚博士漂亮女孩
+1/69
-
中国药科大学211-课题组招收2026博士/硕士
+1/55
-
山东师范大学有机化学专业胡忠燕老师课题组招收2026届硕士研究生以及调剂生
+1/40
-
1
+1/35
-
上海交通大学沈道智副教授招收2026年联培博士/硕士研究生（微纳器件与制造方向）
+1/33
-
天津工业大学航空航天博士招生
+1/32
-
北京航空航天大学招生微流控与智能打印技术方向博士研究生
+2/26
-
重庆文理学院化学与环境工程学院 2026 届硕士研究生调剂通知
+1/16
-
南开大学罗景山教授课题组招收2026年入学博士生（光/电催化方向）
+2/14
-
北京某研究院生物化学与分子生物学相关专业申请考核制博士招生（春季）
+1/14
-
新加坡国立大学药学系化学生物学课题组招PhD
+1/8
-
国家级人才团队诚聘生物信息相关专业的科研助理
+1/5
-
军科某研究院接收调剂研究生
+1/5
-
福建师范大学化学与材料学院杜克钊团队博士招生
+1/4
-
武汉纺织大学杰青团队招研究生（材料，化学，高分子，化工）
+1/4
-
课题组招收环境及相关专业调剂硕士研究生（欢迎优秀学生加入）
+1/2
-
339求调剂
+1/1
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+5, 感谢菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金币+2, 谢谢@@ 2012-04-16 18:43:49
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+5, 感谢菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金币+2, 谢谢@@ 2012-04-16 18:43:49
|
如果是Surflex-Dock无需考虑电荷的问题，从它的打分函数来看，只考虑了分子的极性而非静电相互作用（Surflex-Dock的打分函数是经验打分函数，把静电相互作用包含在了分子的极性中），因此最重要的是使用正确的原子类型以确定分子的极性。 “The full scoring function is the sum of the hydrophobic, polar, repulsive, and entropic terms over the appropriate atom pairs.” 其中的polar则是分子的极性。 参考文献： Jain AN. (1996). Scoring noncovalent protein-ligand interactions: a continuous differentiable function tuned to compute binding affinities. J. Comput. Aided Mol. Des.,10(5):427-40. Link：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8951652 |
6楼2012-04-16 09:39:51
★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金币+2, 谢谢，像上面那个化学式中氧离子连接的那个C，文献中说是删掉多余的氢，是不是就不用给这个C加氢了？ 2012-04-15 20:42:18
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金币+2, 谢谢，像上面那个化学式中氧离子连接的那个C，文献中说是删掉多余的氢，是不是就不用给这个C加氢了？ 2012-04-15 20:42:18
|
1. 我一般使用都在sybyl图形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的电荷，然后在进行优化，电荷形式不会发生变化。不过你在画配体结构时要记得加氢啊。 2.不太理解你说的中间状态时什么意思，我做的时候都是对配体加电荷，优化后就可以直接用来对接了。 希望对你有所帮助！ |
2楼2012-04-15 11:35:30
3楼2012-04-15 11:55:37
5楼2012-04-15 20:53:22
