| 查看: 4795 | 回复: 8 | |||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
求助sybyl关于添加形式电荷的问题
|
|||
|
刚开始学些sybyl，一些简单问题不太懂，请各位高手指点迷津啊！ 第一个：如何给配体添加形式电荷，添加了形式电荷后进行能量优化，形式电荷会不会又发生变化了？ 第二个：我用sybyl对我的配体和酶进行分子对接，我的配体要画成中间状态，我想问有没有人做过，该怎么做？  就是给这个结构式添加形式电荷 |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
Echo1022» 猜你喜欢
时间戳又变了8-15
已经有25人回复
-
2027广东省杰青
已经有6人回复
-
快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。
已经有3人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有9人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有72人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有26人回复
-
我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人
已经有16人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有12人回复
-
招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师
已经有3人回复
-
filecode=后面第一个是大写字母
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】sybyl使用问题，本人刚开始接触
已经有12人回复
- 【求助】求助sybyl对接
已经有6人回复
- 【求助】sybyl 1.1.126版安装使用的问题
已经有5人回复
- 【求助】求助：Sybyl-x v1.1.083安装出现问题
已经有11人回复
- 【求助】ChemBio3D保存的sybyl mol2格式与sybyl兼容吗？
已经有5人回复
- 【求助】sybyl-X与Gaussian连接问题
已经有4人回复
- 【求助】如何让DS里画的格式，转化到SYBYL
已经有16人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
期待你的到来
+1/374
-
上海同城
+1/117
-
中国科学院空天院精密干涉测量团队招聘光学/算法/机械方向博士后/特别研究助理
+1/80
-
中国科学院空天院精密干涉测量团队招聘光学/算法/机械方向博士后/特别研究助理/工程师
+1/79
-
广东医科大学博士后招聘-基础医学，生信等方向
+1/38
-
加拿大/英属哥伦比亚大学曹彦凯课题组招收全奖博士/博后 [机器人/控制方向]
+1/32
-
天津大学环境学院童银栋教授招收博士后（生源要素循环/温室效应/新污染物方向）
+1/30
-
物理学报录用，散币感谢合作者和审稿人
+2/24
-
祈福
+1/17
-
河海大学海洋环境污染与生态毒理学研究组招收2027级硕士生 及博士研究生
+1/10
-
27级博士生 + 福州大学 + 经管学院 + 管理科学与工程（见贴则有指标）
+1/9
-
关于Ghaffar-Parkins催化剂催化氰基水解为酰胺的问题
+1/6
-
西安交通大学杜宝吉课题组招收申请考核制博士生
+2/6
-
北京理工大学-集成电路与电子学院杰青团队-招博士后
+1/6
-
中国科学院生态环境研究中心环境工程相关方向招收保送硕士和联合培养博士和硕士研究生
+1/4
-
中国科学院生物物理研究所田勇课题组招聘联合培养生
+1/3
-
招聘要求 有机合成，应届硕士或者博士
+1/3
-
中国科学技术大学环境学院招聘招生
+1/2
-
中山大学国家级青年人才课题组招收推免硕士2名（2027年入学）
+2/2
-
国家级人才团队诚聘生物信息相关专业的科研助理
+1/1
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+5, 感谢菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金币+2, 谢谢@@ 2012-04-16 18:43:49
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+5, 感谢菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金币+2, 谢谢@@ 2012-04-16 18:43:49
|
如果是Surflex-Dock无需考虑电荷的问题，从它的打分函数来看，只考虑了分子的极性而非静电相互作用（Surflex-Dock的打分函数是经验打分函数，把静电相互作用包含在了分子的极性中），因此最重要的是使用正确的原子类型以确定分子的极性。 “The full scoring function is the sum of the hydrophobic, polar, repulsive, and entropic terms over the appropriate atom pairs.” 其中的polar则是分子的极性。 参考文献： Jain AN. (1996). Scoring noncovalent protein-ligand interactions: a continuous differentiable function tuned to compute binding affinities. J. Comput. Aided Mol. Des.,10(5):427-40. Link：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8951652 |
6楼2012-04-16 09:39:51
★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金币+2, 谢谢，像上面那个化学式中氧离子连接的那个C，文献中说是删掉多余的氢，是不是就不用给这个C加氢了？ 2012-04-15 20:42:18
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金币+2, 谢谢，像上面那个化学式中氧离子连接的那个C，文献中说是删掉多余的氢，是不是就不用给这个C加氢了？ 2012-04-15 20:42:18
|
1. 我一般使用都在sybyl图形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的电荷，然后在进行优化，电荷形式不会发生变化。不过你在画配体结构时要记得加氢啊。 2.不太理解你说的中间状态时什么意思，我做的时候都是对配体加电荷，优化后就可以直接用来对接了。 希望对你有所帮助！ |
2楼2012-04-15 11:35:30
3楼2012-04-15 11:55:37
5楼2012-04-15 20:53:22
