应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】sybyl使用问题，本人刚开始接触
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
131/2返回列表12下一页
查看: 2378  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

堕凡尘

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】sybyl使用问题，本人刚开始接触 已有8人参与

我要将雌激素受体ER加极性氢，及保留A链去除其他的链，再保留为为pdbqt格式导入autodock4中进行分子对接。目前卡在不知道怎么操作sybyl，请各位大侠，详细说明sybyl的具体操作，我先想知道怎么在：ER加极性氢，及保留A链去除其他的链这些步骤。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Sybyl 常见问题及使用教程

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-11-19 09:55:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guoyingnba

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢，你不会是AD群里的小郭姐吧~ 2010-11-22 09:40:02
引用回帖:
Originally posted by 堕凡尘 at 2010-11-19 09:55:07:
我要将雌激素受体ER加极性氢，及保留A链去除其他的链，再保留为为pdbqt格式导入autodock4中进行分子对接。目前卡在不知道怎么操作sybyl，请各位大侠，详细说明sybyl的具体操作，我先想知道怎么在：ER加极性氢，及 ...

很简单，直接在sybyl中保存成pdb，之后再用autodock处理成pdbqt。pdbqt不是通用格式，pdb才是，不要搞混了。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-11-22 09:29:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

娟儿0625

金虫 (正式写手)

娟儿
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-26 12:53:38
加极性氢等操作在sybyl base 和biopolymer 里按照bookshelf做就可以了
赞一下(2人) 回复此楼
你所浪费的今天，是昨天死去的人奢望的明天。你所厌恶的现在，是未来的你回不去的曾经
3楼2010-11-26 10:45:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-27 13:17:55
2楼说的很对，pdb才是通用格式。
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-11-27 10:26:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-10 10:47:51
其实ADT里面直接就有添加极性氢和非极性氢的设置呀！

为什么还要用sybyl处理呢？
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-12-10 01:02:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouling

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sybyl里面有教程的，你可以按照它里面的教程一步一步的做就行了，很容易的，自己好好看看教程就行
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-02-25 17:44:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuoyugaoyu

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我刚刚开始接触SYBYL，但一直打不开它的主页，年前我还可以打开的，请教各位牛人不知这是怎么回事？
赞一下(1人) 回复此楼
每一发奋努力的背后，必有加倍的赏赐。
7楼2011-02-28 21:16:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chentg

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xuoyugaoyu at 2011-02-28 21:16:58:
我刚刚开始接触SYBYL，但一直打不开它的主页，年前我还可以打开的，请教各位牛人不知这是怎么回事？

/home/msi/sybyl7.3/bin/linux/sybyl
这样打开试试。
赞一下(1人) 回复此楼
我为人人，人人为我。
8楼2011-02-28 23:43:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuoyugaoyu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by chentg at 2011-02-28 23:43:18:
/home/msi/sybyl7.3/bin/linux/sybyl
这样打开试试。

谢谢啊！我试试
回复此楼
每一发奋努力的背后，必有加倍的赏赐。
9楼2011-03-01 09:17:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chentg

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-02 15:53:10
引用回帖:
Originally posted by xuoyugaoyu at 2011-03-01 09:17:19:
谢谢啊！我试试

注意SYBYL版本,还有就是LINUX还是其它操作系统,然后回车即可。
不行的话，重装。
赞一下(2人) 回复此楼
我为人人，人人为我。
10楼2011-03-01 11:56:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 堕凡尘 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +11 梁富贵险中求 2026-04-04 13/650 2026-04-06 07:24 by houyaoxu
[考研] 0703调剂，一志愿天津大学319分 +8 haaaabcd 2026-04-05 8/400 2026-04-06 06:16 by houyaoxu
[考研] 308求调剂 +3 终不似从前 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:07 by 啵啵啵0119
[考研] 调剂 +3 李广火 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:57 by 蓝云思雨
[考研] 285求调剂 +11 哦呦呼o 2026-04-04 11/550 2026-04-05 08:15 by 544594351
[考研] 288环境专硕,求调材料方向 +13 lllllos 2026-04-04 14/700 2026-04-04 23:34 by lqwchd
[考研] 286求调剂 +3 草木不言 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:40 by lbsjt
[考研] 调剂 +4 是可乐不是可乐 2026-04-04 4/200 2026-04-04 19:41 by 唐沐儿
[考研] 求调剂 +6 朔朔话 2026-04-02 7/350 2026-04-04 19:16 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿东北大学085901土木专硕345求调剂 +3 zxt11111 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:21 by 土木硕士招生
[考研] 334求调剂 +8 曾仰之 2026-04-03 8/400 2026-04-04 11:16 by w_xuqing
[考研] 22408，264求调剂 +3 ywh729 2026-04-03 4/200 2026-04-04 11:04 by ywh729
[考研] 265求调剂 +20 梁梁校校 2026-04-01 21/1050 2026-04-04 00:38 by userper
[考研] 326求调剂 +10 崽崽仔 2026-04-02 10/500 2026-04-03 09:08 by 帕尔马拉特
[考研] 312求调剂 +4 赊月色 2026-04-02 5/250 2026-04-03 08:21 by fangshan711
[考研] 302求调剂 +9 zyx上岸！ 2026-04-02 9/450 2026-04-02 23:07 by 马儿快快地跑
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +5 双马尾痞老板2 2026-03-31 5/250 2026-04-01 09:04 by oooqiao
[考研] 340求调剂 +4 希望如此i 2026-03-31 4/200 2026-03-31 16:40 by 690616278
[考研] 吉大生物学326分求调剂 +3 sunnyupup 2026-03-31 3/150 2026-03-31 09:28 by longlotian
[考研] 抱歉 +3 田洪有 2026-03-30 3/150 2026-03-30 19:11 by 迷糊CCPs
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭