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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】sybyl使用问题，本人刚开始接触
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堕凡尘

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】sybyl使用问题，本人刚开始接触 已有8人参与

我要将雌激素受体ER加极性氢，及保留A链去除其他的链，再保留为为pdbqt格式导入autodock4中进行分子对接。目前卡在不知道怎么操作sybyl，请各位大侠，详细说明sybyl的具体操作，我先想知道怎么在：ER加极性氢，及保留A链去除其他的链这些步骤。
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1楼 2010-11-19 09:55:07
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guoyingnba

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢，你不会是AD群里的小郭姐吧~ 2010-11-22 09:40:02
引用回帖:
Originally posted by 堕凡尘 at 2010-11-19 09:55:07:
我要将雌激素受体ER加极性氢，及保留A链去除其他的链，再保留为为pdbqt格式导入autodock4中进行分子对接。目前卡在不知道怎么操作sybyl，请各位大侠，详细说明sybyl的具体操作，我先想知道怎么在：ER加极性氢，及 ...

很简单，直接在sybyl中保存成pdb，之后再用autodock处理成pdbqt。pdbqt不是通用格式，pdb才是，不要搞混了。
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2楼2010-11-22 09:29:30
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娟儿0625

金虫 (正式写手)

娟儿
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-26 12:53:38
加极性氢等操作在sybyl base 和biopolymer 里按照bookshelf做就可以了
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你所浪费的今天，是昨天死去的人奢望的明天。你所厌恶的现在，是未来的你回不去的曾经
3楼2010-11-26 10:45:45
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-27 13:17:55
2楼说的很对，pdb才是通用格式。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-11-27 10:26:28
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-10 10:47:51
其实ADT里面直接就有添加极性氢和非极性氢的设置呀！

为什么还要用sybyl处理呢？
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5楼2010-12-10 01:02:26
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shouling

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sybyl里面有教程的，你可以按照它里面的教程一步一步的做就行了，很容易的，自己好好看看教程就行
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6楼2011-02-25 17:44:26
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xuoyugaoyu

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我刚刚开始接触SYBYL，但一直打不开它的主页，年前我还可以打开的，请教各位牛人不知这是怎么回事？
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每一发奋努力的背后，必有加倍的赏赐。
7楼2011-02-28 21:16:58
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chentg

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xuoyugaoyu at 2011-02-28 21:16:58:
我刚刚开始接触SYBYL，但一直打不开它的主页，年前我还可以打开的，请教各位牛人不知这是怎么回事？

/home/msi/sybyl7.3/bin/linux/sybyl
这样打开试试。
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我为人人，人人为我。
8楼2011-02-28 23:43:18
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xuoyugaoyu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by chentg at 2011-02-28 23:43:18:
/home/msi/sybyl7.3/bin/linux/sybyl
这样打开试试。

谢谢啊！我试试
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每一发奋努力的背后，必有加倍的赏赐。
9楼2011-03-01 09:17:19
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chentg

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-02 15:53:10
引用回帖:
Originally posted by xuoyugaoyu at 2011-03-01 09:17:19:
谢谢啊！我试试

注意SYBYL版本,还有就是LINUX还是其它操作系统,然后回车即可。
不行的话，重装。
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我为人人，人人为我。
10楼2011-03-01 11:56:07
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