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堕凡尘

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】sybyl使用问题,本人刚开始接触 已有8人参与

我要将雌激素受体ER加极性氢,及保留A链去除其他的链,再保留为为pdbqt格式导入autodock4中进行分子对接。目前卡在不知道怎么操作sybyl,请各位大侠,详细说明sybyl的具体操作,我先想知道怎么在:ER加极性氢,及保留A链去除其他的链这些步骤。
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娟儿0625

金虫 (正式写手)

娟儿

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-26 12:53:38
加极性氢等操作在sybyl base 和biopolymer 里按照bookshelf做就可以了
你所浪费的今天,是昨天死去的人奢望的明天。你所厌恶的现在,是未来的你回不去的曾经
3楼2010-11-26 10:45:45
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guoyingnba

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢,你不会是AD群里的小郭姐吧~ 2010-11-22 09:40:02
引用回帖:
Originally posted by 堕凡尘 at 2010-11-19 09:55:07:
我要将雌激素受体ER加极性氢,及保留A链去除其他的链,再保留为为pdbqt格式导入autodock4中进行分子对接。目前卡在不知道怎么操作sybyl,请各位大侠,详细说明sybyl的具体操作,我先想知道怎么在:ER加极性氢,及 ...

很简单,直接在sybyl中保存成pdb,之后再用autodock处理成pdbqt。pdbqt不是通用格式,pdb才是,不要搞混了。
2楼2010-11-22 09:29:30
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-27 13:17:55
2楼说的很对,pdb才是通用格式。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
4楼2010-11-27 10:26:28
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caixin5120

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-10 10:47:51
其实ADT里面直接就有添加极性氢和非极性氢的设置呀!

为什么还要用sybyl处理呢?
5楼2010-12-10 01:02:26
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