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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】sybyl使用问题，本人刚开始接触
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堕凡尘

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】sybyl使用问题，本人刚开始接触 已有8人参与

我要将雌激素受体ER加极性氢，及保留A链去除其他的链，再保留为为pdbqt格式导入autodock4中进行分子对接。目前卡在不知道怎么操作sybyl，请各位大侠，详细说明sybyl的具体操作，我先想知道怎么在：ER加极性氢，及保留A链去除其他的链这些步骤。
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1楼 2010-11-19 09:55:07
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-27 13:17:55
2楼说的很对，pdb才是通用格式。
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-11-27 10:26:28
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guoyingnba

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢，你不会是AD群里的小郭姐吧~ 2010-11-22 09:40:02
引用回帖:
Originally posted by 堕凡尘 at 2010-11-19 09:55:07:
我要将雌激素受体ER加极性氢，及保留A链去除其他的链，再保留为为pdbqt格式导入autodock4中进行分子对接。目前卡在不知道怎么操作sybyl，请各位大侠，详细说明sybyl的具体操作，我先想知道怎么在：ER加极性氢，及 ...

很简单，直接在sybyl中保存成pdb，之后再用autodock处理成pdbqt。pdbqt不是通用格式，pdb才是，不要搞混了。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-11-22 09:29:30
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娟儿0625

金虫 (正式写手)

娟儿
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-26 12:53:38
加极性氢等操作在sybyl base 和biopolymer 里按照bookshelf做就可以了
赞一下(2人) 回复此楼
你所浪费的今天，是昨天死去的人奢望的明天。你所厌恶的现在，是未来的你回不去的曾经
3楼2010-11-26 10:45:45
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-10 10:47:51
其实ADT里面直接就有添加极性氢和非极性氢的设置呀！

为什么还要用sybyl处理呢？
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5楼2010-12-10 01:02:26
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