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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】求助sybyl对接
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求助sybyl对接 已有4人参与

我是新手，刚接触sybyl，想求助：如何将自己的药物分子对接到蛋白质分子的空腔内啊？非常感谢！
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科研就是讨论出来的
1楼 2010-06-20 15:43:03
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nh13

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-21 13:54:37
请学习sybyl的help中bookself中Docking下面的跟着一步一步做即可。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-06-21 13:41:49
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-21 16:19:31
：）一般的 对接流程如下：

1、受体的准备：加氢加电荷。
2、配体的准备：加氢加电话，修正原子类型或者键。
3、选择对接工具进行对接，如楼上的所说，每个软件都有使用说明书。特别是商业化的软件，都很详细并附有实例。
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3楼2010-06-21 16:19:11
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by nh13 at 2010-06-21 13:41:49:
请学习sybyl的help中bookself中Docking下面的跟着一步一步做即可。

4楼2010-06-21 21:52:51
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by caixin5120 at 2010-06-21 16:19:11:
：）一般的 对接流程如下：

1、受体的准备：加氢加电荷。
2、配体的准备：加氢加电话，修正原子类型或者键。
3、选择对接工具进行对接，如楼上的所说，每个软件都有使用说明书。特别是商业化的软件，都很详细 ...

5楼2010-06-21 21:53:06
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CADD

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-06-22 20:17:46
你用的sybyl是哪个版本的，sybyl8还是sybyl7.3，这两个里面的对接模块是不一样的。先看看bookself中的说明吧，sybyl里小分子是mol2格式的，蛋白质是pdb的。先把蛋白质仔细研究一下，例如里面有没有你要的晶体结构，以找到活性位点。关于这一点可以看看相关文献。
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6楼2010-06-22 16:23:41
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 夏天的鱼 at 2010-06-21 21:53:06:
7楼2010-06-23 09:05:39
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