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lylrui88银虫 (初入文坛)
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求助surflx-docking 中“Additional Starting Conformations per Molecule”怎样理解
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初学sybyl对surflx-docking里的“Additional Starting Conformations per Molecule”的意思一直理解不了，在screen和standard模式下默认是0，那么在standard模式下“docks each ligand in its supplied conformation and produces only 20 docked poses per ligand”这20个构象又是基于什么想法来的？困挠很久，希望各位牛人能帮忙解答~~~不胜感激！ |
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【答案】应助回帖
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lylrui88(金币+5): ★★★很有帮助 2012-01-10 17:02:25
lylrui88(金币+5): ★★★很有帮助 2012-01-10 17:02:25
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因为surflex的配体是柔性对接，给定的小分子具有特定的对结构相，我对“Additional Starting Conformations per Molecule”的理解是对给定的配体小分子另外产生几个不同的初始构象用于对接，如果默认为0，那么就用你给定的构象去对接，系统不另外产生新构象。 “docks each ligand in its supplied conformation and produces only 20 docked poses per ligand” 是利用surflex进行对接，每个分子默认产生20个对接后的构象，每个分子的对接结果里面这20个构象都能观看，但直观的对接结果每个分子只有一个打分和一个构象，这给出的构象与打分其实是每个分子所产生的20个构象里面比较优秀的。但这并不代表系统给出的优秀构象就是最好的，我们往往需要每个分子所产生的20个构象都去观看，从药效元素的匹配性来选择最好的构象，这在做基于分子对接的3D-QSAR分子叠合那一步尤为重要，因为打分非常接近的构象往往就是某一个或者一些药效元素有细微的差别。这一块其实操作说明里面就有，建议找找看。 |
2楼2012-01-10 16:51:25
lylrui88
银虫 (初入文坛)
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3楼2012-01-10 17:05:50
4楼2012-01-10 23:40:47
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