| 查看: 717 | 回复: 3 | ||
lylrui88银虫 (初入文坛)
|
[求助]
求助surflx-docking 中“Additional Starting Conformations per Molecule”怎样理解
|
|
初学sybyl对surflx-docking里的“Additional Starting Conformations per Molecule”的意思一直理解不了，在screen和standard模式下默认是0，那么在standard模式下“docks each ligand in its supplied conformation and produces only 20 docked poses per ligand”这20个构象又是基于什么想法来的？困挠很久，希望各位牛人能帮忙解答~~~不胜感激！ |
回复此楼» 猜你喜欢
081700，311，求调剂
已经有15人回复
-
一志愿北京化工085600 310分求调剂
已经有18人回复
-
085600材料与化工301分求调剂院校
已经有4人回复
-
材料与化工371求调剂
已经有14人回复
-
336材料与化工085600求调剂
已经有7人回复
-
材料334求调剂
已经有18人回复
-
331求调剂
已经有8人回复
-
332求调剂
已经有17人回复
-
一志愿南京航空航天大学 材料与化工329分求调剂
已经有4人回复
-
材料专硕322
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助TEM测试晶体晶格偏大..
已经有8人回复
- 求助TC4样品组织分析
已经有1人回复
- 求助：VASP 安装
已经有17人回复
- 2012国家自然基金管理学部 管理科学二处－指南疑问求助！
已经有28人回复
- 求助高人撰写一篇针对某一催化剂结构来说明其催化作用和原理的综述文章1000字左右
已经有16人回复
- 求助：酰氯与醇成酯
已经有24人回复
- 问题求助
已经有1人回复
- 请问各位虫虫，教育部博士点基金要求发的中国科技论文在线到底是啥
已经有23人回复
- 求助：：：英语大牛们怎样真的提高能力
已经有22人回复
- 求助审稿意见中关于电化学的问题
已经有5人回复
- 求助己基溴化镁格式试剂的合成
已经有8人回复
- 求助！PLGA分子量的测定
已经有7人回复
- 博后招聘网站求助
已经有4人回复
- 政治学与行政学专业考研求助。
已经有4人回复
- 【求助】请教一下，目前介绍排队论前沿的的论文
已经有6人回复
- 【求助】异构数据源集成
已经有4人回复
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
lylrui88(金币+5): ★★★很有帮助 2012-01-10 17:02:25
lylrui88(金币+5): ★★★很有帮助 2012-01-10 17:02:25
|
因为surflex的配体是柔性对接，给定的小分子具有特定的对结构相，我对“Additional Starting Conformations per Molecule”的理解是对给定的配体小分子另外产生几个不同的初始构象用于对接，如果默认为0，那么就用你给定的构象去对接，系统不另外产生新构象。 “docks each ligand in its supplied conformation and produces only 20 docked poses per ligand” 是利用surflex进行对接，每个分子默认产生20个对接后的构象，每个分子的对接结果里面这20个构象都能观看，但直观的对接结果每个分子只有一个打分和一个构象，这给出的构象与打分其实是每个分子所产生的20个构象里面比较优秀的。但这并不代表系统给出的优秀构象就是最好的，我们往往需要每个分子所产生的20个构象都去观看，从药效元素的匹配性来选择最好的构象，这在做基于分子对接的3D-QSAR分子叠合那一步尤为重要，因为打分非常接近的构象往往就是某一个或者一些药效元素有细微的差别。这一块其实操作说明里面就有，建议找找看。 |
2楼2012-01-10 16:51:25
lylrui88
银虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1313.8
- 帖子: 44
- 在线: 47.5小时
- 虫号: 1258615
- 注册: 2011-04-08
- 性别: MM
- 专业: 药物设计与药物信息
3楼2012-01-10 17:05:50
4楼2012-01-10 23:40:47
