| 查看: 4293 | 回复: 8 | |||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
求助sybyl关于添加形式电荷的问题
|
|||
|
刚开始学些sybyl，一些简单问题不太懂，请各位高手指点迷津啊！ 第一个：如何给配体添加形式电荷，添加了形式电荷后进行能量优化，形式电荷会不会又发生变化了？ 第二个：我用sybyl对我的配体和酶进行分子对接，我的配体要画成中间状态，我想问有没有人做过，该怎么做？  就是给这个结构式添加形式电荷 |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
Echo1022» 猜你喜欢
293调剂
已经有3人回复
-
机械工程264学硕求调剂
已经有3人回复
-
264求调剂
已经有9人回复
-
求调剂
已经有6人回复
-
22408 266求调剂
已经有7人回复
-
求调剂
已经有14人回复
-
273求调剂
已经有43人回复
-
307求调剂
已经有13人回复
-
327求调剂
已经有7人回复
-
338求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】sybyl使用问题，本人刚开始接触
已经有12人回复
- 【求助】求助sybyl对接
已经有6人回复
- 【求助】sybyl 1.1.126版安装使用的问题
已经有5人回复
- 【求助】求助：Sybyl-x v1.1.083安装出现问题
已经有11人回复
- 【求助】ChemBio3D保存的sybyl mol2格式与sybyl兼容吗？
已经有5人回复
- 【求助】sybyl-X与Gaussian连接问题
已经有4人回复
- 【求助】如何让DS里画的格式，转化到SYBYL
已经有16人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
【科研项目】破解电池安全密码：揭秘国内首款火灾爆炸与抑制一体化实验舱
+1/95
-
上海交通大学化学化工学院膜分离-纳流控课题组诚聘博士后2-3名
+1/89
-
北方民族大学085602化学工程有调剂名额58个，欢迎调剂！4月11日报到，12日现场复试
+1/47
-
百年学府，福建师范大学化学材料类研究生调剂
+1/44
-
0860接收报考07，08，09，10的部分专业可调！
+1/41
-
昆明理工大学余富朝团队2026年诚招有机化学/生物化学等方向“申请-审核”博士研究生
+1/39
-
五邑大学马爱军课题组招收药学、生物与医药调剂生
+1/38
-
华南师范大学（211）招收物理、生物、生物医学工程调剂生
+1/37
-
延安大学化学与化工学院接收化学专业调剂生（工科、理学均可调剂）
+5/25
-
吉大生科博一博士联培自荐-已发表+在投一作SCI3篇-踏实肯干能加班
+1/21
-
抗病毒性传染病创新药物全国重点实验室—接收化学、生物、药学、生物与医药调剂考生
+1/19
-
大连工业大学 高分子材料 接收考研调剂
+1/17
-
湖南工大李广利教授课题组接受化学、材料、生物、生医、计算机相关专业调剂生8-10名
+1/17
-
中国农业大学资源与环境学院 - 招聘杰出人才（教授-专技四级）、青年研究员（副教授-�
+1/6
-
招调剂_北京农学院_植物保护系_昆虫方向_专硕_学硕各1名
+1/6
-
烟台大学化学化工学院班庆福课题组招收调剂生
+1/5
-
广西民族大学材环学院资源与环境专硕、纳米科学与工程学硕调剂招生
+1/5
-
大连工业大学纺织与材料工程学院超临界流体技术课题组 研究生调剂
+1/5
-
攀枝花学院化学工程、资源与环境硕士接受08（工学）打头专业调剂
+1/1
-
温州大学招2026年博士研究生（电催化领域）
+1/1
3楼2012-04-15 11:55:37
★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金币+2, 谢谢，像上面那个化学式中氧离子连接的那个C，文献中说是删掉多余的氢，是不是就不用给这个C加氢了？ 2012-04-15 20:42:18
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金币+2, 谢谢，像上面那个化学式中氧离子连接的那个C，文献中说是删掉多余的氢，是不是就不用给这个C加氢了？ 2012-04-15 20:42:18
|
1. 我一般使用都在sybyl图形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的电荷，然后在进行优化，电荷形式不会发生变化。不过你在画配体结构时要记得加氢啊。 2.不太理解你说的中间状态时什么意思，我做的时候都是对配体加电荷，优化后就可以直接用来对接了。 希望对你有所帮助！ |
2楼2012-04-15 11:35:30
5楼2012-04-15 20:53:22
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+5, 感谢菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金币+2, 谢谢@@ 2012-04-16 18:43:49
tongliping(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+5, 感谢菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金币+2, 谢谢@@ 2012-04-16 18:43:49
|
如果是Surflex-Dock无需考虑电荷的问题，从它的打分函数来看，只考虑了分子的极性而非静电相互作用（Surflex-Dock的打分函数是经验打分函数，把静电相互作用包含在了分子的极性中），因此最重要的是使用正确的原子类型以确定分子的极性。 “The full scoring function is the sum of the hydrophobic, polar, repulsive, and entropic terms over the appropriate atom pairs.” 其中的polar则是分子的极性。 参考文献： Jain AN. (1996). Scoring noncovalent protein-ligand interactions: a continuous differentiable function tuned to compute binding affinities. J. Comput. Aided Mol. Des.,10(5):427-40. Link：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8951652 |
6楼2012-04-16 09:39:51
