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Enzyme-lichao

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[交流] 【求助】分子对接出错

本人刚开始接触autodock ，目前在最后一步dock时出现了问题。运行过程中系统提示出错：energy is infinity！

我是直接用官网上的autodock3版本的练习文件（ind.pdb和hsg1.pdb）在autodock4上操作的。出问题后按照说明又试了几遍，每次都出现同样的问题。

而且autodock之前的操作，包括autogrid都没有问题，所以实在是找不出问题原因了。

求教各位虫友啦呵呵

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:55 ]

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1楼2009-07-13 20:05:45

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ferlich

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★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-13 21:58

本帖内容被屏蔽

2楼2009-07-13 21:26:30

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gwdavid

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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-27 10:03

说得太不明白

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3楼2009-07-14 10:40:32

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Enzyme-lichao

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引用回帖:

Originally posted by ferlich at 2009-7-13 21:26:
把结果文件贴出来看看才能知道是哪里错了啊

恩，好的。我把整个autodock运行的过程放在附件里了。请各位虫友帮我一下哈，先谢谢喽，呵呵

下面是在autodock中最后的一部分运行情况，其中有错误提示（已经用粗体和下划线加注过），然后程序就不动了：

BEGINNING LAMARCKIAN GENETIC ALGORITHM DOCKING

Run: 5 / 10
Date: Tue Jul 14 15:40:36 2009
Output level is set to 1.

Creating an initial population of 150 individuals.

Assigning a random translation, a random orientation and 14 random torsions to each of the 150 individuals.

Beginning Lamarckian Genetic Algorithm (LGA), with a maximum of 250000
energy evaluations.

eval.cc:  ERROR!  energy is infinite!

ATOM    1  C INF    1    -1.866  -5.996 1.905 +0.00 +0.00 +0.096
ATOM    2  C INF    1    -1.531  -4.836 2.774 +0.00 +0.00 +0.307
ATOM    3  C INF    1    -2.565  -3.781 3.114 +0.00 +0.00 +0.200
ATOM    4  C INF    1    -2.964  -3.292 1.748 +0.00 +0.00 -0.395
ATOM    5  C INF    1    -3.133  -4.280 0.654 +0.00 +0.00 +0.148
ATOM    6  C INF    1    -2.222  -5.490 0.655 +0.00 +0.00 +0.292
ATOM    7  C INF    1    -0.907  -7.107 1.869 +0.00 +0.00 +0.312
ATOM    8  C INF    1    -0.218  -7.525 0.565 +0.00 +0.00 -0.013
ATOM    9  C INF    1    1.133  -7.894 0.498 +0.00 +0.00 +0.125
ATOM    10  C INF    1    1.827  -8.307  -0.652 +0.00 +0.00 -0.273
ATOM    11  C INF    1    0.985  -8.308  -1.763 +0.00 +0.00 +0.116
ATOM    12  C INF    1    -0.368  -7.952  -1.766 +0.00 +0.00 +0.020
ATOM    13  C INF    1    -0.982  -7.554  -0.581 +0.00 +0.00 +0.012
ATOM    14  C INF    1    -1.903  -2.720 3.951 +0.00 +0.00 +0.242
ATOM    15  C INF    1    -0.962  -2.000 3.372 +0.00 +0.00 -0.351
ATOM    16  C INF    1    -0.814  -2.205 2.374 +0.00 +0.00 +0.163
ATOM    17  C INF    1    -2.250  -2.544 5.113 +0.00 +0.00 -0.271
ATOM    18  C INF    1    -0.115  -0.984 3.909 +0.00 +0.00 +0.022
ATOM    19  C INF    1    -1.033 0.150 4.402 +0.00 +0.00 +0.037
ATOM    20  C INF    1    0.805  -0.498 2.995 +0.00 +0.00 +0.037
ATOM    21  C INF    1    0.622  -1.406 5.104 +0.00 +0.00 +0.037
ATOM    22  C INF    1    -4.029  -2.313 1.671 +0.00 +0.00 +0.149
ATOM    23  C INF    1    -4.773  -2.092 2.989 +0.00 +0.00 +0.136
ATOM    24  C INF    1    -3.621  -1.932 3.759 +0.00 +0.00 -0.394
ATOM    25  C INF    1    -3.050  -2.787 3.705 +0.00 +0.00 +0.210
ATOM    26  C INF    1    -5.701  -0.895 3.267 +0.00 +0.00 +0.047
ATOM    27  C INF    1    -6.826  -1.002 4.306 +0.00 +0.00 +0.084
ATOM    28  C INF    1    -7.567 0.331 4.503 +0.00 +0.00 +0.052
ATOM    29  C INF    1    -7.588 1.157 3.268 +0.00 +0.00 -0.057
ATOM    30  C INF    1    -8.669 1.162 2.386 +0.00 +0.00 +0.007
ATOM    31  C INF    1    -8.630 1.921 1.225 +0.00 +0.00 +0.001
ATOM    32  C INF    1    -7.488 2.679 0.955 +0.00 +0.00 +0.000
ATOM    33  C INF    1    -6.405 2.682 1.842 +0.00 +0.00 +0.001
ATOM    34  C INF    1    -6.459 1.914 3.006 +0.00 +0.00 +0.007
ATOM    35  C INF    1    -7.839  -2.081 3.944 +0.00 +0.00 +0.222
ATOM    36  C INF    1    -7.605  -3.281 4.468 +0.00 +0.00 -0.350
ATOM    37  C INF    1    -6.676  -3.484 4.864 +0.00 +0.00 +0.163
ATOM    38  C INF    1    -8.860  -1.797 3.300 +0.00 +0.00 -0.273
ATOM    39  C INF    1    -8.629  -4.313 4.495 +0.00 +0.00 +0.147
ATOM    40  C INF    1    -8.758  -4.950 5.867 +0.00 +0.00 +0.149
ATOM    41  C INF    1    -9.371  -6.310 5.617 +0.00 +0.00 +0.073
ATOM    42  C INF    1    -8.948  -6.843 4.273 +0.00 +0.00 -0.047
ATOM    43  C INF    1    -8.458  -5.546 3.570 +0.00 +0.00 -0.027
ATOM    44  C INF    1    -8.878  -8.067 3.647 +0.00 +0.00 +0.008
ATOM    45  C INF    1    -7.979  -5.705 2.308 +0.00 +0.00 +0.010
ATOM    46  C INF    1    -7.930  -6.951 1.698 +0.00 +0.00 +0.001
ATOM    47  C INF    1    -8.363  -8.118 2.347 +0.00 +0.00 +0.001
ATOM    48  C INF    1    -7.492  -4.999 6.508 +0.00 +0.00 -0.393
ATOM    49  C INF    1    -7.593  -5.432 7.437 +0.00 +0.00 +0.210
eval.cc:  ERROR!  energy is infinite!

ATOM    1  C INF    1    -1.866  -5.996 1.905 +0.00 +0.00 +0.096
ATOM    2  C INF    1    -1.531  -4.836 2.774 +0.00 +0.00 +0.307
ATOM    3  C INF    1    -2.565  -3.781 3.114 +0.00 +0.00 +0.200
ATOM    4  C INF    1    -2.964  -3.292 1.748 +0.00 +0.00 -0.395
ATOM    5  C INF    1    -3.133  -4.280 0.654 +0.00 +0.00 +0.148
ATOM    6  C INF    1    -2.222  -5.490 0.655 +0.00 +0.00 +0.292
ATOM    7  C INF    1    -0.907  -7.107 1.869 +0.00 +0.00 +0.312
ATOM    8  C INF    1    -0.218  -7.525 0.565 +0.00 +0.00 -0.013
ATOM    9  C INF    1    1.133  -7.894 0.498 +0.00 +0.00 +0.125
ATOM    10  C INF    1    1.827  -8.307  -0.652 +0.00 +0.00 -0.273
ATOM    11  C INF    1    0.985  -8.308  -1.763 +0.00 +0.00 +0.116
ATOM    12  C INF    1    -0.368  -7.952  -1.766 +0.00 +0.00 +0.020
ATOM    13  C INF    1    -0.982  -7.554  -0.581 +0.00 +0.00 +0.012
ATOM    14  C INF    1    -1.903  -2.720 3.951 +0.00 +0.00 +0.242

autodock运行报告：
http://www.brsbox.com/filebox/do ... 0ef7db0fb70fd3c12a5

[ Last edited by Enzyme-lichao on 2009-7-15 at 16:10 ]

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4楼2009-07-14 16:46:09

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引用回帖:

Originally posted by gwdavid at 2009-7-14 10:40:
说得太不明白

呵呵，由于刚接触autodock，自己也不知道有没有把问题说清楚。

我已经把最后运行的报告发在上面得回复中了。请帮我看看好吗，我觉得应该是比较简单的问题，只是这方面实在很薄弱。先谢谢各位朋友啦

下面是电脑和软件方面的情况，不知道会不会有用，呵呵：
CPU：AMD 3600+
内存：1 G
Windows XP
Cygwin
python 2.5
MGLtools 1.5.2
autogrid4和autodock4
ind.pdb和hsg1.pdb

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5楼2009-07-14 16:59:53

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Enzyme-lichao

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又捣鼓了一下发现这次autodock可以通过了，但随后在analyze-dockings-ind.dlg导入时会报错，不知哪里出了问题，请大家帮我看看哈

下面是autodock运行完成后的报告：
http://www.brsbox.com/filebox/do ... 096b9961ed19e958aa4

这是生成的所有文件：
http://www.brsbox.com/filebox/do ... 8037f1a18b21bda03b1

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6楼2009-07-24 11:06:46

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renxudong

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autodock运行出错

autodock Sample Text

设定计算100次，到64次后就出现ERROR! energy is infinite
好奇怪的，那位大侠帮忙解释一下，在下非常感激，日后愿为您提供学习帮组
共同促进，谢谢！！！

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坚持

7楼2011-03-24 21:59:03

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