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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接出错
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Enzyme-lichao

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子对接出错

本人刚开始接触autodock ，目前在最后一步dock时出现了问题。运行过程中系统提示出错：energy is infinity！

我是直接用官网上的autodock3版本的练习文件（ind.pdb和hsg1.pdb）在autodock4上操作的。出问题后按照说明又试了几遍，每次都出现同样的问题。

而且autodock之前的操作，包括autogrid都没有问题，所以实在是找不出问题原因了。

求教各位虫友啦 呵呵

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:55 ]
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相信自己！
1楼 2009-07-13 20:05:45
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-13 21:58
本帖内容被屏蔽
2楼2009-07-13 21:26:30
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-27 10:03
说得太不明白
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2009-07-14 10:40:32
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Enzyme-lichao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2009-7-13 21:26:
把结果文件贴出来看看才能知道是哪里错了啊

恩，好的。我把整个autodock运行的过程放在附件里了。请各位虫友帮我一下哈，先谢谢喽，呵呵

下面是在autodock中最后的一部分运行情况，其中有错误提示（已经用粗体和下划线加注过），然后程序就不动了：

BEGINNING LAMARCKIAN GENETIC ALGORITHM DOCKING

Run:        5 / 10
Date:        Tue Jul 14 15:40:36 2009
Output level is set to 1.


Creating an initial population of 150 individuals.

Assigning a random translation, a random orientation and 14 random torsions to each of the 150 individuals.

Beginning Lamarckian Genetic Algorithm (LGA), with a maximum of 250000
energy evaluations.

eval.cc:  ERROR!  energy is infinite!

ATOM      1  C   INF     1      -1.866  -5.996   1.905 +0.00 +0.00    +0.096
ATOM      2  C   INF     1      -1.531  -4.836   2.774 +0.00 +0.00    +0.307
ATOM      3  C   INF     1      -2.565  -3.781   3.114 +0.00 +0.00    +0.200
ATOM      4  C   INF     1      -2.964  -3.292   1.748 +0.00 +0.00    -0.395
ATOM      5  C   INF     1      -3.133  -4.280   0.654 +0.00 +0.00    +0.148
ATOM      6  C   INF     1      -2.222  -5.490   0.655 +0.00 +0.00    +0.292
ATOM      7  C   INF     1      -0.907  -7.107   1.869 +0.00 +0.00    +0.312
ATOM      8  C   INF     1      -0.218  -7.525   0.565 +0.00 +0.00    -0.013
ATOM      9  C   INF     1       1.133  -7.894   0.498 +0.00 +0.00    +0.125
ATOM     10  C   INF     1       1.827  -8.307  -0.652 +0.00 +0.00    -0.273
ATOM     11  C   INF     1       0.985  -8.308  -1.763 +0.00 +0.00    +0.116
ATOM     12  C   INF     1      -0.368  -7.952  -1.766 +0.00 +0.00    +0.020
ATOM     13  C   INF     1      -0.982  -7.554  -0.581 +0.00 +0.00    +0.012
ATOM     14  C   INF     1      -1.903  -2.720   3.951 +0.00 +0.00    +0.242
ATOM     15  C   INF     1      -0.962  -2.000   3.372 +0.00 +0.00    -0.351
ATOM     16  C   INF     1      -0.814  -2.205   2.374 +0.00 +0.00    +0.163
ATOM     17  C   INF     1      -2.250  -2.544   5.113 +0.00 +0.00    -0.271
ATOM     18  C   INF     1      -0.115  -0.984   3.909 +0.00 +0.00    +0.022
ATOM     19  C   INF     1      -1.033   0.150   4.402 +0.00 +0.00    +0.037
ATOM     20  C   INF     1       0.805  -0.498   2.995 +0.00 +0.00    +0.037
ATOM     21  C   INF     1       0.622  -1.406   5.104 +0.00 +0.00    +0.037
ATOM     22  C   INF     1      -4.029  -2.313   1.671 +0.00 +0.00    +0.149
ATOM     23  C   INF     1      -4.773  -2.092   2.989 +0.00 +0.00    +0.136
ATOM     24  C   INF     1      -3.621  -1.932   3.759 +0.00 +0.00    -0.394
ATOM     25  C   INF     1      -3.050  -2.787   3.705 +0.00 +0.00    +0.210
ATOM     26  C   INF     1      -5.701  -0.895   3.267 +0.00 +0.00    +0.047
ATOM     27  C   INF     1      -6.826  -1.002   4.306 +0.00 +0.00    +0.084
ATOM     28  C   INF     1      -7.567   0.331   4.503 +0.00 +0.00    +0.052
ATOM     29  C   INF     1      -7.588   1.157   3.268 +0.00 +0.00    -0.057
ATOM     30  C   INF     1      -8.669   1.162   2.386 +0.00 +0.00    +0.007
ATOM     31  C   INF     1      -8.630   1.921   1.225 +0.00 +0.00    +0.001
ATOM     32  C   INF     1      -7.488   2.679   0.955 +0.00 +0.00    +0.000
ATOM     33  C   INF     1      -6.405   2.682   1.842 +0.00 +0.00    +0.001
ATOM     34  C   INF     1      -6.459   1.914   3.006 +0.00 +0.00    +0.007
ATOM     35  C   INF     1      -7.839  -2.081   3.944 +0.00 +0.00    +0.222
ATOM     36  C   INF     1      -7.605  -3.281   4.468 +0.00 +0.00    -0.350
ATOM     37  C   INF     1      -6.676  -3.484   4.864 +0.00 +0.00    +0.163
ATOM     38  C   INF     1      -8.860  -1.797   3.300 +0.00 +0.00    -0.273
ATOM     39  C   INF     1      -8.629  -4.313   4.495 +0.00 +0.00    +0.147
ATOM     40  C   INF     1      -8.758  -4.950   5.867 +0.00 +0.00    +0.149
ATOM     41  C   INF     1      -9.371  -6.310   5.617 +0.00 +0.00    +0.073
ATOM     42  C   INF     1      -8.948  -6.843   4.273 +0.00 +0.00    -0.047
ATOM     43  C   INF     1      -8.458  -5.546   3.570 +0.00 +0.00    -0.027
ATOM     44  C   INF     1      -8.878  -8.067   3.647 +0.00 +0.00    +0.008
ATOM     45  C   INF     1      -7.979  -5.705   2.308 +0.00 +0.00    +0.010
ATOM     46  C   INF     1      -7.930  -6.951   1.698 +0.00 +0.00    +0.001
ATOM     47  C   INF     1      -8.363  -8.118   2.347 +0.00 +0.00    +0.001
ATOM     48  C   INF     1      -7.492  -4.999   6.508 +0.00 +0.00    -0.393
ATOM     49  C   INF     1      -7.593  -5.432   7.437 +0.00 +0.00    +0.210
eval.cc:  ERROR!  energy is infinite!

ATOM      1  C   INF     1      -1.866  -5.996   1.905 +0.00 +0.00    +0.096
ATOM      2  C   INF     1      -1.531  -4.836   2.774 +0.00 +0.00    +0.307
ATOM      3  C   INF     1      -2.565  -3.781   3.114 +0.00 +0.00    +0.200
ATOM      4  C   INF     1      -2.964  -3.292   1.748 +0.00 +0.00    -0.395
ATOM      5  C   INF     1      -3.133  -4.280   0.654 +0.00 +0.00    +0.148
ATOM      6  C   INF     1      -2.222  -5.490   0.655 +0.00 +0.00    +0.292
ATOM      7  C   INF     1      -0.907  -7.107   1.869 +0.00 +0.00    +0.312
ATOM      8  C   INF     1      -0.218  -7.525   0.565 +0.00 +0.00    -0.013
ATOM      9  C   INF     1       1.133  -7.894   0.498 +0.00 +0.00    +0.125
ATOM     10  C   INF     1       1.827  -8.307  -0.652 +0.00 +0.00    -0.273
ATOM     11  C   INF     1       0.985  -8.308  -1.763 +0.00 +0.00    +0.116
ATOM     12  C   INF     1      -0.368  -7.952  -1.766 +0.00 +0.00    +0.020
ATOM     13  C   INF     1      -0.982  -7.554  -0.581 +0.00 +0.00    +0.012
ATOM     14  C   INF     1      -1.903  -2.720   3.951 +0.00 +0.00    +0.242

autodock运行报告：
http://www.brsbox.com/filebox/do ... 0ef7db0fb70fd3c12a5

[ Last edited by Enzyme-lichao on 2009-7-15 at 16:10 ]
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4楼2009-07-14 16:46:09
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Enzyme-lichao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-7-14 10:40:
说得太不明白

呵呵，由于刚接触autodock，自己也不知道有没有把问题说清楚。  我已经把最后运行的报告发在上面得回复中了。请帮我看看好吗，我觉得应该是比较简单的问题，只是这方面实在很薄弱。先谢谢各位朋友啦  

下面是电脑和软件方面的情况，不知道会不会有用，呵呵：
CPU：AMD 3600+
内存：1 G
Windows XP
Cygwin
python 2.5
MGLtools 1.5.2
autogrid4和autodock4
ind.pdb和hsg1.pdb
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5楼2009-07-14 16:59:53
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Enzyme-lichao

金虫 (小有名气)
又捣鼓了一下 发现这次autodock可以通过了，但随后在analyze-dockings-ind.dlg导入时会报错，不知哪里出了问题，请大家帮我看看哈

下面是autodock运行完成后的报告：
http://www.brsbox.com/filebox/do ... 096b9961ed19e958aa4

这是生成的所有文件：
http://www.brsbox.com/filebox/do ... 8037f1a18b21bda03b1
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6楼2009-07-24 11:06:46
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renxudong

木虫 (正式写手)

autodock运行出错

autodock Sample Text

设定计算100次，到64次后就出现ERROR!  energy is infinite
好奇怪的，那位大侠帮忙解释一下，在下非常感激，日后愿为您提供学习帮组
共同促进，谢谢！！！
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坚持
7楼2011-03-24 21:59:03
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