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zlp-lw

木虫 (正式写手)

[求助] 请教各位有关分子对接的问题

大家好，我想用分子对接做生物抑制剂，可在分子对接这块，我是新手，不是太熟悉，我看了一些有关分子对接的论文和关于autodock的软件用法，有以下问题请高手指点：
1、复合物的配体和受体用ADT怎么拆分
2、我用Gaussview软件画的分子结构怎么导入到autodock软件中；
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1楼 2012-12-07 16:20:31
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zlp-lw: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢，辛苦啦。。。 2012-12-08 09:11:41
1:打开复合物的PDB，直接select里面的配体，删除即可！推荐使用pymol软件，简单又方便
2：高斯俺不会用！能否直接保存成mo2格式呢？
俺用chemidraw，画完结构保存成mo2格式后，在adt中打开
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2楼2012-12-07 19:30:35
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zlp-lw

木虫 (正式写手)
1、是在把PDB在ADT中打开，再在ADT中seclect吗？还有就是pymol软件是不是要下载安装，那在pymol软件中怎么拆分呢？
2、是mol2格式？
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3楼2012-12-08 09:10:54
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zlp-lw

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2012-12-07 19:30:35
1:打开复合物的PDB，直接select里面的配体，删除即可！推荐使用pymol软件，简单又方便
2：高斯俺不会用！能否直接保存成mo2格式呢？
俺用chemidraw，画完结构保存成mo2格式后，在adt中打开

1、是在把PDB在ADT中打开，再在ADT中seclect吗？还有就是pymol软件是不是要下载安装，那在pymol软件中怎么拆分呢？
2、是mol2格式？
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4楼2012-12-08 09:11:23
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zlp-lw

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2012-12-07 19:30:35
1:打开复合物的PDB，直接select里面的配体，删除即可！推荐使用pymol软件，简单又方便
2：高斯俺不会用！能否直接保存成mo2格式呢？
俺用chemidraw，画完结构保存成mo2格式后，在adt中打开

你好，我还有一个问题就是，用chemdraw画的分子结构在导入之前需要优化不？
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5楼2012-12-08 10:04:01
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
1:在adt中打开，然后选中小分子删除即可！！pymol是一个免费的软件，在win下就可以安装！
2：在chemidraw软件下最好能量优化一下，然后保存成mo2格式。。。。。
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6楼2012-12-09 16:50:52
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