24小时热门版块排行榜    

查看: 1417  |  回复: 5

zlp-lw

木虫 (正式写手)

[求助] 请教各位有关分子对接的问题

大家好,我想用分子对接做生物抑制剂,可在分子对接这块,我是新手,不是太熟悉,我看了一些有关分子对接的论文和关于autodock的软件用法,有以下问题请高手指点:
1、复合物的配体和受体用ADT怎么拆分
2、我用Gaussview软件画的分子结构怎么导入到autodock软件中;
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock 蛋白结构及分子对接

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zlp-lw: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢,辛苦啦。。。 2012-12-08 09:11:41
1:打开复合物的PDB,直接select里面的配体,删除即可!推荐使用pymol软件,简单又方便
2:高斯俺不会用!能否直接保存成mo2格式呢?
俺用chemidraw,画完结构保存成mo2格式后,在adt中打开
2楼2012-12-07 19:30:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlp-lw

木虫 (正式写手)

1、是在把PDB在ADT中打开,再在ADT中seclect吗?还有就是pymol软件是不是要下载安装,那在pymol软件中怎么拆分呢?
2、是mol2格式?
3楼2012-12-08 09:10:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlp-lw

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2012-12-07 19:30:35
1:打开复合物的PDB,直接select里面的配体,删除即可!推荐使用pymol软件,简单又方便
2:高斯俺不会用!能否直接保存成mo2格式呢?
俺用chemidraw,画完结构保存成mo2格式后,在adt中打开

1、是在把PDB在ADT中打开,再在ADT中seclect吗?还有就是pymol软件是不是要下载安装,那在pymol软件中怎么拆分呢?
2、是mol2格式?
4楼2012-12-08 09:11:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlp-lw

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2012-12-07 19:30:35
1:打开复合物的PDB,直接select里面的配体,删除即可!推荐使用pymol软件,简单又方便
2:高斯俺不会用!能否直接保存成mo2格式呢?
俺用chemidraw,画完结构保存成mo2格式后,在adt中打开

你好,我还有一个问题就是,用chemdraw画的分子结构在导入之前需要优化不?
5楼2012-12-08 10:04:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


1:在adt中打开,然后选中小分子删除即可!!pymol是一个免费的软件,在win下就可以安装!
2:在chemidraw软件下最好能量优化一下,然后保存成mo2格式。。。。。
6楼2012-12-09 16:50:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zlp-lw 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600 英一数二272求调剂 5+4 vida_a 2026-03-01 12/600 2026-03-02 16:19 by @飒飒飒飒
[考研] 材料284求调剂,一志愿郑州大学英一数二专硕 +12 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 12/600 2026-03-02 16:18 by youmomaoyan
[考研] 接收调剂 +3 津萌津萌 2026-03-02 3/150 2026-03-02 16:06 by 明天见面吧
[考研] 272求调剂 +7 材紫有化 2026-02-28 7/350 2026-03-02 12:48 by 无际的草原
[考研] 化工专硕342,一志愿大连理工大学,求调剂 +6 kyf化工 2026-02-28 7/350 2026-03-02 10:56 by 无际的草原
[考研] 264求调剂 +4 巴拉巴拉根556 2026-02-28 4/200 2026-03-02 10:48 by yuchj
[考研] 欢迎采矿、地质、岩土、计算机、人工智能等专业的同学报考 +5 pin8023 2026-02-28 7/350 2026-03-02 10:33 by ZY,先生
[考研] 0857调剂 +4 一ll半 2026-02-28 5/250 2026-03-02 02:33 by 908055542
[考研] 化工299分求调剂 一志愿985落榜 +5 嘻嘻(*^ω^*) 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:47 by 无际的草原
[考研] 328求调剂 +3 aaadim 2026-03-01 5/250 2026-03-01 17:29 by njzyff
[考研] 0856材料求调剂 +4 麻辣鱿鱼 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:51 by caszguilin
[考研] 285求调剂 +8 满头大汗的学生 2026-02-28 8/400 2026-03-01 16:47 by caszguilin
[考研] 298求调剂 +9 人间唯你是清欢 2026-02-28 12/600 2026-03-01 14:23 by Ducount.Y
[考研] 302材料工程求调剂 +4 Doleres 2026-03-01 5/250 2026-03-01 11:52 by liqiongjy
[考研] 调剂 +3 简木ChuFront 2026-02-28 3/150 2026-03-01 11:46 by 王伟要上岸啊
[考研] 317一志愿华南理工电气工程求调剂 +6 Soliloquy_Q 2026-02-28 11/550 2026-03-01 11:14 by 歌liekkas
[考研] 311求调剂 +9 南迦720 2026-02-28 10/500 2026-03-01 10:55 by sunny81
[考博] 博士自荐 +4 kkluvs 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:19 by 馥安馥安
[考研] 304求调剂 +3 52hz~~ 2026-02-28 5/250 2026-03-01 00:00 by 52hz~~
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
请填处理意见