应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 请教各位有关分子对接的问题
61/1返回列表
查看: 1418  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zlp-lw

木虫 (正式写手)

[求助] 请教各位有关分子对接的问题

大家好，我想用分子对接做生物抑制剂，可在分子对接这块，我是新手，不是太熟悉，我看了一些有关分子对接的论文和关于autodock的软件用法，有以下问题请高手指点：
1、复合物的配体和受体用ADT怎么拆分
2、我用Gaussview软件画的分子结构怎么导入到autodock软件中；
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock 蛋白结构及分子对接

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-12-07 16:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zlp-lw: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢，辛苦啦。。。 2012-12-08 09:11:41
1:打开复合物的PDB，直接select里面的配体，删除即可！推荐使用pymol软件，简单又方便
2：高斯俺不会用！能否直接保存成mo2格式呢？
俺用chemidraw，画完结构保存成mo2格式后，在adt中打开
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-07 19:30:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlp-lw

木虫 (正式写手)
1、是在把PDB在ADT中打开，再在ADT中seclect吗？还有就是pymol软件是不是要下载安装，那在pymol软件中怎么拆分呢？
2、是mol2格式？
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-08 09:10:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlp-lw

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2012-12-07 19:30:35
1:打开复合物的PDB，直接select里面的配体，删除即可！推荐使用pymol软件，简单又方便
2：高斯俺不会用！能否直接保存成mo2格式呢？
俺用chemidraw，画完结构保存成mo2格式后，在adt中打开

1、是在把PDB在ADT中打开，再在ADT中seclect吗？还有就是pymol软件是不是要下载安装，那在pymol软件中怎么拆分呢？
2、是mol2格式？
赞一下 回复此楼
4楼2012-12-08 09:11:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlp-lw

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2012-12-07 19:30:35
1:打开复合物的PDB，直接select里面的配体，删除即可！推荐使用pymol软件，简单又方便
2：高斯俺不会用！能否直接保存成mo2格式呢？
俺用chemidraw，画完结构保存成mo2格式后，在adt中打开

你好，我还有一个问题就是，用chemdraw画的分子结构在导入之前需要优化不？
赞一下 回复此楼
5楼2012-12-08 10:04:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
1:在adt中打开，然后选中小分子删除即可！！pymol是一个免费的软件，在win下就可以安装！
2：在chemidraw软件下最好能量优化一下，然后保存成mo2格式。。。。。
赞一下 回复此楼
6楼2012-12-09 16:50:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zlp-lw 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600 英一数二272求调剂 5+4 vida_a 2026-03-01 13/650 2026-03-02 16:38 by 无际的草原
[考研] 理学，工学，农学调剂，少走弯路，这里欢迎您！ +3 likeihood 2026-03-02 5/250 2026-03-02 16:37 by ZRH_878
[考研] 接收调剂 +4 津萌津萌 2026-03-02 7/350 2026-03-02 16:37 by 津萌津萌
[考研] 化学，材料，环境类求调剂 +3 考研版棒棒 2026-03-02 3/150 2026-03-02 16:10 by @飒飒飒飒
[考研] 化工京区271求调剂 +4 11ing 2026-03-02 4/200 2026-03-02 15:47 by 杨杨杨紫
[考研] 295求调剂。一志愿报考郑州大学化学工艺学硕，总分295分 +5 yl1 2026-03-02 5/250 2026-03-02 15:24 by sucesssucess
[考研] 0856化工专硕求调剂 +15 董boxing 2026-03-01 15/750 2026-03-02 15:06 by 晃晃不许晃
[考研] 303求调剂 +5 今夏不夏 2026-03-01 5/250 2026-03-02 15:01 by 向上的胖东
[考研] 化工专硕348，一志愿985求调剂 +6 弗格个 2026-02-28 9/450 2026-03-02 14:09 by liyongv
[考研] 338求调剂 +3 18162027187 2026-03-02 3/150 2026-03-02 13:12 by houyaoxu
[考研] 268求调剂 +4 简单点0 2026-03-02 5/250 2026-03-02 11:54 by ms629
[考研] 哈工大计算机刘劼团队招生 +4 hit_aiot 2026-03-01 6/300 2026-03-02 11:53 by 一声问好
[考研] 295求调剂 +8 19171856320 2026-02-28 8/400 2026-03-02 11:19 by yuchj
[考研] 281求调剂 +5 2026计算机_诚心 2026-03-01 8/400 2026-03-02 11:05 by 汪！？！
[考研] 284求调剂 +10 天下熯 2026-02-28 11/550 2026-03-02 11:03 by 无际的草原
[考研] 264求调剂 +4 巴拉巴拉根556 2026-02-28 4/200 2026-03-02 10:48 by yuchj
[考研] 欢迎采矿、地质、岩土、计算机、人工智能等专业的同学报考 +5 pin8023 2026-02-28 7/350 2026-03-02 10:33 by ZY，先生
[考研] 0856材料求调剂 +4 麻辣鱿鱼 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:51 by caszguilin
[考研] 317一志愿华南理工电气工程求调剂 +6 Soliloquy_Q 2026-02-28 11/550 2026-03-01 11:14 by 歌liekkas
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +8 吃宵夜1 2026-02-28 10/500 2026-02-28 20:27 by L135790
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭