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汕头大学海洋科学接受调剂
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zlp-lw

木虫 (正式写手)

[求助] 请教各位有关分子对接的问题

大家好,我想用分子对接做生物抑制剂,可在分子对接这块,我是新手,不是太熟悉,我看了一些有关分子对接的论文和关于autodock的软件用法,有以下问题请高手指点:
1、复合物的配体和受体用ADT怎么拆分
2、我用Gaussview软件画的分子结构怎么导入到autodock软件中;
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Autodock 蛋白结构及分子对接

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longdlut

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1:在adt中打开,然后选中小分子删除即可!!pymol是一个免费的软件,在win下就可以安装!
2:在chemidraw软件下最好能量优化一下,然后保存成mo2格式。。。。。
6楼2012-12-09 16:50:52
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longdlut

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zlp-lw: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢,辛苦啦。。。 2012-12-08 09:11:41
1:打开复合物的PDB,直接select里面的配体,删除即可!推荐使用pymol软件,简单又方便
2:高斯俺不会用!能否直接保存成mo2格式呢?
俺用chemidraw,画完结构保存成mo2格式后,在adt中打开
2楼2012-12-07 19:30:35
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zlp-lw

木虫 (正式写手)

1、是在把PDB在ADT中打开,再在ADT中seclect吗?还有就是pymol软件是不是要下载安装,那在pymol软件中怎么拆分呢?
2、是mol2格式?
3楼2012-12-08 09:10:54
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zlp-lw

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2012-12-07 19:30:35
1:打开复合物的PDB,直接select里面的配体,删除即可!推荐使用pymol软件,简单又方便
2:高斯俺不会用!能否直接保存成mo2格式呢?
俺用chemidraw,画完结构保存成mo2格式后,在adt中打开

1、是在把PDB在ADT中打开,再在ADT中seclect吗?还有就是pymol软件是不是要下载安装,那在pymol软件中怎么拆分呢?
2、是mol2格式?
4楼2012-12-08 09:11:23
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