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haiyanqian木虫 (小有名气)
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Surflex-Dock问题 已有2人参与
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我现在有40个小分子，因为我们没有购买GOLD，所以我想通过Surflex-Dock实现这40个小分子与已知蛋白的对接。之前没有学习过这个，最近学习过程中有些问题，想跟您请教一下。 （1）在准备蛋白的时候，首先提取出配体，并且删除水分子等；之后做 Analyze Selected Structure，见附件1： 这里字体凸显的是不是都需要做？ 在Add Charges 的时候Biopolymer 一般用什么力场，Ligands一般用什么力场比较好？ 这边跟后面Staged Minimization中的Set Minimization Details部分Minimize部分Modify中的力场是否需要一致？ （2）准备配体，见附件2： Constraints 一般在什么情况下需要设置这个参数？ Ligand Source 需要SLN File，这边我将在sybyl中画完的40个分子的.mol2文件直接在sybyl中另存为SLN格式是否可以？ （3）Perform CScore Calculations 是不是勾选上做Docking结果更加准确些呢？  附件1.png  附件2.png |
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8楼2018-08-12 15:18:25
2楼2013-12-14 13:55:25
wbingxin2012
银虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
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月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-19 12:33:04
haiyanqian(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:30:55
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-19 12:33:04
haiyanqian(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:30:55
| 附件一中左边那一排除了第一个都要走一下，具体代表什么意思你自己查一下，优化蛋白质核酸一般用AMBER力场，小分子的话tripos就可以了，Constraints是限制性对接选项，只有你确定了某一种作用很必须的时候会用到。SLN是分子表单可以放置大量的小分子来批处理，也可以选择mol2单个小分子进行对接，如果你有40个小分子最好存成分子表单对接完成后也有个对比。SCORE是一致性打分函数，五种打分函数共同评价对接结果 |
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haiyanqian3楼2013-12-18 15:04:47
haiyanqian
木虫 (小有名气)
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4楼2013-12-24 10:37:30