24小时热门版块排行榜    

查看: 2713  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

[求助] 分子对接前,大分子的前处理

从数据库现在的大分子文件中,含有一个配体与氨基酸残基-S-S-结合,这个修饰后的残基怎么处理,是直接删掉这个配体吗,删掉后结构需要优化吗?大家是怎么处理这种活性位点被化学修饰的氨基酸残基,以用于分子对接?谢谢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

生命不止,奋斗不息;天赋人责,舍我其谁!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

引用回帖:
2楼: Originally posted by 紫漠残星 at 2012-12-14 01:20:48
我的处理方法是直接在pdb文件上把小分子删除,然后还是需要优化下的。不过我也是新手,不知道这么做有没有问题。。。

我这样做可以不优化吗---把那个修饰的残基采用柔性对接。
生命不止,奋斗不息;天赋人责,舍我其谁!
3楼2012-12-14 10:14:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

紫漠残星

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-14 08:04:03
gouyi: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-12-14 21:26:21
我的处理方法是直接在pdb文件上把小分子删除,然后还是需要优化下的。不过我也是新手,不知道这么做有没有问题。。。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
努力,不放弃
2楼2012-12-14 01:20:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫漠残星

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gouyi at 2012-12-14 10:14:46
我这样做可以不优化吗---把那个修饰的残基采用柔性对接。...

最好还是优化下,不需要太久,但是对你的体系稳定有帮助
努力,不放弃
4楼2012-12-14 20:23:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-16 09:45:52
gouyi: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-16 22:21:11
关键是看你要做什么对接,配体和蛋白S-S 形成的是二硫键(共价键)。删除配体后,你想用什么分子来对接呢?
5楼2012-12-16 00:08:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 271求调剂 +12 生如夏花… 2026-03-11 14/700 2026-03-17 10:56 by lovewei0727
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +5 大火山小火山 2026-03-16 7/350 2026-03-17 10:26 by peike
[考研] 289求调剂 +6 步川酷紫123 2026-03-11 6/300 2026-03-17 10:23 by Sammy2
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-11 8/400 2026-03-17 09:36 by 努力学习赚彩礼
[考研] 278求调剂 +3 Yy7400 2026-03-13 3/150 2026-03-17 08:24 by laoshidan
[考研] 301求调剂 +3 A_JiXing 2026-03-16 3/150 2026-03-17 08:21 by 无际的草原
[文学芳草园] 伙伴们,祝我生日快乐吧 +17 myrtle 2026-03-10 26/1300 2026-03-16 18:32 by 青橙Ln
[考研] 311求调剂 +5 26研0 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:21 by a不易
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:58 by 漾漾123sun
[教师之家] 焦虑 +7 水冰月月野兔 2026-03-13 9/450 2026-03-16 10:00 by Quakerbird
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 080500,材料学硕302分求调剂学校 +4 初识可乐 2026-03-14 5/250 2026-03-14 21:08 by peike
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy! 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 311求调剂 +8 zchqwer 2026-03-10 8/400 2026-03-14 00:01 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂 +4 番茄头--- 2026-03-10 4/200 2026-03-13 23:12 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂 +3 番茄头--- 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:07 by JourneyLucky
[考研] 四川大学085601材料工程专硕 初试294求调剂 +4 祝我们好在冬天 2026-03-11 4/200 2026-03-13 21:39 by peike
[考研] 283求调剂,材料、化工皆可 +8 苏打水7777 2026-03-11 10/500 2026-03-13 09:06 by Linda Hu
[考博] 26读博 +4 Rui135246 2026-03-12 10/500 2026-03-13 07:15 by gaobiao
信息提示
请填处理意见