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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 对接的分子用于分子动力学模拟的问题
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haiyanqian

木虫 (小有名气)

[求助] 对接的分子用于分子动力学模拟的问题 已有2人参与

我想请问一下大家，就是在用Amber进行分子动力学模拟的时候，对于没有晶体结构的分子，通过分子对接的方法将配体对接进去。然后用于动力学的模拟，比如说我进行了10ns 的分子动力学模拟，我后面取出最后的小分子构象，与最初的小分子对接的构象进行叠合，发现结构变化还是挺大的。我不知道这个结果是不是属于正常现象，跑完动力学的构象与之前得对接结果是会有差异的，还是说我最初的分子对接的构象就不合理呢？
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1楼 2014-01-20 16:52:59
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haiyanqian

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-01-21 14:39:25
就是会有不一样的，你跑完模拟导出的构象，是最后一帧的构象，肯定会发生变化的，这是正常现象

还有我想请问一下，就是对于有晶体结构，一般文献上面跑个几个ns蛋白的碳骨架还有口袋残基的RMSD基本上就很平了，而我那个一直不是很平。从结构上来看，我的蛋白口袋附近有个比较大的Loop区 ，您之前做动力学的时候有没有遇到过类似的这样的蛋白，后面是怎么做的呢？
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3楼2014-01-22 10:01:27
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-21 18:13:42
就是会有不一样的，你跑完模拟导出的构象，是最后一帧的构象，肯定会发生变化的，这是正常现象
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2楼2014-01-21 14:39:25
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smutao

禁虫 (著名写手)
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-23 16:22:45
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haiyanqian
4楼2014-01-22 21:41:39
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haiyanqian

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by smutao at 2014-01-22 21:41:39
每个体系的蛋白都有自己的稳定性，如果是天然的蛋白，照理说，md到了后期，rmsd是非常稳定的，这个你自己应该也能想通。如果你的蛋白是WT，那么照理说恒压md做到后期，rmsd应该是相对稳定的，你自己查看结构是，肽 ...

对于我的有晶体结构的蛋白，在进行了50ns的动力学模拟之后，一般来说这么长时间了RMSD肯定是非常稳定了的，但是再后面继续跑，发现蛋白骨架的RMSD逐渐升高，请问一下这个可能是什么原因造成的呢？
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5楼2014-01-22 22:00:01
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smutao

禁虫 (著名写手)
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6楼2014-01-22 22:10:55
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smutao

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7楼2014-01-22 22:11:23
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haiyanqian

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by smutao at 2014-01-22 22:11:23
另外，晶体蛋白里面数据是缺失的...

晶体蛋白里面数据缺失是指什么？
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8楼2014-01-23 09:17:46
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smutao

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9楼2014-01-23 11:38:19
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-23 16:23:05
引用回帖:
5楼: Originally posted by haiyanqian at 2014-01-22 22:00:01
对于我的有晶体结构的蛋白，在进行了50ns的动力学模拟之后，一般来说这么长时间了RMSD肯定是非常稳定了的，但是再后面继续跑，发现蛋白骨架的RMSD逐渐升高，请问一下这个可能是什么原因造成的呢？...

以前我也遇到过这种情况，一般要么就是你最小化跑的太短了，还有一种情况就是你计算RMSD的时候，选择的是哪一个group，你要是选整个蛋白的话，可能就会不稳定，要是全backbone或者Cα，就会相对稳定了
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10楼2014-01-23 14:09:44
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